seq1 = pF1KE6171.tfa, 249 bp
seq2 = pF1KE6171/gi568815592r_75137933.tfa (gi568815592r:75137933_75341266), 203334 bp

>pF1KE6171 249
>gi568815592r:75137933_75341266 (Chr6)

(complement)

11-108  (99995-100091)   95% ->
109-193  (100882-100966)   100% ->
194-249  (103279-103334)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     11 ATCTGCTGGCTCTTCGTCAGATTGGGCAGAGGACGATAAGCACTGCTTCC
        || |  -|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99995 ATTTTA GGCTCTTCGTCAGATTGGGCAGAGGACGATAAGCACTGCTTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     61 CGCAGGCATTTTAAAAATAAAGTTCCGGAGAAGCAAAAACTGTTCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100044 CGCAGGCATTTTAAAAATAAAGTTCCGGAGAAGCAAAAACTGTTCCAGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    109        GAGGATGATGAAATTCCACTGTATCTAAAGGGTGGGGTAGCTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100094 A...TAGGAGGATGATGAAATTCCACTGTATCTAAAGGGTGGGGTAGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    152 ATGCCCTCCTGTATAGAGCCACCATGATTCTTACAGTTGGTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100925 ATGCCCTCCTGTATAGAGCCACCATGATTCTTACAGTTGGTGGTA...TA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    194  GAACAGCATATGCCATATATGAGCTGGCTGTGGCTTCATTTCCCAAGAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103278 GGAACAGCATATGCCATATATGAGCTGGCTGTGGCTTCATTTCCCAAGAA

    250     .
    243 GCAGGAG
        |||||||
 103328 GCAGGAG