seq1 = pF1KE6336.tfa, 1290 bp
seq2 = pF1KE6336/gi568815597f_35984922.tfa (gi568815597f:35984922_36188183), 203262 bp

>pF1KE6336 1290
>gi568815597f:35984922_36188183 (Chr1)

1-156  (100001-100156)   100% ->
157-282  (100242-100367)   100% ->
283-488  (100915-101120)   100% ->
489-632  (101783-101926)   100% ->
633-747  (102010-102124)   100% ->
748-855  (102283-102390)   100% ->
856-999  (102518-102661)   100% ->
1000-1079  (102807-102886)   100% ->
1080-1290  (103052-103262)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACGCTGAGCGTCAAGCCAAGTCGGCGCTTCCAGCTGCCCGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACGCTGAGCGTCAAGCCAAGTCGGCGCTTCCAGCTGCCCGACTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCACACTAACAGCTACCTGCTATCCACCAATGCCCAGCTGCAGCGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCACACTAACAGCTACCTGCTATCCACCAATGCCCAGCTGCAGCGAGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTTCCCATCAGATCCGCCAGGAGGCCCGGGTGCTCCGCAACGAGACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTTCCCATCAGATCCGCCAGGAGGCCCGGGTGCTCCGCAACGAGACCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACCAG         ACCATTTGGGATGAACATGACAACAGGACTCGACT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AACCAGGTT...CAGACCATTTGGGATGAACATGACAACAGGACTCGACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTGGAGAGGATTGATACTGTCAACCGGTGGAAGGAGATGCTGGACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100277 GGTGGAGAGGATTGATACTGTCAACCGGTGGAAGGAGATGCTGGACAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTCTGACAGATTTAGATGCCGAGATCGATGCCCTGACACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100327 GTCTGACAGATTTAGATGCCGAGATCGATGCCCTGACACAGGCA...TAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGAAGGAGTCAGCAGAGCAAAACCTGCAGGCCAAGAACCTGCCTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100915 ATGAAGGAGTCAGCAGAGCAAAACCTGCAGGCCAAGAACCTGCCTCTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTGGCCATTGAGTGCCTGACCCTGCGGGAAAGCCGGCGAGACATTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100965 TGTGGCCATTGAGTGCCTGACCCTGCGGGAAAGCCGGCGAGACATTGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGTGAAGGACCCTGTGGAGGATGAGCTGCATAAAGAGGTGGAGGTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101015 TGGTGAAGGACCCTGTGGAGGATGAGCTGCATAAAGAGGTGGAGGTCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGGCCACCAAGAAGGCCTTGCAACAGAAGGTCAGCCAGGCCTTCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101065 GAGGCCACCAAGAAGGCCTTGCAACAGAAGGTCAGCCAGGCCTTCGAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCTCTG         CCTCTTGCAGGAAGTCCAACAGCAGCTCAACTCCG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101115 GCTCTGGTA...CAGCCTCTTGCAGGAAGTCCAACAGCAGCTCAACTCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACCATCGGGGCAAAATGGAGACACTAGAGATCGACAGAGGCTGTCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101818 ACCATCGGGGCAAAATGGAGACACTAGAGATCGACAGAGGCTGTCTCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTCAACCTCAGATCCCCAAACATCTCGCTGAAGGTTGACCCCACACGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101868 CTCAACCTCAGATCCCCAAACATCTCGCTGAAGGTTGACCCCACACGTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACCTGATGG         CTCCACCACACTCCAGCAGTGGGATGACTTCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101918 ACCTGATGGGTA...CAGCTCCACCACACTCCAGCAGTGGGATGACTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTCGGTTCAACAAGGACCGAGCGGAGGCTGAGATGAAGGCAGCCACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102042 GTCGGTTCAACAAGGACCGAGCGGAGGCTGAGATGAAGGCAGCCACAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTGAGGGAGGCCACTGCTCTAACTATTGCTGAG         ACCAACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102092 CTGAGGGAGGCCACTGCTCTAACTATTGCTGAGGTG...CAGACCAACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CGAGCTTGAAGCCCAGAGAGTTGCAACGGAATTTGCCTTCAGGAAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102291 CGAGCTTGAAGCCCAGAGAGTTGCAACGGAATTTGCCTTCAGGAAGCGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGCGGGAGATGGAGAAAGTGTACAGTGAGCTCAAGTGGCAAGAGAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102341 TGCGGGAGATGGAGAAAGTGTACAGTGAGCTCAAGTGGCAAGAGAAGAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856          ACCTTGGAGGAGATCGCTGAGCTGCAGGAGGACATCCGGCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102391 GTG...CAGACCTTGGAGGAGATCGCTGAGCTGCAGGAGGACATCCGGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCTGGAGGAGGATCTGCGCACAAAGCTCCTGAGCCTGAAGCTGTCCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102559 CCTGGAGGAGGATCTGCGCACAAAGCTCCTGAGCCTGAAGCTGTCCCATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCCGGCTAGAGGCCAGAACCTACCGGCCCAACGTGGAACTCTGCCGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102609 CCCGGCTAGAGGCCAGAACCTACCGGCCCAACGTGGAACTCTGCCGGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CAG         GCACAGTACGGCCTCACCGACGAGGTTCACCAGCTAGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102659 CAGGTG...CAGGCACAGTACGGCCTCACCGACGAGGTTCACCAGCTAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGCAACCATCGCTGCCCTGAAGCAGAAGCTGGCGCAAGCACA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102845 GGCAACCATCGCTGCCCTGAAGCAGAAGCTGGCGCAAGCACAGTA...TA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1080  GGACGCACTGGACGCCCTGTGCAAGCACCTGGCCCGGCTGCAGGCTGAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103051 GGGACGCACTGGACGCCCTGTGCAAGCACCTGGCCCGGCTGCAGGCTGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATTGCCTGCAAGGCCAACTCCATGCTGCTGGACACCAAGTGCATGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103101 ATTGCCTGCAAGGCCAACTCCATGCTGCTGGACACCAAGTGCATGGACAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCGGCGCAAGCTGACCGTGCCTGCTGAGAGGTTCGTGCCTGAGGTGGACA
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103151 ACGGCGCAAGCTGACCGTGCCTGCTGAGAGGTTCGTGCCTGAGGTGGACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCTTCACACGTACCACAAATAGCACCCTGAGTCCACTCAAAAGCTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103201 CCTTCACACGTACCACAAATAGCACCCTGAGTCCACTCAAAAGCTGCCAG

   1350     .    :
   1279 CTGGAGCTGGCC
        ||||||||||||
 103251 CTGGAGCTGGCC