seq1 = pF1KE6044.tfa, 951 bp
seq2 = pF1KE6044/gi568815591f_143835233.tfa (gi568815591f:143835233_144036183), 200951 bp

>pF1KE6044 951
>gi568815591f:143835233_144036183 (Chr7)

1-951  (100001-100951)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAATAGATAACCAGACGTGGGTGAGAGAATTTATTCTCCTTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAATAGATAACCAGACGTGGGTGAGAGAATTTATTCTCCTTGGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCCAGTGACTGGTGCACTCAGATATCCCTGTTTTCCCTGTTCTTGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCCAGTGACTGGTGCACTCAGATATCCCTGTTTTCCCTGTTCTTGGTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CATACCTCATGACAGTGCTGGGGAACTGTCTCATTGTCCTTCTGATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CATACCTCATGACAGTGCTGGGGAACTGTCTCATTGTCCTTCTGATCAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGACAGCCGACTCCACACTCCCATGTATTTCTTTCTCACCAACCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGACAGCCGACTCCACACTCCCATGTATTTCTTTCTCACCAACCTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTTGTCGATGTCTCCTATGCCACAAGCGTAGTCCCCCAGCTGCTGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTTGTCGATGTCTCCTATGCCACAAGCGTAGTCCCCCAGCTGCTGGCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATTTTCTTGCAGAACATAAAGCCATCCCATTCCAGAGCTGTGCAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATTTTCTTGCAGAACATAAAGCCATCCCATTCCAGAGCTGTGCAGCCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTATTTTTCTCCCTGGCCTTGGGTGGGATTGAGTTTGTTCTCCTGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTATTTTTCTCCCTGGCCTTGGGTGGGATTGAGTTTGTTCTCCTGGCAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGGCCTATGACCGCCATGTGGCTGTGTCTGACCGCCTGCGATACTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGGCCTATGACCGCCATGTGGCTGTGTCTGACCGCCTGCGATACTCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATCATGCATGGAGGGCTGTGTGCTAGGTTGGCCATCACATCCTGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCATCATGCATGGAGGGCTGTGTGCTAGGTTGGCCATCACATCCTGGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGTGGCTCCATCAACTCTCTTGTGCAGACTGCTATCACCTTTCAGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGTGGCTCCATCAACTCTCTTGTGCAGACTGCTATCACCTTTCAGCTGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CATGTGCACTAACAAGTTTATTGATCACATATCCTGTGAACTCCTAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CATGTGCACTAACAAGTTTATTGATCACATATCCTGTGAACTCCTAGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGTCAGGCTGGCTTGTGTGGACACCTCCTCCAATGAGGCTGCCATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGTCAGGCTGGCTTGTGTGGACACCTCCTCCAATGAGGCTGCCATCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTGTCTAGCATTGTTCTTCTGATGACACCTTTCTGCCTGGTTCTGTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTGTCTAGCATTGTTCTTCTGATGACACCTTTCTGCCTGGTTCTGTTGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTACATCCGGATCATCTCCACCATCCTAAAGATCCAGTCCAGAGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTACATCCGGATCATCTCCACCATCCTAAAGATCCAGTCCAGAGAAGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GAAAGAAAGCCTTCCACACGTGTGCCTCTCACCTCACGGTGGTTGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GAAAGAAAGCCTTCCACACGTGTGCCTCTCACCTCACGGTGGTTGCCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TGCTACGGCACAACGATTTTCACTTACATCCAGCCCCACTCTGGTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TGCTACGGCACAACGATTTTCACTTACATCCAGCCCCACTCTGGTCCCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGTCCTTCAAGAGAAGCTGATCTCTGTCTTCTATGCCATTGTTATGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGTCCTTCAAGAGAAGCTGATCTCTGTCTTCTATGCCATTGTTATGCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCTGAACCCTGTGATTTATAGTCTAAGGAATAAAGAGGTGAAGGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGCTGAACCCTGTGATTTATAGTCTAAGGAATAAAGAGGTGAAGGGGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TGGCATAAACTATTAGAGAAATTCTCTGGGTTAACATCCAAGCTGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TGGCATAAACTATTAGAGAAATTCTCTGGGTTAACATCCAAGCTGGGAAC

    950 
    951 T
        |
 100951 T