seq1 = pF1KE6118.tfa, 240 bp
seq2 = pF1KE6118/gi568815575f_77799554.tfa (gi568815575f:77799554_78005258), 205705 bp

>pF1KE6118 240
>gi568815575f:77799554_78005258 (ChrX)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-165  (103090-103214)   100% ->
166-240  (105631-105705)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTCCCTTGGTCAAAAGCGCACTAAATCGTCTCCAAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGTTTCCCTTGGTCAAAAGCGCACTAAATCGTCTCCAAGGTG...AAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCGAAGCATTCAGCAAACAATGGCAAGGCAGAGCCACCAGAAACGTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103091 TCGAAGCATTCAGCAAACAATGGCAAGGCAGAGCCACCAGAAACGTACAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGATTTTCATGACAAATACGGTAATGCTGTATTAGCTAGTGGAGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103141 CTGATTTTCATGACAAATACGGTAATGCTGTATTAGCTAGTGGAGCCACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCTGTATTGTTACATGGACATAT         GTAGCAACACAAGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 103191 TTCTGTATTGTTACATGGACATATGTA...CAGGTAGCAACACAAGTCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AATAGAATGGAACCTGTCCCCTGTTGGCAGAGTTACCCCAAAGGAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105648 AATAGAATGGAACCTGTCCCCTGTTGGCAGAGTTACCCCAAAGGAATGGA

    250     .
    233 GGAATCAG
        ||||||||
 105698 GGAATCAG