seq1 = pF1KE6342.tfa, 1152 bp
seq2 = pF1KE6342/gi568815579r_16379134.tfa (gi568815579r:16379134_16596129), 216996 bp

>pF1KE6342 1152
>gi568815579r:16379134_16596129 (Chr19)

(complement)

1-91  (100001-100091)   98% ->
92-193  (100278-100379)   100% ->
194-397  (105560-105763)   99% ->
398-492  (110873-110967)   100% ->
493-678  (112015-112200)   100% ->
679-786  (113345-113452)   100% ->
787-918  (113549-113680)   100% ->
919-1011  (115424-115516)   98% ->
1012-1152  (116856-116996)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCGGGCTTTGGTCCAGTTCTGGGCCATATGCATGCTGCGAGTGGC
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCGGGCTTTGGTCCAGCTCTGGGCCATATGCATGCTGCGAGTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGCTACCGTCTATTTCCAAGAGGAATTTCTAGACGGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 GCTGGCTACCGTCTATTTCCAAGAGGAATTTCTAGACGGAGGTG...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCATTGGAGAAACCGATGGTTGCAGTCCACCAATGACTCCCGATTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100278 AGCATTGGAGAAACCGATGGTTGCAGTCCACCAATGACTCCCGATTTGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATTTTAGACTTTCGTCGGGCAAGTTTTATGGTCATAAAGAGAAAGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100328 CATTTTAGACTTTCGTCGGGCAAGTTTTATGGTCATAAAGAGAAAGATAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AG         GTCTGCAAACCACTCAGAATGGCCGATTCTATGCCATCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100378 AGGTT...AAGGTCTGCAAACCACTCAGAATGGCCGATTCTATGCCATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGCACGCTTCAAACCGTTCAGCAATAAAGGGAAAACTCTGGTTATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105599 CTGCACGCTTCAAACCGTTCAGCAATAAAGGGAAAACTCTGGTTATTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TACACAGTAAAACATGAGCAGAAGATGGACTGTGGAGGGGGCTACATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105649 TACACAGTAAAACATGAGCAGAAGATGGACTGTGGAGGGGGCTACATTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGTCTTTCCTGCAGACATTGACCAGAAGAACCTGAATGGAAAATCGCAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 105699 GGTCTTTCCTGCAGACATTGACCAGAAGAACCTGAATGGAAAATCGCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACTATATTATGTTTG         GACCCGATATTTGTGGATTTGATATC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105749 ACTATATTATGTTTGGTG...TAGGACCCGATATTTGTGGATTTGATATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGAAAGTTCATGTTATTTTACATTTCAAGAATAAGTATCACGAAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110899 AAGAAAGTTCATGTTATTTTACATTTCAAGAATAAGTATCACGAAAACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAACTGATCAGGTGTAAG         GTTGATGGCTTCACACACCTGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 110949 GAAACTGATCAGGTGTAAGGTA...CAGGTTGATGGCTTCACACACCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACACTCTAATTTTAAGACCAGATCTTTCTTATGATGTGAAAATTGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112037 ACACTCTAATTTTAAGACCAGATCTTTCTTATGATGTGAAAATTGATGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGTCAATTGAATCCGGCAGCATAGAGTACGACTGGAACTTAACATCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112087 CAGTCAATTGAATCCGGCAGCATAGAGTACGACTGGAACTTAACATCACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAAGAAGGAAACGTCCCCGGCAGAATCGAAGGATTGGGAACAGACTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112137 CAAGAAGGAAACGTCCCCGGCAGAATCGAAGGATTGGGAACAGACTAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACAACAAAGCCCAG         GACTGGGAGAAGCATTTTCTGGACGCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 112187 ACAACAAAGCCCAGGTG...AAGGACTGGGAGAAGCATTTTCTGGACGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGCACCAGCAAGCAGAGCGACTGGAACGGTGACCTGGATGGGGACTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113372 AGCACCAGCAAGCAGAGCGACTGGAACGGTGACCTGGATGGGGACTGGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGCGCCGATGCTCCAGAAGCCCCCGTACCAG         GATGGCCTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 113422 AGCGCCGATGCTCCAGAAGCCCCCGTACCAGGTG...CAGGATGGCCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AACCAGAAGGTATTCATAAAGACGTCTGGCTCCACCGTAAGATGAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113559 AACCAGAAGGTATTCATAAAGACGTCTGGCTCCACCGTAAGATGAAGAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACCGACTATTTGACGCAGTATGACCTCTCAGAATTTGAGAACATTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113609 ACCGACTATTTGACGCAGTATGACCTCTCAGAATTTGAGAACATTGGTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CATTGGCCTGGAGCTTTGGCAG         GTGAGATCTGGAACCATTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 113659 CATTGGCCTGGAGCTTTGGCAGGTC...CAGGTGAGATCTGGAACCATTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTGATAACTTTCTGATCACAGATGATGAAGAGTATGCAGATAATTTTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 115443 TTGATAACTTTCTGATCACAGATGATGAAGAGTACGCAGATAATTTTGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAGGCCACCTGGGGCGAAACCAAG         GGTCCAGAAAGGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 115493 AAGGCCACCTGGGGCGAAACCAAGGTA...CAGGGTCCAGAAAGGGAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGATGCCATACAGGCCAAGGAGGAAATGAAGAAGGCCCGCGAGGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116873 GGATGCCATACAGGCCAAGGAGGAAATGAAGAAGGCCCGCGAGGAAGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGGAAGAGCTGCTGTCGGGAAAAATTAACAGGCACGAACATTACTTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116923 AGGAAGAGCTGCTGTCGGGAAAAATTAACAGGCACGAACATTACTTCAAT

   1200     .    :    .    :
   1129 CAATTTCACAGAAGGAATGAACTT
        ||||||||||||||||||||||||
 116973 CAATTTCACAGAAGGAATGAACTT