seq1 = pF1KE6146.tfa, 294 bp
seq2 = pF1KE6146/gi568815596f_200978883.tfa (gi568815596f:200978883_201185612), 206730 bp

>pF1KE6146 294
>gi568815596f:200978883_201185612 (Chr2)

1-140  (100001-100140)   100% ->
141-294  (106577-106730)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCATGAACATGGACATGAGCATGGACATCATAAAATGGAACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCATGAACATGGACATGAGCATGGACATCATAAAATGGAACTTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGATTATAGACAATGGAAGATAGAAGGGACACCATTAGAAACTATCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGATTATAGACAATGGAAGATAGAAGGGACACCATTAGAAACTATCCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAAGCTGGCTGCAAAAGGGCTAAGGGATCCATGGGGCCG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100101 AGAAGCTGGCTGCAAAAGGGCTAAGGGATCCATGGGGCCGGTA...TAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATGAAGCTTGGAGATACATGGGTGGCTTTGCAAAGAGTGTTTCCTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106578 AATGAAGCTTGGAGATACATGGGTGGCTTTGCAAAGAGTGTTTCCTTTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGATGTATTCTTTAAAGGATTCAAATGGGGATTTGCTGCATTTGTGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106628 TGATGTATTCTTTAAAGGATTCAAATGGGGATTTGCTGCATTTGTGGTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGTAGGAGCTGAATATTACCTGGAGTCCCTGAATAAAGATAAGAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106678 CTGTAGGAGCTGAATATTACCTGGAGTCCCTGAATAAAGATAAGAAGCAT

    300 
    292 CAC
        |||
 106728 CAC