seq1 = pF1KE6406.tfa, 1374 bp
seq2 = pF1KE6406/gi568815597f_62703787.tfa (gi568815597f:62703787_62964156), 260370 bp

>pF1KE6406 1374
>gi568815597f:62703787_62964156 (Chr1)

1-76  (100001-100076)   100% ->
77-160  (101386-101469)   100% ->
161-394  (112789-113022)   100% ->
395-725  (115219-115549)   100% ->
726-796  (117353-117423)   100% ->
797-933  (125254-125390)   100% ->
934-1012  (130252-130330)   100% ->
1013-1089  (130990-131066)   100% ->
1090-1209  (137642-137761)   100% ->
1210-1374  (160206-160370)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCTACAGGAACAGATGAAGTTGACAAGCTAAAAACCAAATTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCTACAGGAACAGATGAAGTTGACAAGCTAAAAACCAAATTTAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCTGCTTGGAACAACATGAAATATA         GTTGGGTGTTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 ATCTGCTTGGAACAACATGAAATATAGTA...TAGGTTGGGTGTTGAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAAAGACGTATTTTAGTAGAAATTCTCCTGTATTATTGCTTGGAAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CAAAGACGTATTTTAGTAGAAATTCTCCTGTATTATTGCTTGGAAAATGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACCATTTTAAATATGAAG         ATGAAGATAAAACGTTACCTGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101451 TACCATTTTAAATATGAAGGTA...TAGATGAAGATAAAACGTTACCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAGTCGGGATGTACAATAGAGGATCACGTAATTGCAGGAAATGTAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112811 AGAGTCGGGATGTACAATAGAGGATCACGTAATTGCAGGAAATGTAGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AATTTCGTAAAGATTTCATTTCTAGAATATGGCTGACCTACAGGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112861 AATTTCGTAAAGATTTCATTTCTAGAATATGGCTGACCTACAGGGAAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCCCTCAAATAGAAGGCTCAGCTTTGACAACAGACTGTGGGTGGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112911 TTCCCTCAAATAGAAGGCTCAGCTTTGACAACAGACTGTGGGTGGGGCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACATTGAGAACTGGCCAGATGCTCTTGGCTCAAGGACTCATACTACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112961 CACATTGAGAACTGGCCAGATGCTCTTGGCTCAAGGACTCATACTACACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTCTTGGTAGAG         CTTGGACCTGGCCTGATGCTTTGAATATT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 113011 TTCTTGGTAGAGGTA...TAGCTTGGACCTGGCCTGATGCTTTGAATATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAAAATTCAGACTCTGAATCATGGACTTCCCACACTGTCAAAAAATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115248 GAAAATTCAGACTCTGAATCATGGACTTCCCACACTGTCAAAAAATTTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCATCATTTGAAGCATCACTTTCAGGGGAAAGAGAATTCAAAACCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115298 TGCATCATTTGAAGCATCACTTTCAGGGGAAAGAGAATTCAAAACCCCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAATTTCTCTGAAGGAAACAATTGGGAAATATTCTGATGATCATGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115348 CAATTTCTCTGAAGGAAACAATTGGGAAATATTCTGATGATCATGAAATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CGAAATGAAGTTTATCATAGGAAAATCATCTCTTGGTTTGGTGATTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115398 CGAAATGAAGTTTATCATAGGAAAATCATCTCTTGGTTTGGTGATTCCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTTGGCTCTTTTTGGCTTACATCAACTAATAGAATATGGAAAGAAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115448 CTTGGCTCTTTTTGGCTTACATCAACTAATAGAATATGGAAAGAAGTCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGAAAAAAGCAGGAGATTGGTATGGACCAGCTGTGGTTGCTCACATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115498 GGAAAAAAGCAGGAGATTGGTATGGACCAGCTGTGGTTGCTCACATTTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AG         AAAAGCAGTTGAAGAAGCAAGGCATCCTGATTTACAAGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115548 AGGTA...CAGAAAAGCAGTTGAAGAAGCAAGGCATCCTGATTTACAAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AATAACTATTTATGTTGCACAAGATTGTACAG         TTTACAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 117392 AATAACTATTTATGTTGCACAAGATTGTACAGGTA...CAGTTTACAATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTGATGTAATTGATAAACAGAGTGCTTCCATGACTTCTGATAATGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125263 CTGATGTAATTGATAAACAGAGTGCTTCCATGACTTCTGATAATGCAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GACAAAGCTGTTATTATTCTAGTTCCTGTTAGACTTGGTGGAGAAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125313 GACAAAGCTGTTATTATTCTAGTTCCTGTTAGACTTGGTGGAGAAAGAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CAACACCGACTACTTAGAATTTGTGAAG         GGTATTTTAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 125363 CAACACCGACTACTTAGAATTTGTGAAGGTA...CAGGGTATTTTAAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGGAATATTGTGTGGGTATTATTGGTGGCAAACCTAAACAGTCATATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130265 TGGAATATTGTGTGGGTATTATTGGTGGCAAACCTAAACAGTCATATTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TTTGCTGGATTTCAAG         ATGACAGTTTGATTTACATGGATCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 130315 TTTGCTGGATTTCAAGGTT...TAGATGACAGTTTGATTTACATGGATCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TCATTACTGCCAATCTTTTGTAGATGTCAGCATAAAGGATTTCCCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131015 TCATTACTGCCAATCTTTTGTAGATGTCAGCATAAAGGATTTCCCTCTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AG         ACATTCCACTGCCCTTCTCCCAAAAAGATGTCTTTTCGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131065 AGGTA...CAGACATTCCACTGCCCTTCTCCCAAAAAGATGTCTTTTCGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAAATGGATCCCAGCTGTACAATAGGATTTTACTGTCGAAATGTTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137681 AAAATGGATCCCAGCTGTACAATAGGATTTTACTGTCGAAATGTTCAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTTCAAACGAGCTTCTGAAGAAATCACCAAG         ATGCTGAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 137731 CTTCAAACGAGCTTCTGAAGAAATCACCAAGGTA...CAGATGCTGAAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TTTCTTCTAAGGAGAAATATCCCTTATTTACTTTTGTAAATGGTCATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160216 TTTCTTCTAAGGAGAAATATCCCTTATTTACTTTTGTAAATGGTCATTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AGAGACTATGATTTTACATCTACTACAACCAATGAAGAAGACCTTTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160266 AGAGACTATGATTTTACATCTACTACAACCAATGAAGAAGACCTTTTTTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AGAGGATGAAAAGAAACAATTAAAAAGATTTAGCACGGAAGAGTTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160316 AGAGGATGAAAAGAAACAATTAAAAAGATTTAGCACGGAAGAGTTTGTCT

   1450     .
   1370 TGCTT
        |||||
 160366 TGCTT