seq1 = pF1KE6117.tfa, 399 bp
seq2 = pF1KE6117/gi568815587r_219841.tfa (gi568815587r:219841_420813), 200973 bp

>pF1KE6117 399
>gi568815587r:219841_420813 (Chr11)

(complement)

1-249  (100001-100249)   100% ->
250-399  (100824-100973)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCACACTGTCCAAACCTTCTTCTCTCCTGTCAACAGTGGCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATCACACTGTCCAAACCTTCTTCTCTCCTGTCAACAGTGGCCAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCAACTATGAGATGCTCAAGGAGGAGCACGAGGTGGCTGTGCTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCCAACTATGAGATGCTCAAGGAGGAGCACGAGGTGGCTGTGCTGGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCCCCACAACCCTGCTCCCCCGACGTCCACCGTGATCCACATCCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCCCCACAACCCTGCTCCCCCGACGTCCACCGTGATCCACATCCGCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGACCTCCGTGCCCGACCATGTCGTCTGGTCCCTGTTCAACACCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGACCTCCGTGCCCGACCATGTCGTCTGGTCCCTGTTCAACACCCTCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATGAACCCCTGCTGCCTGGGCTTCATAGCATTCGCCTACTCCGTGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100201 CATGAACCCCTGCTGCCTGGGCTTCATAGCATTCGCCTACTCCGTGAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250         TCTAGGGACAGGAAGATGGTTGGCGACGTGACCGGGGCCCAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TG...CAGTCTAGGGACAGGAAGATGGTTGGCGACGTGACCGGGGCCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCTATGCCTCCACCGCCAAGTGCCTGAACATCTGGGCCCTGATTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100866 GCCTATGCCTCCACCGCCAAGTGCCTGAACATCTGGGCCCTGATTCTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATCCTCATGACCATTCTGCTCATCGTCATCCCAGTGCTGATCTTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100916 CATCCTCATGACCATTCTGCTCATCGTCATCCCAGTGCTGATCTTCCAGG

    400     .
    392 CCTATGGA
        ||||||||
 100966 CCTATGGA