seq1 = pF1KE6016.tfa, 945 bp
seq2 = pF1KE6016/gi568815587f_59343169.tfa (gi568815587f:59343169_59544113), 200945 bp

>pF1KE6016 945
>gi568815587f:59343169_59544113 (Chr11)

1-945  (100001-100945)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCATAACCAAAGCCTGGAACAGCTCATCAGTGACCATGTTCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCATAACCAAAGCCTGGAACAGCTCATCAGTGACCATGTTCATCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGGATTCACAGACCATCCAGAACTCCAGGCCCTCCTCTTTGTGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGGGATTCACAGACCATCCAGAACTCCAGGCCCTCCTCTTTGTGACCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTGGGCATCTATCTTACCACCCTGGCCTGGAACCTGGCCCTCATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTGGGCATCTATCTTACCACCCTGGCCTGGAACCTGGCCCTCATTTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGATCAGAGGTGACACCCATCTGCACACACCCATGTACTTCTTCCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGATCAGAGGTGACACCCATCTGCACACACCCATGTACTTCTTCCTAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAACTTATCTTTCATTGACATCTGCTACTCTTCTGCTGTGGCTCCCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAACTTATCTTTCATTGACATCTGCTACTCTTCTGCTGTGGCTCCCAATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCTCACTGACTTCTTCTGGGAGCAGAAGACCATATCATTTGTGGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCTCACTGACTTCTTCTGGGAGCAGAAGACCATATCATTTGTGGGCTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCTGCTCAGTTTTTTTTCTTTGTCGGCATGGGTCTGTCTGAGTGCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCTGCTCAGTTTTTTTTCTTTGTCGGCATGGGTCTGTCTGAGTGCCTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTGACTGCTATGGCATACGACCGATATGCAGCCATCTCCAGCCCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTGACTGCTATGGCATACGACCGATATGCAGCCATCTCCAGCCCCCTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCTACCCCACTATCATGACCCAGGGCCTCTGTACACGCATGGTGGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCTACCCCACTATCATGACCCAGGGCCTCTGTACACGCATGGTGGTTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCATATGTTGGTGGCTTCCTGAGCTCCCTGATCCAGGCCAGCTCCATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCATATGTTGGTGGCTTCCTGAGCTCCCTGATCCAGGCCAGCTCCATATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TAGGCTTCACTTTTGCGGACCCAACATCATCAACCACTTCTTCTGCAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100501 TAGGCTTCACTTTTGCGGACCCAACATCATCAACCACTTCTTCTGCGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCCCACCAGTCCTGGCTCTGTCTTGCTCTGACACCTTCCTCAGTCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCCCACCAGTCCTGGCTCTGTCTTGCTCTGACACCTTCCTCAGTCAAGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTGAATTTCCTCGTGGTGGTCACCGTCGGAGGAACATCGTTCCTCCAACT
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTGAATTTCCTCGTGGTGGTCACTGTCGGAGGAACATCGTTCCTCCAACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCTTATCTCCTATGGTTACATAGTGTCTGCGGTCCTGAAGATCCCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCTTATCTCCTATGGTTACATAGTGTCTGCGGTCCTGAAGATCCCTTCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CAGAGGGCCGATGGAAAGCCTGCAACACGTGTGCCTCGCATCTGATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CAGAGGGCCGATGGAAAGCCTGCAACACGTGTGCCTCGCATCTGATGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTGACTCTGCTGTTTGGGACAGCCCTTTTCGTGTACTTGCGACCCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTGACTCTGCTGTTTGGGACAGCCCTTTTCGTGTACTTGCGACCCAGCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAGCTACTTGCTAGGCAGGGACAAGGTGGTGTCTGTTTTCTATTCATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAGCTACTTGCTAGGCAGGGACAAGGTGGTGTCTGTTTTCTATTCATTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGATCCCCATGCTGAACCCTCTCATTTACAGTTTGAGGAACAAAGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGATCCCCATGCTGAACCCTCTCATTTACAGTTTGAGGAACAAAGAGATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    901 AAGGATGCCCTGTGGAAGGTGTTGGAAAGGAAGAAAGTGTTTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AAGGATGCCCTGTGGAAGGTGTTGGAAAGGAAGAAAGTGTTTTCT