seq1 = pF1KE6291.tfa, 894 bp
seq2 = pF1KE6291/gi568815574r_1286605.tfa (gi568815574r:1286605_1492009), 205405 bp

>pF1KE6291 894
>gi568815574r:1286605_1492009 (ChrY)

(complement)

1-111  (100001-100111)   100% ->
112-598  (102283-102769)   99% ->
599-739  (104591-104731)   100% ->
740-894  (105251-105405)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGGAACAGGCCATCTCCTTCGCCAAAGACTTCTTGGCCGGAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGGAACAGGCCATCTCCTTCGCCAAAGACTTCTTGGCCGGAGGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCGCCGCCATCTCCAAGACGGCCGTGGCTCCGATCGAGCGGGTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCGCCGCCATCTCCAAGACGGCCGTGGCTCCGATCGAGCGGGTCAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGCTGCAG         GTCCAGCACGCCAGCAAGCAGATCGCCGCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGCTGCAGGTG...CAGGTCCAGCACGCCAGCAAGCAGATCGCCGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACAAGCAGTACAAGGGCATCGTGGACTGCATTGTCCGCATCCCCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102313 GACAAGCAGTACAAGGGCATCGTGGACTGCATTGTCCGCATCCCCAAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGGGCGTGCTGTCCTTCTGGAGGGGCAACCTTGCCAACGTCATTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102363 GCAGGGCGTGCTGTCCTTCTGGAGGGGCAACCTTGCCAACGTCATTCGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTTCCCCACTCAAGCCCTCAACTTCGCCTTCAAGGATAAGTACAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102413 ACTTCCCCACTCAAGCCCTCAACTTCGCCTTCAAGGATAAGTACAAGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCTTCCTGGGGGGCGTGGACAAGCACACGCAGTTCTGGAGGTACTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102463 ATCTTCCTGGGGGGCGTGGACAAGCACACGCAGTTCTGGAGGTACTTTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGGCAACCTGGCCTCCGGCGGTGCGGCCGGCGCGACCTCCCTCTGCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102513 GGGCAACCTGGCCTCCGGCGGTGCGGCCGGCGCGACCTCCCTCTGCTTCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGTACCCGCTGGATTTTGCCAGAACCCGCCTGGCAGCGGACGTGGGAAAG
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 102563 TGTACCCGCTGGATTTCGCCAGAACCCGCCTGGCAGCGGACGTGGGAAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCAGGCACAGAGCGCGAGTTCCGAGGCCTGGGAGACTGCCTGGTGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102613 TCAGGCACAGAGCGCGAGTTCCGAGGCCTGGGAGACTGCCTGGTGAAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CACCAAGTCCGACGGCATCCGGGGCCTGTACCAGGGCTTCAGTGTCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102663 CACCAAGTCCGACGGCATCCGGGGCCTGTACCAGGGCTTCAGTGTCTCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGCAGGGCATCATCATCTACCGGGCGGCCTACTTCGGCGTGTACGATACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102713 TGCAGGGCATCATCATCTACCGGGCGGCCTACTTCGGCGTGTACGATACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCCAAGG         GCATGCTCCCCGACCCCAAGAACACGCACATCGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102763 GCCAAGGGTA...CAGGCATGCTCCCCGACCCCAAGAACACGCACATCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GGTGAGCTGGATGATCGCGCAGACCGTGACGGCCGTGGCCGGCGTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104625 GGTGAGCTGGATGATCGCGCAGACCGTGACGGCCGTGGCCGGCGTGGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCTACCCCTTCGACACGGTGCGGCGGCGCATGATGATGCAGTCCGGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104675 CCTACCCCTTCGACACGGTGCGGCGGCGCATGATGATGCAGTCCGGGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAAGGAG         CTGACATCATGTACACGGGCACCGTCGACTGTTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104725 AAAGGAGGTA...CAGCTGACATCATGTACACGGGCACCGTCGACTGTTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GAGGAAGATCTTCAGAGATGAGGGGGGCAAGGCCTTCTTCAAGGGTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105285 GAGGAAGATCTTCAGAGATGAGGGGGGCAAGGCCTTCTTCAAGGGTGCGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GGTCCAACGTCCTGCGGGGCATGGGGGGCGCCTTCGTGCTGGTCCTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105335 GGTCCAACGTCCTGCGGGGCATGGGGGGCGCCTTCGTGCTGGTCCTGTAC

    900     .    :    .    :
    874 GACGAGCTCAAGAAGGTGATC
        |||||||||||||||||||||
 105385 GACGAGCTCAAGAAGGTGATC