seq1 = pF1KE6324.tfa, 1314 bp
seq2 = pF1KE6324/gi568815595r_184142517.tfa (gi568815595r:184142517_184348940), 206424 bp

>pF1KE6324 1314
>gi568815595r:184142517_184348940 (Chr3)

(complement)

1-196  (100001-100196)   100% ->
197-296  (103129-103228)   100% ->
297-444  (103326-103473)   100% ->
445-605  (103583-103743)   100% ->
606-726  (104220-104340)   100% ->
727-932  (104945-105150)   100% ->
933-1011  (105311-105389)   98% ->
1012-1154  (105986-106128)   100% ->
1155-1314  (106265-106424)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCTGGGCTGCGGAAACGCGGCCGGTCCGGTTCCGCGGCCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCTGGGCTGCGGAAACGCGGCCGGTCCGGTTCCGCGGCCCAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAGGGACTCTGCAAGCAATGGCTGCAGCGCGCCTGGCAAGAGCGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAGGGACTCTGCAAGCAATGGCTGCAGCGCGCCTGGCAAGAGCGGCGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGCTGCGGGAGCCGCGCTACACGCTGCTGGTGGCCGCCTGCCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGCTGCGGGAGCCGCGCTACACGCTGCTGGTGGCCGCCTGCCTCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGCGGAGGTGGGCATCACCTTCTGGGTCATTCACAGGGTGGCAT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100151 CTGGCGGAGGTGGGCATCACCTTCTGGGTCATTCACAGGGTGGCATGTG.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    197      ACACAGAGATTGACTGGAAGGCCTACATGGCCGAGGTAGAAGGCG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ..CAGACACAGAGATTGACTGGAAGGCCTACATGGCCGAGGTAGAAGGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCATCAATGGTACCTATGACTATACCCAACTGCAGGGTGACACCGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103174 TCATCAATGGTACCTATGACTATACCCAACTGCAGGGTGACACCGGACCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTTGT         GTACCCAGCTGGTTTCGTGTACATCTTTATGGGGTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103224 CTTGTGTG...CAGGTACCCAGCTGGTTTCGTGTACATCTTTATGGGGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTACTATGCCACCAGCCGAGGCACTGACATCCGCATGGCCCAGAACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103362 GTACTATGCCACCAGCCGAGGCACTGACATCCGCATGGCCCAGAACATCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGCTGTGCTCTACCTGGCTACCTTGCTGCTTGTCTTCTTGATCTATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103412 TTGCTGTGCTCTACCTGGCTACCTTGCTGCTTGTCTTCTTGATCTATCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGACCTGCAAG         GTACCTCCCTTCGTCTTTTTCTTCATGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103462 CAGACCTGCAAGGTG...TAGGTACCTCCCTTCGTCTTTTTCTTCATGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTGCGCCTCTTACCGTGTCCACTCCATCTTTGTGCTGCGGCTCTTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103612 CTGCGCCTCTTACCGTGTCCACTCCATCTTTGTGCTGCGGCTCTTCAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACCCAGTGGCCATGGTGCTGCTCTTCCTCAGTATCAACCTCCTGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103662 ACCCAGTGGCCATGGTGCTGCTCTTCCTCAGTATCAACCTCCTGCTGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGCGCTGGGGCTGGGGTTGCTGCTTTTTCAG         CCTGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103712 CAGCGCTGGGGCTGGGGTTGCTGCTTTTTCAGGTC...CAGCCTGGCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTCTGTGAAGATGAATGTGCTGCTCTTCGCCCCTGGGTTACTGTTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104229 CTCTGTGAAGATGAATGTGCTGCTCTTCGCCCCTGGGTTACTGTTTCTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCCTCACACAGTTTGGCTTCCGTGGGGCCCTCCCCAAGCTGGGAATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104279 TCCTCACACAGTTTGGCTTCCGTGGGGCCCTCCCCAAGCTGGGAATCTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCTGGCCTTCAG         GTGGTGCTGGGGCTGCCCTTCCTGCTGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104329 GCTGGCCTTCAGGTA...CAGGTGGTGCTGGGGCTGCCCTTCCTGCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAACCCCAGCGGCTACCTGTCCCGCTCCTTTGACCTTGGCCGCCAGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104974 GAACCCCAGCGGCTACCTGTCCCGCTCCTTTGACCTTGGCCGCCAGTTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGTTCCACTGGACAGTGAACTGGCGCTTCCTCCCAGAGGCGCTCTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105024 TGTTCCACTGGACAGTGAACTGGCGCTTCCTCCCAGAGGCGCTCTTCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CATCGAGCCTTCCACCTGGCCCTGTTGACTGCCCACCTCACCCTGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105074 CATCGAGCCTTCCACCTGGCCCTGTTGACTGCCCACCTCACCCTGCTCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCTGTTTGCCCTCTGCAGGTGGCACAG         GACAGGGGAAAGTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 105124 GCTGTTTGCCCTCTGCAGGTGGCACAGGTG...CAGGACAGGGGAAAGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCTTGTCGCTGCTGAGGGATCCCTCCAAAAGGAAGGTTCCACCCCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105325 TCTTGTCGCTGCTGAGGGATCCCTCCAAAAGGAAGGTTCCACCCCAGCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTTACACCCAACCAG         ATCGTTTCTACCCTCTTCACCTCCAA
        |||||||||||||| >>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105375 CTTACACCCAACCATATC...CAGATCGTTTCTACCCTCTTCACCTCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTTCATTGGCATCTGCTTCAGCCGCTCCCTCCACTACCAGTTCTACGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106012 CTTCATTGGCATCTGCTTCAGCCGCTCCCTCCACTACCAGTTCTACGTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GGTATTTCCACACACTGCCCTACCTCCTGTGGGCCATGCCTGCACGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106062 GGTATTTCCACACACTGCCCTACCTCCTGTGGGCCATGCCTGCACGCTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CTCACACACCTGCTCAG         GTTGTTGGTGCTGGGGCTCATCGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 106112 CTCACACACCTGCTCAGGTA...CAGGTTGTTGGTGCTGGGGCTCATCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCTCTCCTGGAACACATACCCTTCCACATCCTGCAGCTCTGCTGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106289 GCTCTCCTGGAACACATACCCTTCCACATCCTGCAGCTCTGCTGCCCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACATATGCCATGCCGTCATCCTGCTGCAGCTCTGGCTGGGCCCGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106339 ACATATGCCATGCCGTCATCCTGCTGCAGCTCTGGCTGGGCCCGCAGCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .
   1279 TTCCCCAAGAGCACCCAACACAGCAAGAAAGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106389 TTCCCCAAGAGCACCCAACACAGCAAGAAAGCCCAC