seq1 = pF1KE6001.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KE6001/gi568815587f_58090491.tfa (gi568815587f:58090491_58291432), 200942 bp

>pF1KE6001 942
>gi568815587f:58090491_58291432 (Chr11)

1-942  (100001-100942)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAAAGGAATTACACCGTAGTGACGGAGTTCTTCCTTACTGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGAAAGGAATTACACCGTAGTGACGGAGTTCTTCCTTACTGCATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TACTGAACATCTCCAGTGGAGGGTTCCTCTCTTCCTCATATTTTTGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TACTGAACATCTCCAGTGGAGGGTTCCTCTCTTCCTCATATTTTTGAGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTATCTTGCCACTATGTTAGGGAACACAGGCATGATCCTCCTGATCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTATCTTGCCACTATGTTAGGGAACACAGGCATGATCCTCCTGATCCGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCGATCGTCGGCTCCACACCCCGATGTACTTCTTCCTCAGCCACCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCGATCGTCGGCTCCACACCCCGATGTACTTCTTCCTCAGCCACCTTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTGGTGGACATCTGCTACTCGTCCGCCATCATCCCTCAGATGCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTGGTGGACATCTGCTACTCGTCCGCCATCATCCCTCAGATGCTGGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCTGTGGGAGCACGGCACAACCATCTCCCAGGCTCGCTGTGCAGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCTGTGGGAGCACGGCACAACCATCTCCCAGGCTCGCTGTGCAGCTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCTTCCTCTTCACCTTCTTTGCCTCCATCGACTGCTACCTTCTGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCTTCCTCTTCACCTTCTTTGCCTCCATCGACTGCTACCTTCTGGCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGGCCTATGACCGCTACACGGCCGTGTGCCAGCCCCTGCTTTATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATGGCCTATGACCGCTACACGGCCGTGTGCCAGCCCCTGCTTTATGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATCATAACCGAGAAGGCCCGCTGGGGCCTAGTCACTGGGGCTTACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCATCATAACCGAGAAGGCCCGCTGGGGCCTAGTCACTGGGGCTTACGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCTGGTTTTTTCAGTGCCTTTGTTCGAACGGTCACAGCCTTCACTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCTGGTTTTTTCAGTGCCTTTGTTCGAACGGTCACAGCCTTCACTCTCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTTTGTGGAAACAATGAGATCAACTTCATTTTCTGTGACCTCCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTTTGTGGAAACAATGAGATCAACTTCATTTTCTGTGACCTCCCTCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TATTAAAACTCTCCTGTGGGGACAGCTACACTCAGGAAGTGGTGATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TATTAAAACTCTCCTGTGGGGACAGCTACACTCAGGAAGTGGTGATTATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTGTTTGCTCTTTTCGTCATGCCTGCCTGTATCTTGGTGATCTTGGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTGTTTGCTCTTTTCGTCATGCCTGCCTGTATCTTGGTGATCTTGGTATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTACCTGTTTATCATTGTGGCCATCCTGCAGATCCACTCTGCTGGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTACCTGTTTATCATTGTGGCCATCCTGCAGATCCACTCTGCTGGAGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGGCCAAGACCTTCTCCACCTGCGCCTCCCACCTCACTGCCGTCGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGGCCAAGACCTTCTCCACCTGCGCCTCCCACCTCACTGCCGTCGCTCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCTTTGGCACCCTCATCTTCATGTACCTGCGAGACAACACAGGCCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCTTTGGCACCCTCATCTTCATGTACCTGCGAGACAACACAGGCCAGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTCCGAGGGAGATCGAGTGGTGTCTGTGCTCTACACGGTGGTGACCCCAA
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTCCGAGGGAGACCGAGTGGTGTCTGTGCTCTACACGGTGGTGACCCCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCTGAATCCCCTTATCTATAGCCTGAGAAACAAGGAGGTAAAAGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGCTGAATCCCCTTATCTATAGCCTGAGAAACAAGGAGGTAAAAGAGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ACTAGGAAAGCCCTGAGCAAATCAAAGCCTGCTAGAAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ACTAGGAAAGCCCTGAGCAAATCAAAGCCTGCTAGAAGACCC