seq1 = pF1KE6427.tfa, 1863 bp
seq2 = pF1KE6427/gi568815595f_128779692.tfa (gi568815595f:128779692_129012604), 232913 bp

>pF1KE6427 1863
>gi568815595f:128779692_129012604 (Chr3)

1-150  (100001-100150)   100% ->
151-244  (104962-105055)   100% ->
245-346  (113864-113965)   100% ->
347-453  (115619-115725)   99% ->
454-554  (116745-116845)   100% ->
555-633  (117941-118019)   100% ->
634-808  (119596-119770)   100% ->
809-882  (121585-121658)   100% ->
883-958  (122862-122937)   100% ->
959-1029  (124371-124441)   100% ->
1030-1149  (124695-124814)   100% ->
1150-1278  (126430-126558)   100% ->
1279-1358  (128494-128573)   100% ->
1359-1485  (129282-129408)   99% ->
1486-1563  (129653-129730)   100% ->
1564-1692  (130330-130458)   100% ->
1693-1765  (131050-131122)   100% ->
1766-1863  (132816-132913)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGGCTGCGGGCTCTTCCTGCGCACCACGGCTGCGGCTCGTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCGGCTGCGGGCTCTTCCTGCGCACCACGGCTGCGGCTCGTGCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGGGTCTGGTGGTCTCTACCGCGAACCGGCGGCTACTGCGCACCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGGGTCTGGTGGTCTCTACCGCGAACCGGCGGCTACTGCGCACCAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCCTGTACGAGCTTTCGCCAAAGAGCTTTTCCTAGGCAAAATCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCCTGTACGAGCTTTCGCCAAAGAGCTTTTCCTAGGCAAAATCAAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151          AAAGAAGTTTTCCCATTTCCAGAAGTTAGCCAAGATGAACT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTA...TAGAAAGAAGTTTTCCCATTTCCAGAAGTTAGCCAAGATGAACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAATGAAATCAATCAGTTCTTGGGACCCGTGGAAAAATTCTTCACTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105003 TAATGAAATCAATCAGTTCTTGGGACCCGTGGAAAAATTCTTCACTGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGG         TGGACTCCCGAAAAATTGACCAGGAAGGGAAAATCCCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105053 AGGGTA...CAGTGGACTCCCGAAAAATTGACCAGGAAGGGAAAATCCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGAAACTTTGGAGAAATTGAAGAGCCTAGGGCTTTTTGGGCTGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113902 GATGAAACTTTGGAGAAATTGAAGAGCCTAGGGCTTTTTGGGCTGCAAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCCAGAAGAATATG         GTGGCCTGGGCTTCTCCAACACCATGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 113952 CCCAGAAGAATATGGTA...TAGGTGGCCTGGGCTTCTCCAACACCATGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACTCACGACTAGGGGAGATCATCAGCATGGATGGGTCCATCACTGTGACC
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115646 ACTCAAGACTAGGGGAGATCATCAGCATGGATGGGTCCATCACTGTGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGCAGCGCACCAGGCTATTGGCCTCAAG         GGGATCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 115696 CTGGCAGCGCACCAGGCTATTGGCCTCAAGGTC...TAGGGGATCATCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGCTGGCACTGAGGAGCAGAAAGCCAAATACTTGCCTAAACTGGCGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116756 GGCTGGCACTGAGGAGCAGAAAGCCAAATACTTGCCTAAACTGGCGTCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGGAGCACATTGCAGCCTTCTGCCTCACGGAGCCAGCCAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 116806 GGGAGCACATTGCAGCCTTCTGCCTCACGGAGCCAGCCAGGTC...CAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGGAGCGATGCAGCCTCAATCCGGAGCAGAGCCACACTAAGTGAAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117942 GGGAGCGATGCAGCCTCAATCCGGAGCAGAGCCACACTAAGTGAAGACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAAGCACTACATCCTCAATGGCTCCAAG         GTCTGGATTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 117992 GAAGCACTACATCCTCAATGGCTCCAAGGTA...CAGGTCTGGATTACTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATGGAGGACTGGCCAATATTTTTACTGTGTTTGCAAAGACTGAGGTCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119609 ATGGAGGACTGGCCAATATTTTTACTGTGTTTGCAAAGACTGAGGTCGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GATTCTGATGGATCAGTGAAAGACAAAATCACAGCATTCATAGTAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119659 GATTCTGATGGATCAGTGAAAGACAAAATCACAGCATTCATAGTAGAAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGACTTTGGTGGAGTCACTAATGGGAAACCCGAAGATAAATTAGGCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119709 AGACTTTGGTGGAGTCACTAATGGGAAACCCGAAGATAAATTAGGCATTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGGGCTCCAACA         CTTGTGAAGTCCATTTTGAAAACACCAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 119759 GGGGCTCCAACAGTA...CAGCTTGTGAAGTCCATTTTGAAAACACCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATACCTGTGGAAAACATCCTTGGAGAGGTCGGAGATGGGTTTAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 121614 ATACCTGTGGAAAACATCCTTGGAGAGGTCGGAGATGGGTTTAAGGTG..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883     GTGGCCATGAACATCCTCAACAGCGGCCGGTTCAGCATGGGCAGCG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121664 .CAGGTGGCCATGAACATCCTCAACAGCGGCCGGTTCAGCATGGGCAGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCGTGGCTGGGCTGCTCAAGAGATTGATTG         AAATGACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 122908 TCGTGGCTGGGCTGCTCAAGAGATTGATTGGTA...CAGAAATGACTGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GAGTACGCCTGCACAAGGAAACAGTTTAACAAGAGGCTCAGTGAATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124382 GAGTACGCCTGCACAAGGAAACAGTTTAACAAGAGGCTCAGTGAATTTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ATTGATTCAG         GAGAAATTTGCACTGATGGCTCAGAAGGCTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 124432 ATTGATTCAGGTA...CAGGAGAAATTTGCACTGATGGCTCAGAAGGCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ACGTCATGGAGAGTATGACCTACCTCACAGCAGGGATGCTGGACCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124726 ACGTCATGGAGAGTATGACCTACCTCACAGCAGGGATGCTGGACCAACCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GGCTTTCCCGACTGCTCCATCGAGGCAGCCATGGTGAAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 124776 GGCTTTCCCGACTGCTCCATCGAGGCAGCCATGGTGAAGGTA...CAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GTTCAGCTCCGAGGCCGCCTGGCAGTGTGTGAGTGAGGCGCTGCAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126432 GTTCAGCTCCGAGGCCGCCTGGCAGTGTGTGAGTGAGGCGCTGCAGATCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TCGGGGGCTTGGGCTACACAAGGGACTATCCGTACGAGCGCATACTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126482 TCGGGGGCTTGGGCTACACAAGGGACTATCCGTACGAGCGCATACTGCGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GACACCCGCATCCTCCTCATCTTCGAG         GGAACCAATGAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 126532 GACACCCGCATCCTCCTCATCTTCGAGGTG...CAGGGAACCAATGAGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TCTCCGGATGTACATCGCCCTGACGGGTCTGCAGCATGCCGGCCGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128508 TCTCCGGATGTACATCGCCCTGACGGGTCTGCAGCATGCCGGCCGCATCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TGACTACCAGGATCCA         TGAGCTTAAACAGGCCAAAGTGAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 128558 TGACTACCAGGATCCAGTA...CAGTGAGCTTAAACAGGCCAAAGTGAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 ACAGTCATGGATACCGTTGGCCGGAGGCTTCGGGACTCCCTGGGCCGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129307 ACAGTCATGGATACCGTTGGCCGGAGGCTTCGGGACTCCCTGGGCCGAAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TGTGGACCTGGGGCTGACAGGCAACCATGGAGTTGTGCACCCTAGTCTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 129357 TGTGGACCTGGGGCTGACAGGCAACCATGGAGTTGTGCACCCCAGTCTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CG         GACAGTGCCAACAAGTTTGAGGAGAACACCTACTGCTTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129407 CGGTG...TAGGACAGTGCCAACAAGTTTGAGGAGAACACCTACTGCTTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 GGCCGGACCGTGGAGACACTGCTGCTCCGCTTTGGCAAG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 129692 GGCCGGACCGTGGAGACACTGCTGCTCCGCTTTGGCAAGGTA...CAGAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CATCATGGAGGAGCAGCTGGTACTGAAGCGGGTGGCCAACATCCTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130332 CATCATGGAGGAGCAGCTGGTACTGAAGCGGGTGGCCAACATCCTCATCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 ACCTGTATGGCATGACGGCCGTGCTGTCGCGGGCCAGCCGCTCCATCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130382 ACCTGTATGGCATGACGGCCGTGCTGTCGCGGGCCAGCCGCTCCATCCGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 ATTGGGCTCCGCAACCACGACCACGAG         GTTCTCTTGGCCAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 130432 ATTGGGCTCCGCAACCACGACCACGAGGTG...CAGGTTCTCTTGGCCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 CACCTTCTGCGTGGAAGCTTACTTGCAGAATCTCTTCAGCCTCTCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131064 CACCTTCTGCGTGGAAGCTTACTTGCAGAATCTCTTCAGCCTCTCTCAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 TGGACAAGT         ATGCTCCAGAAAACCTAGATGAGCAGATTAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 131114 TGGACAAGTGTG...CAGATGCTCCAGAAAACCTAGATGAGCAGATTAAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 AAAGTGTCCCAGCAGATCCTTGAGAAGCGAGCCTATATCTGTGCCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132848 AAAGTGTCCCAGCAGATCCTTGAGAAGCGAGCCTATATCTGTGCCCACCC

   2000     .    :    .
   1848 TCTGGACAGGACATGC
        ||||||||||||||||
 132898 TCTGGACAGGACATGC