seq1 = pF1KE6387.tfa, 984 bp
seq2 = pF1KE6387/gi568815594f_151177173.tfa (gi568815594f:151177173_151391450), 214278 bp

>pF1KE6387 984
>gi568815594f:151177173_151391450 (Chr4)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-215  (102624-102786)   99% ->
216-481  (104976-105241)   100% ->
482-651  (105945-106114)   100% ->
652-984  (113946-114278)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCCTGCTGGCTGTGCCTTCACGCTGCTCCTTCTGCTGGGGATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCCCTGCTGGCTGTGCCTTCACGCTGCTCCTTCTGCTGGGGATCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AG         TGTGTGGGCAACCTGTATACTCCAGCCGCGTTGTAGGTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGTG...TAGTGTGTGGGCAACCTGTATACTCCAGCCGCGTTGTAGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCAGGATGCTGCTGCAGGGCGCTGGCCTTGGCAGGTCAGCCTACACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102663 GCCAGGATGCTGCTGCAGGGCGCTGGCCTTGGCAGGTCAGCCTACACTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACCACAACTTTATCTATGGAGGTTCCCTCGTCAGTGAGAGGTTGATACT
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 102713 GACCACAACTTTATCTGTGGAGGTTCCCTCGTCAGTGAGAGGTTGATACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACAGCAGCACACTGCATACAACC         GACCTGGACTACTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102763 GACAGCAGCACACTGCATACAACCGTG...TAGGACCTGGACTACTTTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CATATACTGTGTGGCTAGGATCGATTACAGTAGGTGACTCAAGGAAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104993 CATATACTGTGTGGCTAGGATCGATTACAGTAGGTGACTCAAGGAAACGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGAAGTACTACGTGTCCAAAATCGTCATCCATCCCAAGTACCAAGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105043 GTGAAGTACTACGTGTCCAAAATCGTCATCCATCCCAAGTACCAAGATAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AACGGCAGACGTCGCCTTGTTGAAACTGTCCTCTCAAGTCACCTTCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105093 AACGGCAGACGTCGCCTTGTTGAAACTGTCCTCTCAAGTCACCTTCACTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGCCATCCTGCCTATTTGCTTGCCCAGTGTCACAAAGCAGTTGGCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105143 CTGCCATCCTGCCTATTTGCTTGCCCAGTGTCACAAAGCAGTTGGCAATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCACCCTTTTGTTGGGTGACCGGATGGGGAAAAGTTAAGGAAAGTTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 105193 CCACCCTTTTGTTGGGTGACCGGATGGGGAAAAGTTAAGGAAAGTTCAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482         ATAGAGATTACCATTCTGCCCTTCAGGAAGCAGAAGTACCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105243 TG...CAGATAGAGATTACCATTCTGCCCTTCAGGAAGCAGAAGTACCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTATTGACCGCCAGGCTTGTGAACAGCTCTACAATCCCATCGGTATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105987 TTATTGACCGCCAGGCTTGTGAACAGCTCTACAATCCCATCGGTATCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTGCCAGCACTGGAGCCAGTCATCAAGGAAGACAAGATTTGTGCTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106037 TTGCCAGCACTGGAGCCAGTCATCAAGGAAGACAAGATTTGTGCTGGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TACTCAAAACATGAAGGATAGTTGCAAG         GGTGATTCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 106087 TACTCAAAACATGAAGGATAGTTGCAAGGTC...TAGGGTGATTCTGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGCCTCTGTCGTGTCACATTGATGGTGTATGGATCCAGACAGGAGTAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113959 GGCCTCTGTCGTGTCACATTGATGGTGTATGGATCCAGACAGGAGTAGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGCTGGGGATTAGAATGTGGTAAATCTCTTCCTGGAGTCTACACCAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114009 AGCTGGGGATTAGAATGTGGTAAATCTCTTCCTGGAGTCTACACCAATGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AATCTACTACCAAAAATGGATTAATGCCACTATTTCAAGAGCCAACAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114059 AATCTACTACCAAAAATGGATTAATGCCACTATTTCAAGAGCCAACAATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TAGACTTCTCTGACTTCTTGTTCCCTATTGTCCTACTCTCTCTGGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114109 TAGACTTCTCTGACTTCTTGTTCCCTATTGTCCTACTCTCTCTGGCTCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTGTGTCCCTCCTGTGCCTTTGGACCTAACACTATACACAGAGTAGGCAC
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114159 CTGCGTCCCTCCTGTGCCTTTGGACCTAACACTATACACAGAGTAGGCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGTAGCTGAAGCTGTTGCTTGCATACAGGGCTGGGAAGAGAATGCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114209 TGTAGCTGAAGCTGTTGCTTGCATACAGGGCTGGGAAGAGAATGCATGGA

   1000     .    :    .    :
    965 GATTTAGTCCCAGGGGCAGA
        ||||||||||||||||||||
 114259 GATTTAGTCCCAGGGGCAGA