seq1 = pF1KE6102.tfa, 315 bp
seq2 = pF1KE6102/gi568815596f_30134404.tfa (gi568815596f:30134404_30357618), 223215 bp

>pF1KE6102 315
>gi568815596f:30134404_30357618 (Chr2)

1-26  (97336-97361)   100% ->
27-129  (100002-100104)   100% ->
130-315  (123030-123215)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTATATATTTCCCCATTCACTG         CCCCGACTATCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
  97336 ATGTCTATATATTTCCCCATTCACTGGTG...CAGCCCCGACTATCTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ATCGGCCAAGATGACTGAGGTGATGATGAACACCCAGCCCATGGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 ATCGGCCAAGATGACTGAGGTGATGATGAACACCCAGCCCATGGAGGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCGGCCTCAGCCCCCGCAAGGATGGCCTTTCCTACCAG         ATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100067 TCGGCCTCAGCCCCCGCAAGGATGGCCTTTCCTACCAGGTG...CAGATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTCCCAGACCCGTCAGATTTTGACCGCCGCTGCAAACTGAAGGACCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 123033 TTCCCAGACCCGTCAGATTTTGACCGCTGCTGCAAACTGAAGGACCGTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCCCTCCATAGTGGTGGAACCCACAGAAGGGGAGGTGGAGAGCGGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123083 GCCCTCCATAGTGGTGGAACCCACAGAAGGGGAGGTGGAGAGCGGGGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCGGTGGCCCCCTGAGGAGTTCCTGGTCCAGGAGGATGAGCAAGATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123133 TCCGGTGGCCCCCTGAGGAGTTCCTGGTCCAGGAGGATGAGCAAGATAAC

    300     .    :    .    :    .    :
    283 TGCGAAGAGACAGCGAAAGAAAATAAAGAGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 123183 TGCGAAGAGACAGCGAAAGAAAATAAAGAGCAG