seq1 = pF1KE6132.tfa, 342 bp
seq2 = pF1KE6132/gi568815588r_45933425.tfa (gi568815588r:45933425_46140092), 206668 bp

>pF1KE6132 342
>gi568815588r:45933425_46140092 (Chr10)

(complement)

1-109  (100000-100107)   99% ->
110-215  (101022-101127)   100% ->
216-342  (106542-106668)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATGTTCTCCTGGGCAGCGTTGTGATCTTTGCCACCTTCGTGACTTT
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GAATGTTCTCCTGGGCAGCGTTGTGATCTTTGCCACCTTCGTGACTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATGCAATGCATCATGCTATTTCATACCTAATGAGGGAGTTCCAGGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 ATGCAATGCATCATGCTATTTCATACCTAATGAGGGAGTTCCAGGAGATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAACCAGGA         AATGCATGGATCTCAAAGGAAACAAACACCCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 CAACCAGGAGTA...TAGAATGCATGGATCTCAAAGGAAACAAACACCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATAAACTCGGAGTGGCAGACTGACAACTGTGAGACATGCACTTGCTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101054 ATAAACTCGGAGTGGCAGACTGACAACTGTGAGACATGCACTTGCTACGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AACAGAAATTTCATGTTGCACCCT         TGTTTCTACACCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101104 AACAGAAATTTCATGTTGCACCCTGTA...CAGTGTTTCTACACCTGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTTATGACAAAGACAACTGCCAAAGAATCTTCAAGAAGGAGGACTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106559 GTTATGACAAAGACAACTGCCAAAGAATCTTCAAGAAGGAGGACTGCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATATCGTGGTGGAGAAGAAGGACCCAAAAAAGACCTGTTCTGTCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106609 TATATCGTGGTGGAGAAGAAGGACCCAAAAAAGACCTGTTCTGTCAGTGA

    350     .    :
    333 ATGGATAATC
        ||||||||||
 106659 ATGGATAATC