seq1 = pF1KE6345.tfa, 1107 bp
seq2 = pF1KE6345/gi568815582f_30885659.tfa (gi568815582f:30885659_31088180), 202522 bp

>pF1KE6345 1107
>gi568815582f:30885659_31088180 (Chr16)

1-166  (100001-100166)   100% ->
167-322  (100391-100546)   100% ->
323-431  (100765-100873)   100% ->
432-531  (100947-101046)   100% ->
532-694  (101182-101344)   100% ->
695-1107  (102110-102522)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGACTCTGCACAGGCCCAGAAGCTGGTGTACCTGGTCACAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGACTCTGCACAGGCCCAGAAGCTGGTGTACCTGGTCACAGGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGTGGCTTCCTGGGAGAGCACGTGGTGCGAATGCTGCTGCAGCGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGTGGCTTCCTGGGAGAGCACGTGGTGCGAATGCTGCTGCAGCGGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCGGCTCGGGGAGCTGCGGGTCTTTGACCAACACCTGGGTCCCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCGGCTCGGGGAGCTGCGGGTCTTTGACCAACACCTGGGTCCCTGGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGAGCTGAAGACAG         GGCCTGTGAGGGTGACTGCCATCCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGGAGCTGAAGACAGGTT...CAGGGCCTGTGAGGGTGACTGCCATCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGGGACGTGACCCAGGCCCATGAGGTGGCAGCAGCTGTGGCCGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100416 GGGGGACGTGACCCAGGCCCATGAGGTGGCAGCAGCTGTGGCCGGAGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGTGGTCATCCACACGGCTGGGCTGGTAGACGTGTTTGGCAGGGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100466 ATGTGGTCATCCACACGGCTGGGCTGGTAGACGTGTTTGGCAGGGCCAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCCAAGACCATCCATGAGGTCAACGTGCAGG         GTACCCGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100516 CCCAAGACCATCCATGAGGTCAACGTGCAGGGTG...CAGGTACCCGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGTGATCGAGGCTTGTGTGCAGACCGGAACACGGTTCCTGGTCTACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100775 CGTGATCGAGGCTTGTGTGCAGACCGGAACACGGTTCCTGGTCTACACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCAGCATGGAAGTTGTGGGGCCTAACACCAAAGGTCACCCCTTCTACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100825 GCAGCATGGAAGTTGTGGGGCCTAACACCAAAGGTCACCCCTTCTACAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    432         GGGCAACGAAGACACCCCATACGAAGCAGTGCACAGGCACCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100875 TG...CAGGGGCAACGAAGACACCCCATACGAAGCAGTGCACAGGCACCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTATCCTTGCAGCAAGGCCCTGGCCGAGTGGCTGGTCCTGGAGGCCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100989 CTATCCTTGCAGCAAGGCCCTGGCCGAGTGGCTGGTCCTGGAGGCCAACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGAGGAAG         GTCCGTGGGGGGCTGCCCCTGGTGACGTGTGCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101039 GGAGGAAGGTG...CAGGTCCGTGGGGGGCTGCCCCTGGTGACGTGTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTTCGTCCCACGGGCATCTACGGTGAAGGCCACCAGATCATGAGGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101215 CTTCGTCCCACGGGCATCTACGGTGAAGGCCACCAGATCATGAGGGACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTACCGCCAGGGCCTGCGCCTGGGAGGTTGGCTCTTCCGGGCCATCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101265 CTACCGCCAGGGCCTGCGCCTGGGAGGTTGGCTCTTCCGGGCCATCCCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCTCTGTGGAGCATGGCCGGGTCTATGTGG         GCAATGTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101315 CCTCTGTGGAGCATGGCCGGGTCTATGTGGGTG...CAGGCAATGTTGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TGGATGCACGTGCTGGCAGCCCGGGAGCTGGAGCAGCGGGCAACCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102121 TGGATGCACGTGCTGGCAGCCCGGGAGCTGGAGCAGCGGGCAACCCTGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGGCGGCCAGGTATACTTCTGCTACGATGGATCACCCTACAGGAGCTATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 102171 GGGCGGCCAGGTATACTTCTGCTACGATGGATCACCCTACAGGAGCTACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGGATTTCAACATGGAGTTCCTGGGCCCCTGCGGACTGCGGCTGGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102221 AGGATTTCAACATGGAGTTCCTGGGCCCCTGCGGACTGCGGCTGGTGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCCCGCCCATTGCTGCCCTACTGGCTGCTGGTGTTCCTGGCTGCCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102271 GCCCGCCCATTGCTGCCCTACTGGCTGCTGGTGTTCCTGGCTGCCCTCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGCCCTGCTGCAGTGGCTGCTGCGGCCACTGGTGCTCTACGCACCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102321 TGCCCTGCTGCAGTGGCTGCTGCGGCCACTGGTGCTCTACGCACCCCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGAACCCCTACACGCTGGCCGTGGCCAACACCACCTTCACCGTCAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102371 TGAACCCCTACACGCTGGCCGTGGCCAACACCACCTTCACCGTCAGCACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GACAAGGCTCAGCGCCATTTCGGCTATGAGCCCCTGTTCTCGTGGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102421 GACAAGGCTCAGCGCCATTTCGGCTATGAGCCCCTGTTCTCGTGGGAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TAGCCGGACCCGTACCATTCTCTGGGTACAGGCCGCTACGGGTTCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102471 TAGCCGGACCCGTACCATTCTCTGGGTACAGGCCGCTACGGGTTCAGCCC

   1150 
   1106 AG
        ||
 102521 AG