seq1 = pF1KE6212.tfa, 714 bp
seq2 = pF1KE6212/gi568815578f_35072155.tfa (gi568815578f:35072155_35276810), 204656 bp

>pF1KE6212 714
>gi568815578f:35072155_35276810 (Chr20)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-322  (102548-102799)   100% ->
323-601  (104014-104292)   100% ->
602-714  (104544-104656)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGACAACATTGCTGCCGATACTGCTGCTGTCTGGCTGGGCCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTGACAACATTGCTGCCGATACTGCTGCTGTCTGGCTGGGCCTTTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAGCCAAGACGCCTCAGATG         GCCTCCAAAGACTTCATATGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 TAGCCAAGACGCCTCAGATGGTG...CAGGCCTCCAAAGACTTCATATGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCAGATCTCCTACTTCCGCGACCCCTATCACGTGTGGTACCAGGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102569 TCCAGATCTCCTACTTCCGCGACCCCTATCACGTGTGGTACCAGGGCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCGTCGCTGGGGGGACACCTAACGCACGTGCTGGAAGGCCCAGACACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102619 GCGTCGCTGGGGGGACACCTAACGCACGTGCTGGAAGGCCCAGACACCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACCACGATCATTCAGCTGCAGCCCTTGCAGGAGCCCGAGAGCTGGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102669 CACCACGATCATTCAGCTGCAGCCCTTGCAGGAGCCCGAGAGCTGGGCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCACGCAGAGTGGCCTGCAGTCCTACCTGCTCCAGTTCCACGGCCTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102719 GCACGCAGAGTGGCCTGCAGTCCTACCTGCTCCAGTTCCACGGCCTCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGCCTGGTGCACCAGGAGCGGACCTTGGCCT         TTCCTCTGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102769 CGCCTGGTGCACCAGGAGCGGACCTTGGCCTGTG...CAGTTCCTCTGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATCCGCTGCTTCCTGGGCTGTGAGCTGCCTCCCGAGGGCTCTAGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104024 CATCCGCTGCTTCCTGGGCTGTGAGCTGCCTCCCGAGGGCTCTAGAGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGTCTTCTTCGAAGTGGCTGTGAATGGGAGCTCCTTTGTGAGTTTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104074 ATGTCTTCTTCGAAGTGGCTGTGAATGGGAGCTCCTTTGTGAGTTTCCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCGGAGAGAGCCTTGTGGCAGGCAGACACCCAGGTCACCTCCGGAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104124 CCGGAGAGAGCCTTGTGGCAGGCAGACACCCAGGTCACCTCCGGAGTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CACCTTCACCCTGCAGCAGCTCAATGCCTACAACCGCACTCGGTATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104174 CACCTTCACCCTGCAGCAGCTCAATGCCTACAACCGCACTCGGTATGAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGCGGGAATTCCTGGAGGACACCTGTGTGCAGTATGTGCAGAAACATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104224 TGCGGGAATTCCTGGAGGACACCTGTGTGCAGTATGTGCAGAAACATATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TCCGCGGAAAACACGAAAG         GGAGCCAAACAAGCCGCTCCTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 104274 TCCGCGGAAAACACGAAAGGTA...CAGGGAGCCAAACAAGCCGCTCCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CACTTCGCTGGTCCTGGGCGTCCTGGTGGGCGGTTTCATCATTGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 104566 CACTTCGCTGGTCCTGGGCGTCCTGGTGGGCAGTTTCATCATTGCTGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGGCTGTAGGCATCTTCCTGTGCACAGGTGGACGGCGATGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104616 TGGCTGTAGGCATCTTCCTGTGCACAGGTGGACGGCGATGT