seq1 = pF1KE6120.tfa, 342 bp
seq2 = pF1KE6120/gi568815596r_42251222.tfa (gi568815596r:42251222_42461161), 209940 bp

>pF1KE6120 342
>gi568815596r:42251222_42461161 (Chr2)

(complement)

1-72  (100001-100072)   100% ->
73-204  (107819-107950)   100% ->
205-342  (109803-109940)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACTACAAGTTTAGTGGCTTCACGCAGAAGTTGGCAGGAGCATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTACTACAAGTTTAGTGGCTTCACGCAGAAGTTGGCAGGAGCATGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCGGAGGCCTATAGCCCGCAG         GGATTAAAGCCTGTGGTTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 TTCGGAGGCCTATAGCCCGCAGGTA...CAGGGATTAAAGCCTGTGGTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCACAGAAGCACCACCTATCATATTTGCCACACCAACTAAACTGACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107838 CCACAGAAGCACCACCTATCATATTTGCCACACCAACTAAACTGACCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATTCCACAGTGTATGATTATGCTGGGAAAAACAAAGTTCCAGAGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107888 GATTCCACAGTGTATGATTATGCTGGGAAAAACAAAGTTCCAGAGCTACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAGTTTTTCCAG         AAAGCTGATGGTGTGCCCGTCTACCTGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 107938 AAAGTTTTTCCAGGTG...AAGAAAGCTGATGGTGTGCCCGTCTACCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AACGAGGCCTGCCTGACCAAATGCTTTACCGGACCACCATGGCGCTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109831 AACGAGGCCTGCCTGACCAAATGCTTTACCGGACCACCATGGCGCTGACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGGGAGGGACCATCTACTGCCTGATCGCCCTCTACATGGCTTCGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109881 GTGGGAGGGACCATCTACTGCCTGATCGCCCTCTACATGGCTTCGCAGCC

    350     .    :
    333 CAAAAACAAA
        ||||||||||
 109931 CAAAAACAAA