seq1 = pF1KE6357.tfa, 975 bp
seq2 = pF1KE6357/gi568815588f_100934692.tfa (gi568815588f:100934692_101139582), 204891 bp

>pF1KE6357 975
>gi568815588f:100934692_101139582 (Chr10)

7-173  (99999-100164)   99% ->
174-348  (100806-100980)   99% ->
349-443  (101316-101410)   100% ->
444-519  (101795-101870)   100% ->
520-605  (102032-102117)   100% ->
606-733  (102385-102512)   100% ->
734-783  (102691-102740)   100% ->
784-833  (103952-104001)   100% ->
834-881  (104484-104531)   100% ->
882-975  (104798-104891)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      7 AGCAAAATGGGTGAATTGCCTTTAGACATCAACATCCAGGAACCTCGCTG
        ||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 AG AAAATGGGTGAATTGCCTTTAGACATCAACATCCAGGAACCTCGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     57 GGACCAAAGTACTTTCCTGGGCAGAGCCCGGCACTTTTTCACTGTTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 GGACCAAAGTACTTTCCTGGGCAGAGCCCGGCACTTTTTCACTGTTACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    107 ATCCTCGAAATCTGCTGCTGTCCGGGGCACAGCTGGAAGCTTCTCGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100098 ATCCTCGAAATCTGCTGCTGTCCGGGGCACAGCTGGAAGCTTCTCGGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    157 ATCGTGCAGAACTACAG         GGCCGGCGTGGTGACCCCAGGGAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100148 ATCGTGCAGAACTACAGGTG...CAGGGCCGGCGTGGTGACCCCAGGGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    198 CACCGAGGACCAGCTGTGGAGGGCCAAGTATGTGTATGACTCCGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100830 CACCGAGGACCAGCTGTGGAGGGCCAAGTATGTGTATGACTCCGCCTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    248 ATCCGGACACAGGGGAGAAGGTGGTCCTGATTGGCCGCATGTCAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100880 ATCCGGACACAGGGGAGAAGGTGGTCCTGATTGGCCGCATGTCAGCCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    298 GTGCCCATGAACATGACCATCACTGGCTGCATGCTCACATTCTACAGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100930 GTGCCCATGAACATGACCATCACTGGCTGCATGCTCACATTCTACAGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    348 G         ACCCCAACCGTGGTGTTCTGGCAGTGGGTGAATCAGTCCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100980 GGTC...AAGACCCCAACCGTGGTGTTCTGGCAGTGGGTGAATCAGTCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    389 TCAATGCCATTGTTAACTACTCCAACCGCAGTGGTGACACTCCCATCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101356 TCAATGCCATTGTTAACTACTCCAACCGCAGTGGTGACACTCCCATCACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    439 GTGAG         GCAGCTGGGGACAGCCTATGTGAGTGCCACCACTGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101406 GTGAGGTG...CAGGCAGCTGGGGACAGCCTATGTGAGTGCCACCACTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    480 AGCTGTGGCCACGGCCCTGGGACTCAAATCCCTCACCAAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101831 AGCTGTGGCCACGGCCCTGGGACTCAAATCCCTCACCAAGGTA...CAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    521 ACCTGCCCCCCTTGGTCGGCAGATTTGTGCCCTTTGCAGCAGTGGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102033 ACCTGCCCCCCTTGGTCGGCAGATTTGTGCCCTTTGCAGCAGTGGCAGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    571 GCCAACTGCATCAACATCCCCCTGATGAGGCAGAG         AGAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 102083 GCCAACTGCATCAACATCCCCCTGATGAGGCAGAGGTG...CAGAGAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    612 GCAGGTGGGCATCCCGGTGGCTGATGAGGCAGGTCAGAGGCTTGGCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102391 GCAGGTGGGCATCCCGGTGGCTGATGAGGCAGGTCAGAGGCTTGGCTACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    662 CGGTGACTGCAGCCAAGCAGGGAATCTTCCAGGTGGTGATTTCAAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102441 CGGTGACTGCAGCCAAGCAGGGAATCTTCCAGGTGGTGATTTCAAGAATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    712 TGCATGGCGATTCCTGCCATGG         CCATCCCACCACTGATCAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102491 TGCATGGCGATTCCTGCCATGGGTA...CAGCCATCCCACCACTGATCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    753 GGACACTCTGGAGAAGAAAGACTTCCTGAAG         CGCCGCCCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102710 GGACACTCTGGAGAAGAAAGACTTCCTGAAGGTA...CAGCGCCGCCCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    794 GGCTGGGGGCACCCCTGCAGGTGGGACTGGTGGGCTTCTG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103962 GGCTGGGGGCACCCCTGCAGGTGGGACTGGTGGGCTTCTGGTA...CAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    835 CTGGTATTTGCAACCCCCCTGTGCTGTGCCCTATTCCCCCAGAAGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104485 CTGGTATTTGCAACCCCCCTGTGCTGTGCCCTATTCCCCCAGAAGAGGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    882       CTCCATACACATAAGCAACCTGGAACCAGAGCTGAGAGCTCAGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104535 ...CAGCTCCATACACATAAGCAACCTGGAACCAGAGCTGAGAGCTCAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    926 TCCATGAGCAAAACCCCAGCGTTGAAGTGGTCTACTACAACAAGGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104842 TCCATGAGCAAAACCCCAGCGTTGAAGTGGTCTACTACAACAAGGGGCTT