seq1 = pF1KE6140.tfa, 510 bp
seq2 = pF1KE6140/gi568815597r_15915583.tfa (gi568815597r:15915583_16117963), 202381 bp

>pF1KE6140 510
>gi568815597r:15915583_16117963 (Chr1)

(complement)

1-199  (100001-100199)   98% ->
200-333  (100757-100890)   100% ->
334-510  (102205-102381)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCCACAGAACCTCTTCCACCTTCCGAGCGGAGAGAAGTTTCCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCCACAGAACCTCTTCCACCTTCCGAGCGGAGAGAAGTTTCCATTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTTCTTCTTCCTCCTCCTCTTCCACCTCCTCCTCGGCCTCCCGTGCCC
        |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100051 CTCTTCCTCTTCCTCCTCCTCTTCCACCTCCTCCTCGGCCTCCCGTGCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCCGGCCCAGGACCCGCCCATGGAGAAGGCCCTGAGCATGTTTTCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCCGGCCCAGGACCCGCCCATGGAGAAGGCCCTGAGCATGTTTTCCGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACTTTGGCAGCTTCATGCGGCCCCACTCGGAGCCCCTGGCCTTCCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100151 GACTTTGGCAGCTTCATGCGGCCCCACTCGGAGCCCCTGGCCTTCCCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200         CCCGCCCCGGTGGGGCAGGCAACATCAAGACCCTAGGAGACG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CA...CAGCCCGCCCCGGTGGGGCAGGCAACATCAAGACCCTAGGAGACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTATGAGTTTGCGGTGGACGTGAGAGACTTCTCACCTGAAGACATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100799 CCTATGAGTTTGCGGTGGACGTGAGAGACTTCTCACCTGAAGACATCATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTCACCACCTCCAACAACCACATCGAGGTGCGGGCTGAGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100849 GTCACCACCTCCAACAACCACATCGAGGTGCGGGCTGAGAAGGTG...CA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    334  CTGGCGGCTGACGGCACCGTCATGAACACCTTCGCTCACAAGTGCCAGC
        >||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 102204 GCTGGCGGCTGACGGCACTGTCATGAACACCTTCGCTCACAAGTGCCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCCGGAGGACGTGGACCCGACGTCGGTGACCTCGGCTCTGCGGGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102254 TGCCGGAGGACGTGGACCCGACGTCGGTGACCTCGGCTCTGCGGGAGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGCAGCCTCACTATCCGGGCACGGCGTCACCCGCATACAGAACACGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102304 GGCAGCCTCACTATCCGGGCACGGCGTCACCCGCATACAGAACACGTCCA

    500     .    :    .    :    .
    483 GCAGACCTTCCGGACGGAGATCAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 102354 GCAGACCTTCCGGACGGAGATCAAAATC