seq1 = pF1KE6012.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KE6012/gi568815587r_5340573.tfa (gi568815587r:5340573_5541514), 200942 bp

>pF1KE6012 942
>gi568815587r:5340573_5541514 (Chr11)

(complement)

1-942  (100001-100942)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGGTCTCAATGGCACCCCCTTCCAGCCAGCAACACTCCAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGGTCTCAATGGCACCCCCTTCCAGCCAGCAACACTCCAGCTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGCATTCCTGGGATACAAACAGGCCTCACCTGGGTTGCCCTGATTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGCATTCCTGGGATACAAACAGGCCTCACCTGGGTTGCCCTGATTTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCATCCTCTACATGATCTCCATTGTAGGTAACCTCAGCATTCTCACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCATCCTCTACATGATCTCCATTGTAGGTAACCTCAGCATTCTCACTCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGTTTTGGGAGCCTGCTCTGCATCAGCCCATGTACTACTTCCTCTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGTTTTGGGAGCCTGCTCTGCATCAGCCCATGTACTACTTCCTCTCTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTCGCTCTCAATGATCTGGGAGTGTCCTTTTCTACACTTCCCACTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTCGCTCTCAATGATCTGGGAGTGTCCTTTTCTACACTTCCCACTGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTTCTACTTTCTGCTTCAACTACAACCATGTTGCGTTTAATGCTTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTTCTACTTTCTGCTTCAACTACAACCATGTTGCGTTTAATGCTTGCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTCCAGATGTTCTTCATCCACACTTTCTCCTTCATGGAGTCAGGCATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTCCAGATGTTCTTCATCCACACTTTCTCCTTCATGGAGTCAGGCATACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTGGCCATGAGCTTGGATCGCTTTGTGGCTATTTGTTATCCATTACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTGGCCATGAGCTTGGATCGCTTTGTGGCTATTTGTTATCCATTACGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATGTCACTGTGCTCACTCACAACCGTATATTGGCTATGGGTCTGGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATGTCACTGTGCTCACTCACAACCGTATATTGGCTATGGGTCTGGGCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTTACCAAGAGTTTCACCACTCTCTTCCCTTTCCCTTTTCTGGTGAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100451 CTTACCAAGAGTTTCACCACTCTCTTCCCTTTCCCTTTTGTGGTGAAACG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACTGCCCTTCTGCAAAGGCAATGTTTTGCATCACTCCTACTGTCTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ACTGCCCTTCTGCAAAGGCAATGTTTTGCATCACTCCTACTGTCTCCATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAGATCTCATGAAAGTAGCATGTGGAGACATCCATGTTAACAACATTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAGATCTCATGAAAGTAGCATGTGGAGACATCCATGTTAACAACATTTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGGCTCTTGGTGATCATTTTTACCTATGGTATGGACTCAACTTTCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGGCTCTTGGTGATCATTTTTACCTATGGTATGGACTCAACTTTCATCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCTTTCCTATGCATTGATCCTGAGAGCCATGCTGGTCATCATATCCCAGG
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCTTTCCTACGCATTGATCCTGAGAGCCATGCTGGTCATCATATCCCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AACAGCGGCTCAAGGCACTCAACACCTGCATGTCACACATCTGTGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AACAGCGGCTCAAGGCACTCAACACCTGCATGTCACACATCTGTGCAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTGGCCTTTTATGTGCCCATAATTGCTGTCTCCATGATTCACCGCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTGGCCTTTTATGTGCCCATAATTGCTGTCTCCATGATTCACCGCTTCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GAAAAGTGCTCCACCTGTTGTTCATGTCATGATGTCCAATGTCTACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GAAAAGTGCTCCACCTGTTGTTCATGTCATGATGTCCAATGTCTACCTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTGTACCACCCATGCTCAACCCTATCATCTACAGTGTGAAAACCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTGTACCACCCATGCTCAACCCTATCATCTACAGTGTGAAAACCAAGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATCCGCAAAGGGATTCTCAAGTTCTTCCATAAATCCCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATCCGCAAAGGGATTCTCAAGTTCTTCCATAAATCCCAGGCC