seq1 = pF1KE6218.tfa, 870 bp
seq2 = pF1KE6218/gi568815593f_156244488.tfa (gi568815593f:156244488_156859387), 614900 bp

>pF1KE6218 870
>gi568815593f:156244488_156859387 (Chr5)

1-193  (100000-100191)   98% ==
295-382  (344744-344831)   100% ->
383-502  (350445-350564)   100% ->
503-575  (402977-403049)   100% ->
576-699  (513094-513217)   100% ->
700-870  (514730-514900)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGCCTCAGGAGCAGTACACTCACCACCGGAGCACCATGCCTGGCTC
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GATGCCTCAGGAGCAGTACACTCACCACCGGAGCACCATGCCTGGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTGGGGCCACAGGTATACAAGGTGGGGATTTACGGCTGGCGGAAACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100049 TGTGGGGCCACAGGTATACAAGGTGGGGATTTATGGCTGGCGGAAACGAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCTGTATTTCTTTGTCCTGCTCCTCATGATTTTAATACTGGTGAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 GCCTGTATTTCTTTGTCCTGCTCCTCATGATTTTAATACTGGTGAACTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCATGACCATCTGGATTCTCAAAGTCATGAACTTCACAATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 GCCATGACCATCTGGATTCTCAAAGTCATGAACTTCACAATTG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    295 GGTAATGCCCTGTACTTCAAGTCTGCCAGAAATGTTACAGTGAACATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 344744 GGTAATGCCCTGTACTTCAAGTCTGCCAGAAATGTTACAGTGAACATTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    345 CAATGACCAGACTAAAGTGCTAACTCAGCTTATAACAG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 344794 CAATGACCAGACTAAAGTGCTAACTCAGCTTATAACAGGTA...CAGGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    386 CAAAAGCCGTAGAAGCTTATGGTAAAAAATTTGAGGTAAAAACTGTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 350448 CAAAAGCCGTAGAAGCTTATGGTAAAAAATTTGAGGTAAAAACTGTTTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    436 GGAAAATTGCTCTTCTCTGCAGACAATAATGAAGTGGTAGTAGGAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 350498 GGAAAATTGCTCTTCTCTGCAGACAATAATGAAGTGGTAGTAGGAGCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    486 AAGATTACGAGTTTTAG         GAGCGGAGGGCACAGTGTTCCCTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 350548 AAGATTACGAGTTTTAGGTA...CAGGAGCGGAGGGCACAGTGTTCCCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    527 AATCTATAGAAACACCTAATGTCAGGGCAGACCCCTTCAAAGAACTAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 403001 AATCTATAGAAACACCTAATGTCAGGGCAGACCCCTTCAAAGAACTAAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    576         GTTGGAGTCCCCAACCCGGTCTCTAGTGATGGAGGCCCCAAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 403051 TA...CAGGTTGGAGTCCCCAACCCGGTCTCTAGTGATGGAGGCCCCAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    618 AGGAGTGGAAATCAATGCAGAAGCTGGCAATATGGAAGCCACCTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 513136 AGGAGTGGAAATCAATGCAGAAGCTGGCAATATGGAAGCCACCTGCAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    668 CAGAGCTGAGACTGGAATCCAAAGATGGAGAG         ATTAAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 513186 CAGAGCTGAGACTGGAATCCAAAGATGGAGAGGTG...TAGATTAAGTTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    709 GATGCTGCGAAAATCAGGCTACCTAGACTGCCTCATGGATCCTACACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 514739 GATGCTGCGAAAATCAGGCTACCTAGACTGCCTCATGGATCCTACACGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    759 TACAGGAACGAGGCAGAAGGTCTTCGAGATCTGCGTCTGCGCCAATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 514789 TACAGGAACGAGGCAGAAGGTCTTCGAGATCTGCGTCTGCGCCAATGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    809 GATTATTCCTGTCTCAGGCAGGAGCTGGGTCCACTTGTCAGATAAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 514839 GATTATTCCTGTCTCAGGCAGGAGCTGGGTCCACTTGTCAGATAAACACA

    600     .    :
    859 AGTGTCTGCCTC
        ||||||||||||
 514889 AGTGTCTGCCTC