seq1 = pF1KE6009.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KE6009/gi568815586r_55194291.tfa (gi568815586r:55194291_55395232), 200942 bp

>pF1KE6009 942
>gi568815586r:55194291_55395232 (Chr12)

(complement)

1-942  (100001-100942)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAACAAATCAATGGAAATAGAGTTCATTCTCCTAGGATTGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGAACAAATCAATGGAAATAGAGTTCATTCTCCTAGGATTGACAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGACCCACAGTTGCAAATTGTGATTTTCCTGTTTCTATTTCTCAACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGACCCACAGTTGCAAATTGTGATTTTCCTGTTTCTATTTCTCAACTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTTGAGCCTGATGGGGAACTTAATCATCATCATCCTCACCCTGCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTTGAGCCTGATGGGGAACTTAATCATCATCATCCTCACCCTGCTGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCCGGCTCAAGACGCCAATGTATTTCTTTCTCCGTAATTTCTCCTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCCGGCTCAAGACGCCAATGTATTTCTTTCTCCGTAATTTCTCCTTTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAAGTAATATTCACAACAGTGTGTATTCCTAGATTCTTGATAACCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAAGTAATATTCACAACAGTGTGTATTCCTAGATTCTTGATAACCATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGACTAGAGACAAAACCATTTCTTATAATAATTGTGCAACTCAATTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGACTAGAGACAAAACCATTTCTTATAATAATTGTGCAACTCAATTATTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTATCCTTTTACCGGGAGTTACTGAGTTTTACCTCCTGGCTGCCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTATCCTTTTACCGGGAGTTACTGAGTTTTACCTCCTGGCTGCCATGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTATGACCGCTACGTTGCCATCTGCAAACCACTGCATTATCCAATCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTATGACCGCTACGTTGCCATCTGCAAACCACTGCATTATCCAATCATTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGAGCAGCAAAGTCTGCTACCAACTTGTACTTAGCTCTTGGGTAACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGAGCAGCAAAGTCTGCTACCAACTTGTACTTAGCTCTTGGGTAACTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCTTAATCATATTTCCCCCATTGGTCATGGGACTCAAGCTGGATTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTCTTAATCATATTTCCCCCATTGGTCATGGGACTCAAGCTGGATTTTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGCTTCCAAAACTATTGACCACTTTATGTGTGAAACTTCTCCTATTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGCTTCCAAAACTATTGACCACTTTATGTGTGAAACTTCTCCTATTCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGATCTCCTGCACAGATACCCATGTCCTAGAATTGATGTCTTTTACCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGATCTCCTGCACAGATACCCATGTCCTAGAATTGATGTCTTTTACCTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCTGTGGTGACACTTGTGGTCACACTGGTATTAGTGATTCTCTCTTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCTGTGGTGACACTTGTGGTCACACTGGTATTAGTGATTCTCTCTTACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTGCATTATTAAGACCATTCTGAAATTCTCTTCTGCACAGCAAAGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTGCATTATTAAGACCATTCTGAAATTCTCTTCTGCACAGCAAAGGAACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AAGCATTTTCCACCTGTACTTCCCACATGATTGTTGTCTCCATGACATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100701 AAGCATTTTCCACCTGTACTTCCCACATGATTGTTGTCTCCATGACATAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGTAGCTGTATCTTTATGTATATTAAACCATCTGCAAAAGAAAGAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GGTAGCTGTATCTTTATGTATATTAAACCATCTGCAAAAGAAAGAGTGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGTATCCAAAGGTGTAGCTTTGCTCTATACCTCAATTGCCCCTTTACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGTATCCAAAGGTGTAGCTTTGCTCTATACCTCAATTGCCCCTTTACTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATCCCTTCATTTATACTCTCAGAAACCAGCAGGTGAAAGAAGTCTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATCCCTTCATTTATACTCTCAGAAACCAGCAGGTGAAAGAAGTCTTCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GATGTATTACAAAAGAATTTGTGTTTTTCTAAAAGACCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GATGTATTACAAAAGAATTTGTGTTTTTCTAAAAGACCATTT