seq1 = pF1KE6338.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE6338/gi568815581f_3376160.tfa (gi568815581f:3376160_3599085), 222926 bp

>pF1KE6338 939
>gi568815581f:3376160_3599085 (Chr17)

1-236  (100001-100236)   100% ->
237-432  (105444-105639)   100% ->
433-526  (107340-107433)   100% ->
527-634  (113076-113183)   100% ->
635-744  (118191-118300)   100% ->
745-939  (122732-122926)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTTCTTGTCACATTGCTGAAGAACATATACAAAAGGTTGCTATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTTCTTGTCACATTGCTGAAGAACATATACAAAAGGTTGCTATCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGAGGAACCCATGGGAATGAGCTAACCGGAGTATTTCTGGTTAAGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGAGGAACCCATGGGAATGAGCTAACCGGAGTATTTCTGGTTAAGCATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCTAGAGAATGGCGCTGAGATTCAGAGAACAGGGCTGGAGGTAAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCTAGAGAATGGCGCTGAGATTCAGAGAACAGGGCTGGAGGTAAAACCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTTATTACTAACCCCAGAGCAGTGAAGAAGTGTACCAGATATATTGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTTATTACTAACCCCAGAGCAGTGAAGAAGTGTACCAGATATATTGACTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGACCTGAATCGCATTTTTGACCTTGAAAATCTTGG         CAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100201 TGACCTGAATCGCATTTTTGACCTTGAAAATCTTGGGTA...CAGCAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAATGTCAGAAGATTTGCCATATGAAGTGAGAAGGGCTCAAGAAATAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105449 AAATGTCAGAAGATTTGCCATATGAAGTGAGAAGGGCTCAAGAAATAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CATTTATTTGGTCCAAAAGACAGTGAAGATTCCTATGACATTATTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105499 CATTTATTTGGTCCAAAAGACAGTGAAGATTCCTATGACATTATTTTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTTCACAACACCACCTCTAACATGGGGTGCACTCTTATTCTTGAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105549 CCTTCACAACACCACCTCTAACATGGGGTGCACTCTTATTCTTGAGGATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCAGGAATAACTTTTTAATTCAGATGTTTCATTACATTAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 105599 CCAGGAATAACTTTTTAATTCAGATGTTTCATTACATTAAGGTA...CAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACTTCTCTGGCTCCACTACCCTGCTACGTTTATCTGATTGAGCATCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107340 ACTTCTCTGGCTCCACTACCCTGCTACGTTTATCTGATTGAGCATCCTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCTCAAATATGCGACCACTCGTTCCATAGCCAAGTATCCTGTGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 107390 CCTCAAATATGCGACCACTCGTTCCATAGCCAAGTATCCTGTGGGTA...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    527    GTATAGAAGTTGGTCCTCAGCCTCAAGGGGTTCTGAGAGCTGATATC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113073 TAGGTATAGAAGTTGGTCCTCAGCCTCAAGGGGTTCTGAGAGCTGATATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTGGATCAAATGAGAAAAATGATTAAACATGCTCTTGATTTTATACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113123 TTGGATCAAATGAGAAAAATGATTAAACATGCTCTTGATTTTATACATCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTTCAATGAAG         GAAAAGAATTTCCTCCCTGCGCCATTGAGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 113173 TTTCAATGAAGGTA...TAGGAAAAGAATTTCCTCCCTGCGCCATTGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCTATAAAATTATAGAGAAAGTTGATTACCCCCGGGATGAAAATGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118221 TCTATAAAATTATAGAGAAAGTTGATTACCCCCGGGATGAAAATGGAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATTGCTGCTATCATCCATCCTAATCTGCAG         GATCAAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 118271 ATTGCTGCTATCATCCATCCTAATCTGCAGGTA...GAGGATCAAGACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAAACCACTGCATCCTGGGGATCCCATGTTTTTAACTCTTGATGGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122743 GAAACCACTGCATCCTGGGGATCCCATGTTTTTAACTCTTGATGGGAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CGATCCCACTGGGCGGAGACTGTACCGTGTACCCCGTGTTTGTGAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122793 CGATCCCACTGGGCGGAGACTGTACCGTGTACCCCGTGTTTGTGAATGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCCGCATATTACGAAAAGAAAGAAGCTTTTGCAAAGACAACTAAACTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122843 GCCGCATATTACGAAAAGAAAGAAGCTTTTGCAAAGACAACTAAACTAAC

    950     .    :    .    :    .    :
    906 GCTCAATGCAAAAAGTATTCGCTGCTGTTTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122893 GCTCAATGCAAAAAGTATTCGCTGCTGTTTACAT