seq1 = pF1KE6282.tfa, 768 bp
seq2 = pF1KE6282/gi568815597f_111349542.tfa (gi568815597f:111349542_111560991), 211450 bp

>pF1KE6282 768
>gi568815597f:111349542_111560991 (Chr1)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-77  (100296-100332)   100% ->
78-223  (104670-104815)   100% ->
224-387  (106545-106708)   100% ->
388-513  (107089-107214)   100% ->
514-693  (109916-110095)   100% ->
694-768  (111376-111450)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTCCCGGGTGGTACTTTCCGCCGCCGCCACAGCGG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGCTGTCCCGGGTGGTACTTTCCGCCGCCGCCACAGCGGGTA...CAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCCCTCTCTGAAGAATGCAGCCTTCCTAGGTCCAGG         GGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100297 CCCCTCTCTGAAGAATGCAGCCTTCCTAGGTCCAGGGTA...TAGGGTAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 TGCAGGCAACAAGGACCTTTCATACAGGGCAGCCACACCTTGTCCCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104675 TGCAGGCAACAAGGACCTTTCATACAGGGCAGCCACACCTTGTCCCTGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CCACCTCTTCCTGAATACGGAGGAAAAGTTCGTTATGGACTGATCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104725 CCACCTCTTCCTGAATACGGAGGAAAAGTTCGTTATGGACTGATCCCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGAATTCTTCCAGTTTCTTTATCCTAAAACTGGTGTAACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104775 GGAATTCTTCCAGTTTCTTTATCCTAAAACTGGTGTAACAGGTG...TAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GACCCTATGTACTCGGAACTGGGCTTATCTTGTACGCTTTATCCAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106545 GACCCTATGTACTCGGAACTGGGCTTATCTTGTACGCTTTATCCAAAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATATATGTGATTAGCGCAGAGACCTTCACTGCCCTATCAGTACTAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106595 ATATATGTGATTAGCGCAGAGACCTTCACTGCCCTATCAGTACTAGGTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AATGGTCTATGGAATTAAAAAATATGGTCCCTTTGTTGCAGACTTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106645 AATGGTCTATGGAATTAAAAAATATGGTCCCTTTGTTGCAGACTTTGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATAAACTCAATGAG         CAAAAACTTGCCCAACTAGAAGAGGCG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106695 ATAAACTCAATGAGGTA...TAGCAAAAACTTGCCCAACTAGAAGAGGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAGCAGGCTTCCATCCAACACATCCAGAATGCAATTGATACGGAGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107116 AAGCAGGCTTCCATCCAACACATCCAGAATGCAATTGATACGGAGAAGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACAACAGGCACTGGTTCAGAAGCGCCATTACCTTTTTGATGTGCAAAGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 107166 ACAACAGGCACTGGTTCAGAAGCGCCATTACCTTTTTGATGTGCAAAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    514         AATAACATTGCTATGGCTTTGGAAGTTACTTACCGGGAACGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107216 TA...CAGAATAACATTGCTATGGCTTTGGAAGTTACTTACCGGGAACGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTGTATAGAGTATATAAGGAAGTAAAGAATCGCCTGGACTATCATATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109958 CTGTATAGAGTATATAAGGAAGTAAAGAATCGCCTGGACTATCATATATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGTGCAGAACATGATGCGTCGAAAGGAACAAGAACACATGATAAATTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110008 TGTGCAGAACATGATGCGTCGAAAGGAACAAGAACACATGATAAATTGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGAGAAGCACGTGGTGCAAAGCATCTCCACACAGCAG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110058 TGGAGAAGCACGTGGTGCAAAGCATCTCCACACAGCAGGTA...CAGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAGGAGACAATTGCCAAGTGCATTGCGGACCTAAAGCTGCTGGCAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111379 AAGGAGACAATTGCCAAGTGCATTGCGGACCTAAAGCTGCTGGCAAAGAA

    800     .    :    .    :
    747 GGCTCAAGCACAGCCAGTTATG
        ||||||||||||||||||||||
 111429 GGCTCAAGCACAGCCAGTTATG