seq1 = pF1KE6325.tfa, 1305 bp
seq2 = pF1KE6325/gi568815586r_85704705.tfa (gi568815586r:85704705_85936201), 231497 bp

>pF1KE6325 1305
>gi568815586r:85704705_85936201 (Chr12)

(complement)

1-47  (100001-100047)   100% ->
48-1305  (130240-131497)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCCCTTTGGAAGAAACTTGCTAAAGACTCGGCATAAAAACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100001 ATGGCTCCCTTTGGAAGAAACTTGCTAAAGACTCGGCATAAAAACAGGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     48       ATCTCCAACTAAAGACATGGATTCAGAAGAGAAGGAAATTGTGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ...CAGATCTCCAACTAAAGACATGGATTCAGAAGAGAAGGAAATTGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTTGGGTTTGCCAAGAAGAGAAGCTTGTCTGTGGGCTGACTAAACGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130284 TTTGGGTTTGCCAAGAAGAGAAGCTTGTCTGTGGGCTGACTAAACGCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCTCTGCTGATGTCATCCAGGCTTTGCTTGAGGAACATGAGGCTACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130334 ACCTCTGCTGATGTCATCCAGGCTTTGCTTGAGGAACATGAGGCTACGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGAGAGAAACGATTTCTTCTGGGGAAGCCCAGTGATTACTGCATCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130384 TGGAGAGAAACGATTTCTTCTGGGGAAGCCCAGTGATTACTGCATCATAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAAGTGGAGAGGCTCCGAAAGGGTTCTTCCTCCACTAACTAGAATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130434 AGAAGTGGAGAGGCTCCGAAAGGGTTCTTCCTCCACTAACTAGAATCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGCTTTGGAAAGCGTGGGGAGATGAGCAGCCCAATATGCAATTTGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130484 AAGCTTTGGAAAGCGTGGGGAGATGAGCAGCCCAATATGCAATTTGTTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGTTAAAGCAGATGCTTTTCTTCCAGTTCCTTTGTGGCGGACAGCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130534 GGTTAAAGCAGATGCTTTTCTTCCAGTTCCTTTGTGGCGGACAGCTGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCAAATTAGTGCAAAACACAGAAAAATTGTGGGAGCTCAGCCCAGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130584 CCAAATTAGTGCAAAACACAGAAAAATTGTGGGAGCTCAGCCCAGCAAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TACATGAAGACTTTACCACCAGATAAACAAAAAAGAATAGTCAGGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130634 TACATGAAGACTTTACCACCAGATAAACAAAAAAGAATAGTCAGGAAAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TTTCCGGAAACTGGCTAAAATTAAGCAGGACACAGTTTCTCATGATCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130684 TTTCCGGAAACTGGCTAAAATTAAGCAGGACACAGTTTCTCATGATCGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ATAATATGGAGACATTAGTTCATCTGATCATTTCCCAGGACCATACTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130734 ATAATATGGAGACATTAGTTCATCTGATCATTTCCCAGGACCATACTATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CATCAGCAAGTCAAGAGAATGAAAGAGCTGGATCTGGAAATTGAAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130784 CATCAGCAAGTCAAGAGAATGAAAGAGCTGGATCTGGAAATTGAAAAGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGAAGCTAAGTTCCATCTTGATCGAGTAGAAAATGATGGAGAAAACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130834 TGAAGCTAAGTTCCATCTTGATCGAGTAGAAAATGATGGAGAAAACTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TTCAGGATGCATATTTAATGCCCAGTTTCAGTGAAGTTGAGCAAAATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130884 TTCAGGATGCATATTTAATGCCCAGTTTCAGTGAAGTTGAGCAAAATCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GACTTGCAGTATGAGGAAAACCAGACTCTGGAGGACCTGAGCGAAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130934 GACTTGCAGTATGAGGAAAACCAGACTCTGGAGGACCTGAGCGAAAGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGGAATTGAACAGCTGGAAGAACGACTGAAATATTACCGAATACTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130984 TGGAATTGAACAGCTGGAAGAACGACTGAAATATTACCGAATACTCATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ATAAGCTCTCTGCTGAAATAGAAAAAGAGGTAAAAAGTGTTTGCATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131034 ATAAGCTCTCTGCTGAAATAGAAAAAGAGGTAAAAAGTGTTTGCATTGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ATAAATGAAGATGCGGAAGGGGAAGCTGCAAGTGAACTGGAAAGCTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131084 ATAAATGAAGATGCGGAAGGGGAAGCTGCAAGTGAACTGGAAAGCTCTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TTTAGAGAGTGTTAAGTGTGATTTGGAGAAAAGCATGAAAGCTGGTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131134 TTTAGAGAGTGTTAAGTGTGATTTGGAGAAAAGCATGAAAGCTGGTTTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AAATTCACTCTCATTTGAGTGGCATCCAGAAAGAGATTAAATACAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131184 AAATTCACTCTCATTTGAGTGGCATCCAGAAAGAGATTAAATACAGTGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TCATTGCTTCAGATGAAAGCAAAAGAATATGAACTCCTGGCCAAGGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131234 TCATTGCTTCAGATGAAAGCAAAAGAATATGAACTCCTGGCCAAGGAATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CAATTCACTTCACATTAGCAACAAAGATGGGTGCCAGTTAAAGGAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131284 CAATTCACTTCACATTAGCAACAAAGATGGGTGCCAGTTAAAGGAAAACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 GAGCGAAGGAATCTGAGGTTCCCAGTAGCAATGGGGAGATTCCTCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131334 GAGCGAAGGAATCTGAGGTTCCCAGTAGCAATGGGGAGATTCCTCCCTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 ACTCAAAGAGTATTTAGCAATTACACAAATGACACAGACTCGGACACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131384 ACTCAAAGAGTATTTAGCAATTACACAAATGACACAGACTCGGACACTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TATCAGTTCTAACCACAGTCAGGACTCCGAAACAACAGTAGGAGATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131434 TATCAGTTCTAACCACAGTCAGGACTCCGAAACAACAGTAGGAGATGTGG

   1300     .    :
   1292 TGCTGTTGTCAACA
        ||||||||||||||
 131484 TGCTGTTGTCAACA