seq1 = pF1KE5991.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KE5991/gi568815587f_59356961.tfa (gi568815587f:59356961_59557902), 200942 bp

>pF1KE5991 942
>gi568815587f:59356961_59557902 (Chr11)

1-942  (100001-100942)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCAGATCAACCACACTAATGTGAAGGAGTTTTTCTTCCTGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCAGATCAACCACACTAATGTGAAGGAGTTTTTCTTCCTGGAACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TACACGTTCCCGAGAGCTGGAGTTTTTCTTGTTTGTGGTCTTCTTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TACACGTTCCCGAGAGCTGGAGTTTTTCTTGTTTGTGGTCTTCTTTGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTATGTAGCAACAGTCCTGGGAAATGCACTCATTGTGGTCACTATTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTATGTAGCAACAGTCCTGGGAAATGCACTCATTGTGGTCACTATTACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGTGAGTCCCGCCTACACACTCCTATGTACTTTCTCCTGCGGAACAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGTGAGTCCCGCCTACACACTCCTATGTACTTTCTCCTGCGGAACAAATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGTCCTGGACATCGTTTTTTCATCTATCACCGTCCCCAAGTTCCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGTCCTGGACATCGTTTTTTCATCTATCACCGTCCCCAAGTTCCTGGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATCTTTTATCAGACAGGAAAACCATCTCCTACAATGGCTGCATGGCACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100251 ATCTTTTATCAGACAGGAAAACCATCTCCTACAATGACTGCATGGCACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCTTTTTCTTCCACTTTGCTGGTGGGGCAGATATTTTTTTCCTCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCTTTTTCTTCCACTTTGCTGGTGGGGCAGATATTTTTTTCCTCTCTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGGCCTATGACAGATACCTTGCAATCGCCAAGCCCCTGCACTATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGGCCTATGACAGATACCTTGCAATCGCCAAGCCCCTGCACTATGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATGATGAGGAAAGAGGTGTGGGTGGCCTTGGTGGTGGCTTCTTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCATGATGAGGAAAGAGGTGTGGGTGGCCTTGGTGGTGGCTTCTTGGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGTGGTGGTTTGCATTCAATCATCCAGGTAATTCTGATGCTTCCATTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGTGGTGGTTTGCATTCAATCATCCAGGTAATTCTGATGCTTCCATTCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTCTGTGGCCCCAACACACTGGATGCCTTCTACTGTTATGTGCTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTCTGTGGCCCCAACACACTGGATGCCTTCTACTGTTATGTGCTCCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGTAAAACTGGCCTGCACTGACACCTTTGCTTTGGAGCTTTTCATGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGTAAAACTGGCCTGCACTGACACCTTTGCTTTGGAGCTTTTCATGATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCTAACAACGGACTGGTGACCCTGCTCTGGTTCCTCCTGCTCCTGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCTAACAACGGACTGGTGACCCTGCTCTGGTTCCTCCTGCTCCTGGGCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTACACTGTCATTCTGGTGATGCTGAGATCCCACTCTGGGGAGGGGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTACACTGTCATTCTGGTGATGCTGAGATCCCACTCTGGGGAGGGGCGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACAAGGCCCTCTCCACGTGCACGTCCCACATGCTGGTGGTGACTCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACAAGGCCCTCTCCACGTGCACGTCCCACATGCTGGTGGTGACTCTTCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCGTGCCTTGTGTTTACATCTACTGCCGGCCCTTCATGACGCTGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCGTGCCTTGTGTTTACATCTACTGCCGGCCCTTCATGACGCTGCCCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGACACAACCATATCCATTAATAACACGGTCATTACCCCCATGCTGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGACACAACCATATCCATTAATAACACGGTCATTACCCCCATGCTGAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCATCATCTATTCCCTGAGAAATCAAGAGATGAAGTCAGCCATGCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CCATCATCTATTCCCTGAGAAATCAAGAGATGAAGTCAGCCATGCAGAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTGCAGAGGAGACTTGGGCCTTCCGAGAGCAGAAAATGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGCAGAGGAGACTTGGGCCTTCCGAGAGCAGAAAATGGGGG