seq1 = pF1KE6428.tfa, 1380 bp
seq2 = pF1KE6428/gi568815594r_102163047.tfa (gi568815594r:102163047_102444662), 281616 bp

>pF1KE6428 1380
>gi568815594r:102163047_102444662 (Chr4)

(complement)

1-219  (100001-100219)   100% ->
220-382  (128833-128995)   100% ->
383-552  (137058-137227)   100% ->
553-675  (139552-139674)   100% ->
676-840  (140182-140346)   100% ->
841-1048  (176584-176791)   100% ->
1049-1233  (176989-177173)   100% ->
1234-1380  (181470-181616)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCCGGGTCGCGCGGTGGCCGGGCTCCTGTTGCTGGCGGCCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCCGGGTCGCGCGGTGGCCGGGCTCCTGTTGCTGGCGGCCGCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCGGAGGAGTGGCGGAGGGGCCAGGGCTAGCCTTCAGCGAGGATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTCGGAGGAGTGGCGGAGGGGCCAGGGCTAGCCTTCAGCGAGGATGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAGCGTGTTCGGCGCGAATCTGAGCCTGTCGGCGGCGCAGCTCCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAGCGTGTTCGGCGCGAATCTGAGCCTGTCGGCGGCGCAGCTCCAGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTGCTGGAGCAGATGGGAGCCGCCTCCCGCGTGGGCGTCCCGGAGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTGCTGGAGCAGATGGGAGCCGCCTCCCGCGTGGGCGTCCCGGAGCCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCAGCTGCACTTCAACCAG         TGTTTAACTGCTGAAGAGATCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100201 CCAGCTGCACTTCAACCAGGTA...CAGTGTTTAACTGCTGAAGAGATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTTCCCTTCATGGCTTTTCAAATGCTACCCAAATAACCAGCTCCAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128855 TTTCCCTTCATGGCTTTTCAAATGCTACCCAAATAACCAGCTCCAAATTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCTGTCATCTGTCCAGCAGTCTTACAGCAATTGAACTTTCACCCATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128905 TCTGTCATCTGTCCAGCAGTCTTACAGCAATTGAACTTTCACCCATGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGATCGGCCCAAGCACAAAACAAGACCAAGTCATTCAGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 128955 GGATCGGCCCAAGCACAAAACAAGACCAAGTCATTCAGAAGGTA...CAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTTGGGGATATGGATTCCTGTCAGTGACGATTATTAATCTGGCATCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137058 TTTGGGGATATGGATTCCTGTCAGTGACGATTATTAATCTGGCATCTCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTCGGATTGATTTTGACTCCACTGATAAAGAAATCTTATTTCCCAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137108 CTCGGATTGATTTTGACTCCACTGATAAAGAAATCTTATTTCCCAAAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTTGACCTTTTTTGTGGGGCTGGCTATTGGGACTCTTTTTTCAAATGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137158 TTTGACCTTTTTTGTGGGGCTGGCTATTGGGACTCTTTTTTCAAATGCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTTTCCAACTTATTCCAGAG         GCATTTGGATTTGATCCCAAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 137208 TTTTCCAACTTATTCCAGAGGTA...TAGGCATTTGGATTTGATCCCAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTCGACAGTTATGTTGAGAAGGCAGTTGCTGTGTTTGGTGGATTTTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139573 GTCGACAGTTATGTTGAGAAGGCAGTTGCTGTGTTTGGTGGATTTTACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACTTTTCTTTTTTGAAAGAATGCTAAAGATGTTATTAAAGACATATGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139623 ACTTTTCTTTTTTGAAAGAATGCTAAAGATGTTATTAAAGACATATGGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AG         AATGGTCATACCCACTTTGGAAATGATAACTTTGGTCCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139673 AGGTA...TAGAATGGTCATACCCACTTTGGAAATGATAACTTTGGTCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAAGAAAAAACTCATCAACCTAAAGCATTACCTGCCATCAATGGTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140221 CAAGAAAAAACTCATCAACCTAAAGCATTACCTGCCATCAATGGTGTGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ATGCTATGCAAATCCTGCTGTCACAGAAGCTAATGGACATATCCATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140271 ATGCTATGCAAATCCTGCTGTCACAGAAGCTAATGGACATATCCATTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ATAATGTCAGTGTGGTATCTCTACAG         GATGGAAAAAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 140321 ATAATGTCAGTGTGGTATCTCTACAGGTA...TAGGATGGAAAAAAAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCAAGTTCATGTACCTGTTTGAAGGGGCCCAAACTGTCAGAAATAGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176599 CCAAGTTCATGTACCTGTTTGAAGGGGCCCAAACTGTCAGAAATAGGGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GATTGCCTGGATGATAACGCTCTGCGATGCCCTCCACAATTTCATCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176649 GATTGCCTGGATGATAACGCTCTGCGATGCCCTCCACAATTTCATCGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCCTGGCGATTGGGGCTTCCTGCACCTTGTCTCTCCTTCAGGGACTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176699 GCCTGGCGATTGGGGCTTCCTGCACCTTGTCTCTCCTTCAGGGACTCAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 ACTTCCATAGCAATCCTATGTGAGGAGTTTCCCCACGAGTTAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 176749 ACTTCCATAGCAATCCTATGTGAGGAGTTTCCCCACGAGTTAGGTA...T

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1049   GAGACTTTGTGATCCTACTCAATGCAGGGATGAGCACTCGACAAGCCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176987 AGGAGACTTTGTGATCCTACTCAATGCAGGGATGAGCACTCGACAAGCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGCTATTCAACTTCCTTTCTGCATGTTCCTGCTATGTTGGGCTAGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177037 TGCTATTCAACTTCCTTTCTGCATGTTCCTGCTATGTTGGGCTAGCTTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GGCATTTTGGTGGGCAACAATTTCGCTCCAAATATTATATTTGCACTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177087 GGCATTTTGGTGGGCAACAATTTCGCTCCAAATATTATATTTGCACTTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TGGAGGCATGTTCCTCTATATTTCTCTGGCAGATATG         TTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 177137 TGGAGGCATGTTCCTCTATATTTCTCTGGCAGATATGGTA...TAGTTTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CAGAGATGAATGATATGCTGAGAGAAAAGGTAACTGGAAGAAAAACCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181474 CAGAGATGAATGATATGCTGAGAGAAAAGGTAACTGGAAGAAAAACCGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TTCACCTTCTTCATGATTCAGAATGCTGGAATGTTAACTGGATTCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181524 TTCACCTTCTTCATGATTCAGAATGCTGGAATGTTAACTGGATTCACAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CATTCTACTCATTACCTTGTATGCAGGAGAAATCGAATTGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181574 CATTCTACTCATTACCTTGTATGCAGGAGAAATCGAATTGGAG