seq1 = pF1KE6352.tfa, 1110 bp
seq2 = pF1KE6352/gi568815589f_78197211.tfa (gi568815589f:78197211_78429083), 231873 bp

>pF1KE6352 1110
>gi568815589f:78197211_78429083 (Chr9)

1-60  (100001-100060)   100% ->
61-121  (103392-103452)   100% ->
122-191  (104744-104813)   100% ->
192-397  (107525-107730)   99% ->
398-570  (109104-109276)   100% ->
571-740  (111204-111373)   100% ->
741-869  (120466-120594)   100% ->
870-1007  (130841-130978)   100% ->
1008-1110  (131771-131873)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGCCCCCAGGCAGGTGGTCAACTTTGGGCCTGGTCCCGCCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGCCCCCAGGCAGGTGGTCAACTTTGGGCCTGGTCCCGCCAAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGCACTCA         GTGTTGTTAGAGATACAAAAGGAATTATTAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCGCACTCAGTA...TAGGTGTTGTTAGAGATACAAAAGGAATTATTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTACAAAGGAGTTGGCATTAGTGTTCTTG         AAATGAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 103423 ACTACAAAGGAGTTGGCATTAGTGTTCTTGGTA...CAGAAATGAGTCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AGGTCATCAGATTTTGCCAAGATTATTAACAATACAGAGAATCTTGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104755 AGGTCATCAGATTTTGCCAAGATTATTAACAATACAGAGAATCTTGTGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGAATTGCT         AGCTGTTCCAGACAACTATAAGGTGATTTTTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104805 GGAATTGCTGTA...CAGAGCTGTTCCAGACAACTATAAGGTGATTTTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGCAAGGAGGTGGGTGCGGCCAGTTCAGTGCTGTCCCCTTAAACCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107557 TGCAAGGAGGTGGGTGCGGCCAGTTCAGTGCTGTCCCCTTAAACCTCATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGCTTGAAAGCAGGAAGGTGTGCGGACTATGTGGTGACAGGAGCTTGGTC
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 107607 GGCTTGAAAGCAGGAAGGTGTGCTGACTATGTGGTGACAGGAGCTTGGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGCTAAGGCCGCAGAAGAAGCCAAGAAGTTTGGGACTATAAATATCGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107657 AGCTAAGGCCGCAGAAGAAGCCAAGAAGTTTGGGACTATAAATATCGTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCCTAAACTTGGGAGTTATACAA         AAATTCCAGATCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 107707 ACCCTAAACTTGGGAGTTATACAAGTA...TAGAAATTCCAGATCCAAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACCTGGAACCTCAACCCAGATGCCTCCTACGTGTATTATTGCGCAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109121 ACCTGGAACCTCAACCCAGATGCCTCCTACGTGTATTATTGCGCAAATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GACGGTGCATGGTGTGGAGTTTGACTTTATACCCGATGTCAAGGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109171 GACGGTGCATGGTGTGGAGTTTGACTTTATACCCGATGTCAAGGGAGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TACTGGTTTGTGACATGTCCTCAAACTTCCTGTCCAAGCCAGTGGATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109221 TACTGGTTTGTGACATGTCCTCAAACTTCCTGTCCAAGCCAGTGGATGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCCAAG         TTTGGTGTGATTTTTGCTGGTGCCCAGAAGAATGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109271 TCCAAGGTA...AAGTTTGGTGTGATTTTTGCTGGTGCCCAGAAGAATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGCTCTGCTGGGGTCACCGTGGTGATTGTCCGTGATGACCTGCTGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111239 TGGCTCTGCTGGGGTCACCGTGGTGATTGTCCGTGATGACCTGCTGGGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGCCCTCCGAGAGTGCCCCTCGGTCCTGGAATACAAGGTGCAGGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111289 TTGCCCTCCGAGAGTGCCCCTCGGTCCTGGAATACAAGGTGCAGGCTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AACAGCTCCTTGTACAACACGCCTCCATGTTTCAG         CATCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 111339 AACAGCTCCTTGTACAACACGCCTCCATGTTTCAGGTA...TAGCATCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CGTCATGGGCTTGGTTCTGGAGTGGATTAAAAACAATGGAGGTGCCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120472 CGTCATGGGCTTGGTTCTGGAGTGGATTAAAAACAATGGAGGTGCCGCGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCATGGAGAAGCTTAGCTCCATCAAATCTCAAACAATTTATGAGATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120522 CCATGGAGAAGCTTAGCTCCATCAAATCTCAAACAATTTATGAGATTATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GATAATTCTCAAGGATTCTACGT         TTGTCCAGTGGAGCCCCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 120572 GATAATTCTCAAGGATTCTACGTGTA...CAGTTGTCCAGTGGAGCCCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AAATAGAAGCAAGATGAATATTCCATTCCGCATTGGCAATGCCAAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130859 AAATAGAAGCAAGATGAATATTCCATTCCGCATTGGCAATGCCAAAGGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATGATGCTTTAGAAAAAAGATTTCTTGATAAAGCTCTTGAACTCAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130909 ATGATGCTTTAGAAAAAAGATTTCTTGATAAAGCTCTTGAACTCAATATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTGTCCTTGAAAGGGCATAG         GTCTGTGGGAGGCATCCGGGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 130959 TTGTCCTTGAAAGGGCATAGGTG...TAGGTCTGTGGGAGGCATCCGGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTCTCTGTATAATGCTGTCACAATTGAAGACGTTCAGAAGCTGGCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131792 CTCTCTGTATAATGCTGTCACAATTGAAGACGTTCAGAAGCTGGCCGCCT

   1150     .    :    .    :    .    :
   1079 TCATGAAAAAATTTTTGGAGATGCATCAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 131842 TCATGAAAAAATTTTTGGAGATGCATCAGCTA