seq1 = pF1KE6247.tfa, 636 bp
seq2 = pF1KE6247/gi568815581f_46829520.tfa (gi568815581f:46829520_47038757), 209238 bp

>pF1KE6247 636
>gi568815581f:46829520_47038757 (Chr17)

1-29  (93674-93702)   100% ->
30-94  (100001-100065)   100% ->
95-203  (101580-101688)   100% ->
204-336  (102548-102680)   100% ->
337-477  (105510-105650)   100% ->
478-636  (109080-109238)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCCCCTGTTCCAGCAAACGCACAA         GCAGGTCCACGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
  93674 ATGGATCCCCTGTTCCAGCAAACGCACAAGTG...TAGGCAGGTCCACGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GATCCAGTCTTGCATGGGACGCCTGGAGACGGCAGACAAGCAGTCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100013 GATCCAGTCTTGCATGGGACGCCTGGAGACGGCAGACAAGCAGTCTGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACA         TAGTAGAAAACGAAATCCAAGCAAGCATAGACCAGATA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100063 ACAGTG...CAGTAGTAGAAAACGAAATCCAAGCAAGCATAGACCAGATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTCAGCCGTCTAGAACGTCTGGAGATTTTGTCCAGCAAGGAGCCCCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101618 TTCAGCCGTCTAGAACGTCTGGAGATTTTGTCCAGCAAGGAGCCCCCTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAAAGGCAAAATGCCAGACT         TCGGGTTGACCAGTTAAAGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 101668 CAAAAGGCAAAATGCCAGACTGTA...CAGTCGGGTTGACCAGTTAAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATGATGTCCAGCACCTGCAGACTGCGCTCAGAAACTTCCAGCATCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102568 ATGATGTCCAGCACCTGCAGACTGCGCTCAGAAACTTCCAGCATCGGCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CATGCAAGGGAGCAGCAGGAGAGACAGCGAGAAGAGCTTCTGTCTCGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102618 CATGCAAGGGAGCAGCAGGAGAGACAGCGAGAAGAGCTTCTGTCTCGAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTTCACCACTAAC         GACTCTGACACCACCATACCAATGGACG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 102668 CTTCACCACTAACGTA...CAGGACTCTGACACCACCATACCAATGGACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AATCACTGCAGTTTAACTCCTCCCTCCAGAAAGTTCACAACGGCATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105538 AATCACTGCAGTTTAACTCCTCCCTCCAGAAAGTTCACAACGGCATGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACCTCATTTTAGATGGGCACAATATTTTAGATGGACTGAGGACCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105588 GACCTCATTTTAGATGGGCACAATATTTTAGATGGACTGAGGACCCAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACTGACCTTGAAG         GGGACTCAGAAGAAGATCCTTGACATTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105638 ACTGACCTTGAAGGTG...CAGGGGACTCAGAAGAAGATCCTTGACATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCAACATGCTGGGCTTGTCCAACACAGTGATGCGGCTCATCGAGAAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109108 CCAACATGCTGGGCTTGTCCAACACAGTGATGCGGCTCATCGAGAAGCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCTTTCCAGGACAAGTACTTTATGATAGGTGGGATGCTGCTGACCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109158 GCTTTCCAGGACAAGTACTTTATGATAGGTGGGATGCTGCTGACCTGTGT

    650     .    :    .    :    .    :
    606 GGTCATGTTCCTCGTGGTGCAGTACCTGACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 109208 GGTCATGTTCCTCGTGGTGCAGTACCTGACA