seq1 = pF1KE6416.tfa, 1647 bp
seq2 = pF1KE6416/gi568815595r_155728213.tfa (gi568815595r:155728213_155953997), 225785 bp

>pF1KE6416 1647
>gi568815595r:155728213_155953997 (Chr3)

(complement)

1-775  (100001-100775)   100% ->
776-963  (111379-111566)   100% ->
964-1148  (119957-120141)   100% ->
1149-1266  (120413-120530)   100% ->
1267-1482  (124095-124310)   100% ->
1483-1647  (125621-125785)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCACCCACCATCTCCCACAAGGACAGCAGCCGGCAACGGCGGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCACCCACCATCTCCCACAAGGACAGCAGCCGGCAACGGCGGCCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAATTTCAGTCACTCTCTGGATATGAAGAGCGGTCCCCTGCCGCCAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAATTTCAGTCACTCTCTGGATATGAAGAGCGGTCCCCTGCCGCCAGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTTGGGATGACAGTCATTTGGACTCAGCGGGCCGGGAAGGGGACAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTTGGGATGACAGTCATTTGGACTCAGCGGGCCGGGAAGGGGACAGAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTCTTCTGGGGGATACCGGCACTGGCGACTTCTTAAAAGCCCCACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCTCTTCTGGGGGATACCGGCACTGGCGACTTCTTAAAAGCCCCACAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCCGGGCCGAACTAAGCAGCATTTTGCTACTACTCTTTCTTTACGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTCCGGGCCGAACTAAGCAGCATTTTGCTACTACTCTTTCTTTACGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTCAGGGTATTCCCCTGGGCTTGGCGGGAAGCATCCCACTCATTTTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTCAGGGTATTCCCCTGGGCTTGGCGGGAAGCATCCCACTCATTTTGCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCAAAAATGTTAGCTATACAGACCAAGCTTTCTTCAGTTTTGTCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCAAAAATGTTAGCTATACAGACCAAGCTTTCTTCAGTTTTGTCTTTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCCTTCAGTCTCAAATTACTCTGGGCCCCGTTGGTTGATGCGGTCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCCCTTCAGTCTCAAATTACTCTGGGCCCCGTTGGTTGATGCGGTCTACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTAAGAACTTCGGTCGTCGCAAATCTTGGCTTGTCCCGACACAGTATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTAAGAACTTCGGTCGTCGCAAATCTTGGCTTGTCCCGACACAGTATATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTAGGACTCTTCATGATCTATTTATCCACTCAGGTGGACCGTTTGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTAGGACTCTTCATGATCTATTTATCCACTCAGGTGGACCGTTTGCTTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GAATACCGATGACAGAACACCCGACGTGATTGCTCTCACTGTGGCGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GAATACCGATGACAGAACACCCGACGTGATTGCTCTCACTGTGGCGTTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTTTGTTTGAATTCTTGGCCGCCACTCAGGACATTGCCGTCGATGGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTTTGTTTGAATTCTTGGCCGCCACTCAGGACATTGCCGTCGATGGTTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCGTTAACTATGTTATCCAGGGAAAATGTGGGTTATGCTTCTACTTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCGTTAACTATGTTATCCAGGGAAAATGTGGGTTATGCTTCTACTTGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTCGGTGGGCCAAACAGCGGGTTACTTTTTGGGCAATGTTTTGTTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTCGGTGGGCCAAACAGCGGGTTACTTTTTGGGCAATGTTTTGTTTTTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCCTTGAATCTGCCGACTTTTGTAACAAATATTTGCGGTTTCAGCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCCTTGAATCTGCCGACTTTTGTAACAAATATTTGCGGTTTCAGCCTCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCCAGAGGAATCGTTACTCTTTCAG         ATTTCCTTTTTTTCTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100751 CCCAGAGGAATCGTTACTCTTTCAGGTA...CAGATTTCCTTTTTTTCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGGAACTGTATTTTTAATAACAACAACATTGGTTGCCCTTCTGAAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111395 GGGAACTGTATTTTTAATAACAACAACATTGGTTGCCCTTCTGAAAAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AAAACGAAGTATCAGTAGTAAAAGAAGAAACACAAGGGATCACAGATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111445 AAAACGAAGTATCAGTAGTAAAAGAAGAAACACAAGGGATCACAGATACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TACAAGCTGCTTTTTGCAATTATAAAAATGCCAGCAGTTCTGACATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111495 TACAAGCTGCTTTTTGCAATTATAAAAATGCCAGCAGTTCTGACATTTTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCTTCTGATTCTAACTGCAAAG         ATTGGTTTTTCAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 111545 CCTTCTGATTCTAACTGCAAAGGTA...CAGATTGGTTTTTCAGCAGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ATGCTGTAACAGGACTGAAATTGGTAGAAGAGGGAGTACCCAAAGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119976 ATGCTGTAACAGGACTGAAATTGGTAGAAGAGGGAGTACCCAAAGAACAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TTAGCCTTATTGGCAGTTCCAATGGTTCCTTTGCAGATAATACTGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120026 TTAGCCTTATTGGCAGTTCCAATGGTTCCTTTGCAGATAATACTGCCTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GATTATCAGCAAATACACTGCAGGTCCCCAGCCATTAAACACATTTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120076 GATTATCAGCAAATACACTGCAGGTCCCCAGCCATTAAACACATTTTACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AAGCCATGCCCTACAG         ATTATTGCTTGGGTTAGAATATGCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 120126 AAGCCATGCCCTACAGGTA...TAGATTATTGCTTGGGTTAGAATATGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 CTACTGGTTTGGTGGACTCCTAAAGTAGAACATCAAGGGGGATTCCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120438 CTACTGGTTTGGTGGACTCCTAAAGTAGAACATCAAGGGGGATTCCCTAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 ATATTACTATATCGTAGTCCTGCTGAGTTATGCTTTACATCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 120488 ATATTACTATATCGTAGTCCTGCTGAGTTATGCTTTACATCAGGTA...T

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1267   GTTACAGTGTACAGCATGTATGTTTCTATAATGGCTTTCAATGCAAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124093 AGGTTACAGTGTACAGCATGTATGTTTCTATAATGGCTTTCAATGCAAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 GTTAGTGATCCACTTATTGGAGGAACATACATGACCCTTTTAAATACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124143 GTTAGTGATCCACTTATTGGAGGAACATACATGACCCTTTTAAATACCGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 GTCCAATCTGGGAGGAAACTGGCCTTCTACAGTAGCTCTTTGGCTTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124193 GTCCAATCTGGGAGGAAACTGGCCTTCTACAGTAGCTCTTTGGCTTGTAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 ATCCCCTCACAGTAAAAGAGTGTGTAGGAGCATCAAACCAGAATTGTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124243 ATCCCCTCACAGTAAAAGAGTGTGTAGGAGCATCAAACCAGAATTGTCGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 ACACCTGATGCTGTTGAG         CTTTGCAAAAAACTGGGTGGCTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 124293 ACACCTGATGCTGTTGAGGTA...CAGCTTTGCAAAAAACTGGGTGGCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 ATGTGTTACAGCCCTGGATGGTTATTATGTGGAGTCCATTATTTGTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125644 ATGTGTTACAGCCCTGGATGGTTATTATGTGGAGTCCATTATTTGTGTTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 TCATTGGATTTGGTTGGTGGTTCTTTCTTGGTCCAAAATTTAAAAAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125694 TCATTGGATTTGGTTGGTGGTTCTTTCTTGGTCCAAAATTTAAAAAGTTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 CAGGATGAAGGATCATCTTCGTGGAAATGCAAAAGGAACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125744 CAGGATGAAGGATCATCTTCGTGGAAATGCAAAAGGAACAAT