seq1 = pF1KE6116.tfa, 438 bp
seq2 = pF1KE6116/gi568815596r_46805466.tfa (gi568815596r:46805466_47009171), 203706 bp

>pF1KE6116 438
>gi568815596r:46805466_47009171 (Chr2)

(complement)

1-149  (100001-100149)   100% ->
150-309  (101203-101362)   100% ->
310-438  (103578-103706)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCATGAGATCCCTGCTCAGAACCCCCTTCCTGTGTGGCCTGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCATGAGATCCCTGCTCAGAACCCCCTTCCTGTGTGGCCTGCTCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCTTTTGTGCCCCAGGCGCCAGGGCTGAGGAGCCTGCAGCCAGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCTTTTGTGCCCCAGGCGCCAGGGCTGAGGAGCCTGCAGCCAGCTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCAACCCGGCAGCATGGGCCTGGATAAGAACACAGTGCACGACCAAGA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100101 CCCAACCCGGCAGCATGGGCCTGGATAAGAACACAGTGCACGACCAAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150         GCATATCATGGAGCATCTAGAAGGTGTCATCAACAAACCAGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TA...TAGGCATATCATGGAGCATCTAGAAGGTGTCATCAACAAACCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCGGAGATGTCGCCACAAGAATTGCAGCTCCATTACTTCAAAATGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101245 GGCGGAGATGTCGCCACAAGAATTGCAGCTCCATTACTTCAAAATGCATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATTATGATGGCAATAATTTGCTTGATGGCTTAGAACTCTCCACAGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101295 ATTATGATGGCAATAATTTGCTTGATGGCTTAGAACTCTCCACAGCCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACTCATGTCCATAAGGAG         GAAGGGAGTGAACAGGCACCACT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101345 ACTCATGTCCATAAGGAGGTA...TAGGAAGGGAGTGAACAGGCACCACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AATGAGTGAAGATGAACTGATTAACATAATAGATGGTGTTTTGAGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103601 AATGAGTGAAGATGAACTGATTAACATAATAGATGGTGTTTTGAGAGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGACAAGAACAATGATGGATACATTGACTATGCTGAATTTGCAAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103651 ATGACAAGAACAATGATGGATACATTGACTATGCTGAATTTGCAAAATCA

    450     .
    433 CTGCAG
        ||||||
 103701 CTGCAG