seq1 = pF1KE6381.tfa, 957 bp
seq2 = pF1KE6381/gi568815597r_110263769.tfa (gi568815597r:110263769_110489323), 225555 bp

>pF1KE6381 957
>gi568815597r:110263769_110489323 (Chr1)

(complement)

1-87  (100001-100087)   98% ->
88-220  (106358-106490)   100% ->
221-364  (107529-107672)   100% ->
365-526  (108181-108342)   100% ->
527-738  (112163-112374)   100% ->
739-832  (113773-113866)   100% ->
833-957  (125431-125555)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGAAGAGGGAGGGGAAGGTCCAACCTTACACTAAAACCCTGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGAAGAGGGAGGGGAAGGTCCAACCTTACACTAAAACCCTGGATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGATGGGGATGGATGATTGTGATTCATTTTTTCCTG         GTGA
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 AGGATGGGGATGGATGATTGTGATTCATTTTTTCCTGGTA...TAGGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGTGTTTGTGATGGGGATGACCAAGACTTTTGCAATTTTCTTTGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106362 ATGTGTTTGTGATGGGGATGACCAAGACTTTTGCAATTTTCTTTGTGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTCAAGAAGAGTTTGAAGGCACCTCAGAGCAAATTGGTTGGATTGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106412 TTTCAAGAAGAGTTTGAAGGCACCTCAGAGCAAATTGGTTGGATTGGATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCATGTCATCTCTTCGTTTTTGTGCAG         GTCCCCTGGTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 106462 CATCATGTCATCTCTTCGTTTTTGTGCAGGTA...AAGGTCCCCTGGTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTATTATTTGTGACATACTTGGAGAGAAAACTACCTCCATTCTTGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107541 CTATTATTTGTGACATACTTGGAGAGAAAACTACCTCCATTCTTGGGGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCGTTGTTACTGGTGGATATCTGATCAGCAGCTGGGCCACAAGTATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107591 TTCGTTGTTACTGGTGGATATCTGATCAGCAGCTGGGCCACAAGTATTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTTTCTTTGTGTGACTATGGGACTTCTACCCG         GTTTGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107641 TTTTCTTTGTGTGACTATGGGACTTCTACCCGGTG...TAGGTTTGGGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGCTTTCTTATACCAAGTGGCTGCTGTGGTAACTACCAAATACTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108190 CTGCTTTCTTATACCAAGTGGCTGCTGTGGTAACTACCAAATACTTCAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAACGATTGGCTCTTTCTACAGCTATTGCCCGTTCTGGGATGGGACTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108240 AAACGATTGGCTCTTTCTACAGCTATTGCCCGTTCTGGGATGGGACTGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTTTCTTTTGGCACCCTTTACAAAATTCCTGATAGATCTGTATGACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108290 TTTTCTTTTGGCACCCTTTACAAAATTCCTGATAGATCTGTATGACTGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAG         GTATCCTTGAGACGGTCAGTCAGATTATTTCTGGATGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108340 CAGGTA...CAGGTATCCTTGAGACGGTCAGTCAGATTATTTCTGGATGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTTGCTGATCAAAACTGGATTAAGAAGTATCATTACCACAAGTCTTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112201 GTTGCTGATCAAAACTGGATTAAGAAGTATCATTACCACAAGTCTTACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CATCCTCTGCGGCATCACTAACCTGCTTGCTCCTTTAGCCACCACATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112251 CATCCTCTGCGGCATCACTAACCTGCTTGCTCCTTTAGCCACCACATTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CACTACTTATGACCTACACCATCTGCTTTGCCATCTTTGCTGGTGGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112301 CACTACTTATGACCTACACCATCTGCTTTGCCATCTTTGCTGGTGGTTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTGGCATTGATACTGCCTGTACTG         GTTGATCTGTGTAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 112351 CTGGCATTGATACTGCCTGTACTGGTG...CAGGTTGATCTGTGTAGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTCTACAGTAAACAGGTTTTTGGGACTTGCCAGTTTCTTTGCTGGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113790 TTCTACAGTAAACAGGTTTTTGGGACTTGCCAGTTTCTTTGCTGGGATGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTGTCCTTTCTGGACCACCTATAGCAG         GCTGGTTATATGAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 113840 CTGTCCTTTCTGGACCACCTATAGCAGGTA...CAGGCTGGTTATATGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TATACCCAGACATACAATGGCTCTTTCTACTTCTCTGGCATATGCTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125445 TATACCCAGACATACAATGGCTCTTTCTACTTCTCTGGCATATGCTATCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCTCTCTTCAGTTTCCTTTTTTTTTGTACCATTGGCCGAAAGATGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125495 CCTCTCTTCAGTTTCCTTTTTTTTTGTACCATTGGCCGAAAGATGGAAAA

   1000     .    :
    947 ACAGTCTGACC
        |||||||||||
 125545 ACAGTCTGACC