seq1 = pF1KE6052.tfa, 954 bp
seq2 = pF1KE6052/gi568815587f_4552527.tfa (gi568815587f:4552527_4753480), 200954 bp

>pF1KE6052 954
>gi568815587f:4552527_4753480 (Chr11)

1-954  (100001-100954)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGTGGATCCCAATGGCAATGAATCCAGTGCTACATACTTCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGGTGGATCCCAATGGCAATGAATCCAGTGCTACATACTTCATCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AATAGGCCTCCCTGGTTTAGAAGAGGCTCAGTTCTGGTTGGCCTTCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AATAGGCCTCCCTGGTTTAGAAGAGGCTCAGTTCTGGTTGGCCTTCCCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTGCTCCCTCTACCTTATTGCTGTGCTAGGTAACTTGACAATCATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTGCTCCCTCTACCTTATTGCTGTGCTAGGTAACTTGACAATCATCTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTGTGCGGACTGAGCACAGCCTGCATGAGCCCATGTATATATTTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATTGTGCGGACTGAGCACAGCCTGCATGAGCCCATGTATATATTTCTTTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATGCTTTCAGGCATTGACATCCTCATCTCCACCTCATCCATGCCCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATGCTTTCAGGCATTGACATCCTCATCTCCACCTCATCCATGCCCAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCTGGCCATCTTCTGGTTCAATTCCACTACCATCCAGTTTGATGCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCTGGCCATCTTCTGGTTCAATTCCACTACCATCCAGTTTGATGCTTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGCTACAGATGTTTGCCATCCACTCCTTATCTGGCATGGAATCCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGCTACAGATGTTTGCCATCCACTCCTTATCTGGCATGGAATCCACAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTGCTGGCCATGGCTTTTGACCGCTATGTGGCCATCTGTCACCCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTGCTGGCCATGGCTTTTGACCGCTATGTGGCCATCTGTCACCCACTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCATGCCACAGTACTTACGTTGCCTCGTGTCACCAAAATTGGTGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCATGCCACAGTACTTACGTTGCCTCGTGTCACCAAAATTGGTGTGGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCTGTGGTGCGGGGGGCTGCACTGATGGCACCCCTTCCTGTCTTCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCTGTGGTGCGGGGGGCTGCACTGATGGCACCCCTTCCTGTCTTCATCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCAGCTGCCCTTCTGCCGCTCCAATATCCTTTCCCATTCCTACTGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCAGCTGCCCTTCTGCCGCTCCAATATCCTTTCCCATTCCTACTGCCTAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACCAAGATGTCATGAAGCTGGCCTGTGATGATATCCGGGTCAATGTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACCAAGATGTCATGAAGCTGGCCTGTGATGATATCCGGGTCAATGTCGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TATGGCCTTATCGTCATCATCTCCGCCATTGGCCTGGACTCACTTCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TATGGCCTTATCGTCATCATCTCCGCCATTGGCCTGGACTCACTTCTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTCCTTCTCATATCTGCTTATTCTTAAGACTGTGTTGGGCTTGACACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTCCTTCTCATATCTGCTTATTCTTAAGACTGTGTTGGGCTTGACACGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AAGCCCAGGCCAAGGCATTTGGCACTTGCGTCTCTCATGTGTGTGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAGCCCAGGCCAAGGCATTTGGCACTTGCGTCTCTCATGTGTGTGCTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCATATTCTATGTACCTTTCATTGGATTGTCCATGGTGCATCGCTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCATATTCTATGTACCTTTCATTGGATTGTCCATGGTGCATCGCTTTAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAAGCGGCGTGACTCTCCGCTGCCCGTCATCTTGGCCAATATCTATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAAGCGGCGTGACTCTCCGCTGCCCGTCATCTTGGCCAATATCTATCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGGTTCCTCCTGTGCTCAACCCAATTGTCTATGGAGTGAAGACAAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGGTTCCTCCTGTGCTCAACCCAATTGTCTATGGAGTGAAGACAAAGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATTCGACAGCGCATCCTTCGACTTTTCCATGTGGCCACACACGCTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATTCGACAGCGCATCCTTCGACTTTTCCATGTGGCCACACACGCTTCAGA

    950 
    951 GCCC
        ||||
 100951 GCCC