seq1 = pF1KE6035.tfa, 951 bp
seq2 = pF1KE6035/gi568815587f_6745683.tfa (gi568815587f:6745683_6946633), 200951 bp

>pF1KE6035 951
>gi568815587f:6745683_6946633 (Chr11)

1-951  (100001-100951)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTATAGGAAACTGGACAGAAATAAGTGAATTTATCCTCATGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTATAGGAAACTGGACAGAAATAAGTGAATTTATCCTCATGAGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTTCCCTACCTACTGAAATACAGTCATTGCTCTTCCTGACATTTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCTTCCCTACCTACTGAAATACAGTCATTGCTCTTCCTGACATTTCTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTATCTATTTGGTTACTCTGAAGGGAAACAGCCTCATCATTCTGGTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTATCTATTTGGTTACTCTGAAGGGAAACAGCCTCATCATTCTGGTTACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTAGCTGACCCCATGCTACACAGCCCCATGTACTTCTTCCTCAGAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTAGCTGACCCCATGCTACACAGCCCCATGTACTTCTTCCTCAGAAACTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ATCTTTCCTGGAGATTGGCTTCAACCTAGTCATTGTGCCCAAAATGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ATCTTTCCTGGAGATTGGCTTCAACCTAGTCATTGTGCCCAAAATGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGACCCTGCTTGCCCAGGACACAACCATCTCCTTCCTTGGCTGTGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGACCCTGCTTGCCCAGGACACAACCATCTCCTTCCTTGGCTGTGCCACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGATGTATTTCTTCTTCTTCTTTGGGGTAGCTGAATGCTTCCTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGATGTATTTCTTCTTCTTCTTTGGGGTAGCTGAATGCTTCCTCCTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TACCATGGCATATGACCGCTATGTGGCCATCTGCAGTCCCTTGCACTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TACCATGGCATATGACCGCTATGTGGCCATCTGCAGTCCCTTGCACTACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGTCATCATGAACCAAAGGACACGGGCCAAACTGGCTGCTGCTTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAGTCATCATGAACCAAAGGACACGGGCCAAACTGGCTGCTGCTTCCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCCCAGGCTTTCCTGTAGCTACTGTGCAGACCACATGGCTCTTCAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTCCCAGGCTTTCCTGTAGCTACTGTGCAGACCACATGGCTCTTCAGTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCCATTCTGTGGCACCAACAAGGTGAACCACTTCTTCTGTGACAGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCCATTCTGTGGCACCAACAAGGTGAACCACTTCTTCTGTGACAGCCCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTGTGCTGAAGCTGGTCTGTGCAGACACAGCACTGTTTGAGATCTACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTGTGCTGAAGCTGGTCTGTGCAGACACAGCACTGTTTGAGATCTACGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATCGTCGGAACCATTCTGGTGGTCATGATCCCCTGCTTGCTGATCTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATCGTCGGAACCATTCTGGTGGTCATGATCCCCTGCTTGCTGATCTTGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTCCTATACTCGCATTGCTGCTGCTATCCTCAAGATCCCATCAGCTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTCCTATACTCGCATTGCTGCTGCTATCCTCAAGATCCCATCAGCTAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGAAGCATAAAGCCTTCTCTACGTGCTCCTCACACCTCCTTGTTGTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGAAGCATAAAGCCTTCTCTACGTGCTCCTCACACCTCCTTGTTGTCTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTTTTCTATATATCTTCTAGCCTCACCTACTTCTGGCCTAAATCAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTTTTCTATATATCTTCTAGCCTCACCTACTTCTGGCCTAAATCAAATAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTCTCCTGAGAGCAAGAAGTTGTTATCATTATCCTACACTGTTGTGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TTCTCCTGAGAGCAAGAAGTTGTTATCATTATCCTACACTGTTGTGACTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCATGTTGAACCCCATTATCTACAGCTTGAGAAATAGCGAGGTGAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CCATGTTGAACCCCATTATCTACAGCTTGAGAAATAGCGAGGTGAAGAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCCCTCAGCAGGACCTTCCACAAGGTCCTAGCCCTCAGAAACTGTATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCCCTCAGCAGGACCTTCCACAAGGTCCTAGCCCTCAGAAACTGTATCCC

    950 
    951 A
        |
 100951 A