seq1 = pF1KE6227.tfa, 657 bp
seq2 = pF1KE6227/gi568815592f_35705671.tfa (gi568815592f:35705671_35914780), 209110 bp

>pF1KE6227 657
>gi568815592f:35705671_35914780 (Chr6)

1-412  (100001-100412)   100% ->
413-647  (108876-109110)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGAAATTGCTGCCGGCCCAGGAGGCAGCCAAGATCTACCATACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGAAATTGCTGCCGGCCCAGGAGGCAGCCAAGATCTACCATACCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTATGTGCGGAACTCGCGAGCCGTGGGCGTGATGTGGGGTACCCTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTATGTGCGGAACTCGCGAGCCGTGGGCGTGATGTGGGGTACCCTCACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTGCTTCTCCGTACTGGTCATGGCCCTCTTCATCCAGCCCTACTGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTGCTTCTCCGTACTGGTCATGGCCCTCTTCATCCAGCCCTACTGGATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCGACAGCGTCAACACACCGCAGGCAGGCTACTTCGGCCTTTTCTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCGACAGCGTCAACACACCGCAGGCAGGCTACTTCGGCCTTTTCTCCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGCGTGGGTAACGTGCTGTCCTCCGAGCTCATCTGCAAGGGCGGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTGCGTGGGTAACGTGCTGTCCTCCGAGCTCATCTGCAAGGGCGGCCCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TAGACTTCTCCTCCATCCCCTCTAGAGCCTTCAAGACTGCCATGTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TAGACTTCTCCTCCATCCCCTCTAGAGCCTTCAAGACTGCCATGTTCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGGCCTTGGGCATGTTCCTCATCATTGGCTCCATCATCTGCTTCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGGCCTTGGGCATGTTCCTCATCATTGGCTCCATCATCTGCTTCAGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTTCTTCATCTGCAACACGGCCACAGTCTATAAGATCTGTGCATGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTTCTTCATCTGCAACACGGCCACAGTCTATAAGATCTGTGCATGGATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGCTGGCTGCGG         CCACAGGCCTAATGATTGGCTGCCTGGTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGCTGGCTGCGGGTA...CAGCCACAGGCCTAATGATTGGCTGCCTGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TACCCTGATGGTTGGGACTCAAGTGAGGTGCGGCGCATGTGTGGGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108905 TACCCTGATGGTTGGGACTCAAGTGAGGTGCGGCGCATGTGTGGGGAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GACGGGCAAGTACACGCTGGGCCACTGCACCATCCGCTGGGCCTTCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108955 GACGGGCAAGTACACGCTGGGCCACTGCACCATCCGCTGGGCCTTCATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGGCCATCCTCAGCATTGGCGACGCCCTCATCCTCTCCTTCCTGGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109005 TGGCCATCCTCAGCATTGGCGACGCCCTCATCCTCTCCTTCCTGGCCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTGTTGGGCTACCGGCAGGACAAGCTCCTCCCTGACGACTACAAGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109055 GTGTTGGGCTACCGGCAGGACAAGCTCCTCCCTGACGACTACAAGGCAGA

    650     .
    642 TGGAAC
        ||||||
 109105 TGGAAC