seq1 = pF1KE6091.tfa, 966 bp
seq2 = pF1KE6091/gi568815595f_98164285.tfa (gi568815595f:98164285_98365259), 200975 bp

>pF1KE6091 966
>gi568815595f:98164285_98365259 (Chr3)

1-966  (100001-100975)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCCTTTACCTTTGCTTCATTTTTCAGAGGACATGCAGTGAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCCTTTACCTTTGCTTCATTTTTCAGAGGACATGCAGTGAGGAGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAGAGGAAAATGCAACATTGCTGACAGAGTTTGTTCTCACAGGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAAGAGGAAAATGCAACATTGCTGACAGAGTTTGTTCTCACAGGATTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TACATCAACCTGACTGTAAAATACCGCTGTTCCTGGCATTCTTGGTAATA
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 100101 TACATCAACCTGACTGTAAAATACCGCTCTTCCTGGCATTCTTGGTAATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TATCTCATCACCATCATGGGGAATCTTGGTCTAATTGTTCTCATCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TATCTCATCACCATCATGGGGAATCTTGGTCTAATTGTTCTCATCTGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGACCCTCACCTTCATATCCCAATGTACTTATTCCTTGGGAGTTTAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGACCCTCACCTTCATATCCCAATGTACTTATTCCTTGGGAGTTTAGCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGTGGATGCTTTGTTATCATCCACAGTGACTCCGAAGATGCTGATCAAC
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGTGGATGCTTCGTTATCATCCACAGTGACTCCGAAGATGCTGATCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCTTAGCTAAGAGTAAGATGATATCTCTCTCTGAATGCATGGTACAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCTTAGCTAAGAGTAAGATGATATCTCTCTCTGAATGCATGGTACAATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTTTTCCCT         TGTAACCACAGAATGTTTTCTCTTGGCAACAA
        |||||||||---------||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTTTTCCCTTGTAACCACTGTAACCACAGAATGTTTTCTCTTGGCAACAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGCATATGATCGCTATGTAGCCATTTGCAAACCTTTACTTTATCCAGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100401 TGGCATATGATCGCTATGTAGCCATTTGCAAAGCTTTACTTTATCCAGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATTATGACCAATGAACTATGCATTCAGCTATTAGTCTTGTCATTTATAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATTATGACCAATGAACTATGCATTCAGCTATTAGTCTTGTCATTTATAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGGCCTTCTTCATGCTTTAATCCATGAAGCTTTTTCATTCAGATTAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGGCCTTCTTCATGCTTTAATCCATGAAGCTTTTTCATTCAGATTAACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCTGTAATTCCAACATAATACAACACTTTTACCGTGACATTATCCCATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100551 TCTGTAATTCCAACATAATACAACACTTTTACTGTGACATTATCCCATTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TTAAAGATTTCCTGTACTGATTCCTCTATTAACTTTCTAATGGTTTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTAAAGATTTCCTGTACTGATTCCTCTATTAACTTTCTAATGGTTTTTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TTTCGCAGGTTCTGTTCAAGTTTTTACCATTGGAACTATTCTTATATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTTCGCAGGTTCTGTTCAAGTTTTTACCATTGGAACTATTCTTATATCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ATACAATTATCCTCTTTACAATCTTAGAAAAGAAGTCTATCAAAGGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATACAATTATCCTCTTTACAATCTTAGAAAAGAAGTCTATCAAAGGGATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CGAAAAGCTGTCTCCACCTGTGGGGCTCATCTCTTATCTGTATCTTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CGAAAAGCTGTCTCCACCTGTGGGGCTCATCTCTTATCTGTATCTTTATA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTATGGCCCCCTCGCCTTCAAATATCTGGGCTCTGCATCTCCGCAAGCAG
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTATGGCCCCCTCACCTTCAAATATCTGGGCTCTGCATCTCCGCAAGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ATAACCAAGATATGATGGAGTCTCTATTTTACACTGTCATAGTTCCTTTA
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATGACCAAGATATGATGGAGTCTCTATTTTACACTGTCATAGTTCCTTTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TTAAATCCCATGATCTACAGCCTGAGAAACAAGCAAGTAATAGCTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTAAATCCCATGATCTACAGCCTGAGAAACAAGCAAGTAATAGCTTCATT

    950     .    :    .    :    .
    942 CACAAAAATGTTCAAAAGCAATGTT
        |||||||||||||||||||||||||
 100951 CACAAAAATGTTCAAAAGCAATGTT