seq1 = pF1KE6058.tfa, 960 bp
seq2 = pF1KE6058/gi568815587f_6099224.tfa (gi568815587f:6099224_6300183), 200960 bp

>pF1KE6058 960
>gi568815587f:6099224_6300183 (Chr11)

1-960  (100001-100960)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAAACTCTACAACTCAATTCCACCTTCCTACACCCAAACTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGAAACTCTACAACTCAATTCCACCTTCCTACACCCAAACTTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATACTGACTGGCTTTCCAGGGCTAGGAAGTGCCCAGACTTGGCTGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATACTGACTGGCTTTCCAGGGCTAGGAAGTGCCCAGACTTGGCTGACAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTCTTTGGGCCCATTTATCTGCTGGCCCTGCTGGGCAATGGAGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGTCTTTGGGCCCATTTATCTGCTGGCCCTGCTGGGCAATGGAGCACTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGGCAGTGGTGTGGATAGACTCCACACTGCACCAGCCCATGTTTCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGGCAGTGGTGTGGATAGACTCCACACTGCACCAGCCCATGTTTCTACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTTGGCCATCCTGGCAGCCACAGACCTGGGCTTAGCCACATCTATAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTTGGCCATCCTGGCAGCCACAGACCTGGGCTTAGCCACATCTATAGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAGGGTTGCTGGCTGTGCTGTGGCTTGGGCCCCGATCTGTGCCATATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAGGGTTGCTGGCTGTGCTGTGGCTTGGGCCCCGATCTGTGCCATATGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGTGCCTGGTCCAGATGTTCTTTGTACATGCACTGACTGCCATGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGTGCCTGGTCCAGATGTTCTTTGTACATGCACTGACTGCCATGGAATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGGTGTGCTTTTGGCCATGGCCTGTGATCGTGCTGCGGCAATAGGGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGGTGTGCTTTTGGCCATGGCCTGTGATCGTGCTGCGGCAATAGGGCGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CACTGCACTACCCTGTCCTGGTCACCAAAGCCTGTGTGGGTTATGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CACTGCACTACCCTGTCCTGGTCACCAAAGCCTGTGTGGGTTATGCAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTGGCCCTGGCACTGAAAGCTGTGGCTATTGTTGTACCTTTCCCACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTGGCCCTGGCACTGAAAGCTGTGGCTATTGTTGTACCTTTCCCACTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGTGGCAAAGTTTGAGCACTTCCAAGCCAAGACCATAGGCCATACCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGTGGCAAAGTTTGAGCACTTCCAAGCCAAGACCATAGGCCATACCTATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GTGCACACATGGCAGTGGTAGAACTGGTGGTGGGTAACACACAGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GTGCACACATGGCAGTGGTAGAACTGGTGGTGGGTAACACACAGGCCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AACTTATATGGTCTGGCACTTTCACTGGCCATCTCAGGTATGGATATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AACTTATATGGTCTGGCACTTTCACTGGCCATCTCAGGTATGGATATTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGGTATCACTGGCTCCTATGGACTCATTGCCCATGCTGTGCTGCAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGGTATCACTGGCTCCTATGGACTCATTGCCCATGCTGTGCTGCAGCTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTACCCGGGAGGCCCGTGCCAAGGCCTTTGGTACATGTAGTTCTCACATC
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTACCCGGGAGGCCCATGCCAAGGCCTTTGGTACATGTAGTTCTCACATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TGTGTCATTCAGGCCTTCTACATACCTGGTCTCTTCTCCTACCTCACACA
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TGTGTCATTCTGGCCTTCTACATACCTGGTCTCTTCTCCTACCTCACACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCGCTTTGGTCATCACACTGTCCCAAAGCCTGTGCACATCCTTCTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCGCTTTGGTCATCACACTGTCCCAAAGCCTGTGCACATCCTTCTCTCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACATCTACTTGCTGCTGCCACCTGCCCTCAACCCCCTCATCTATGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACATCTACTTGCTGCTGCCACCTGCCCTCAACCCCCTCATCTATGGGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CGCACCAAGCAGATCAGAGACCGACTCCTGGAAACCTTCACATTCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CGCACCAAGCAGATCAGAGACCGACTCCTGGAAACCTTCACATTCAGAAA

    950     .    :
    951 AAGCCCGTTG
        ||||||||||
 100951 AAGCCCGTTG