seq1 = pF1KE5987.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE5987/gi568815587r_4947101.tfa (gi568815587r:4947101_5055713), 108613 bp

>pF1KE5987 939
>gi568815587r:4947101_5055713 (Chr11)

(complement)

1-939  (100001-100939)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCATTATCAACACATCATATGTTGAAATCACCACCTTCTTCTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCATTATCAACACATCATATGTTGAAATCACCACCTTCTTCTTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGGATGCCAGGGCTAGAATATGCACACATCTGGATCTCTATCCCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGGATGCCAGGGCTAGAATATGCACACATCTGGATCTCTATCCCCATCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAGCATGTATCTTATTGCTATTCTAGGAAATTGCACCATTCTTTTTATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100101 GCAGCATGTATCTTATTGCTATTCTAGGAAATGGCACCATTCTTTTTATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCAAGACAGAGCCCTCCTTGCATGAGCCCATGTACTATTTTCTTTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCAAGACAGAGCCCTCCTTGCATGGGCCCATGTACTATTTTCTTTCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTTGGCTATGTCAGACTTGGGTTTGTCTTTATCATCTCTGCCCACTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTTGGCTATGTCAGACTTGGGTTTGTCTTTATCATCTCTGCCCACTGTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TAAGCATCTTCCTGTTCAATGCTCCTGAAATTTCATCCAATGCCTGCTTT
        |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || | ||||||||||
 100251 TAAGCATCTTCCTGTTCAATGCCCCTGAAACTTCTTCTAGTGCCTGCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCCAGGAATTCTTCATTCATGGATTCTCAGTACTGGAGTCCTCAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCCCAGGAATTCTTCATTCATGGATTCTCAGTACTGGAGTCCTCAGTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTGATCATGTCATTTGATAGATTCCTAGCCATCCACAACCCTCTGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100351 CCTGATCATGTCATTTGATAGATTCCTAGCCATCCACAATCCTCTGAGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACACCTCAATCCTGACAACTGTCAGAGTTGCCCAAATAGGGATAGTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACACCTCAATCCTGACAACTGTCAGAGTTGCCCAAATAGGGATAGTATTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCCTTTAAGAGCATGCTCCTGGTTCTTCCCTTCCCTTTCACTTTAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100451 TCCTTTAAGAGCATGCTCCTGGTTCTTCCCTTCCCTTTCACTTTAAGAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTGAGATATTGCAAGAAAAACCAATTATCCCATTCCTACTGTCTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTGAGATATTGCAAGAAAAACCAATTATCCCATTCCTACTGTCTCCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGGATGTCATGAAGTTGGCCTGTTCTGACAACAGAATTGATGTTATCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGGATGTCATGAAGTTGGCCTGTTCTGACAACAGAATTGATGTTATCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGCTTTTTTGGAGCACTCTGCCTTATGGTAGACTTTATTCTCATTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGCTTTTTTGGAGCACTCTGCCTTATGGTAGACTTTATTCTCATTGCTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GTCTTACACCCTGATCCTCAAGACTGTACTGGGAATTGCATCCAAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100651 GTCTTACACCCTGATCCTCAAGACTGTACCGGGAATTGCATCCAAAAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGCAGCTTAAGGCTCTCAATACTTGTGTTTCACACATCTGTGCAGTGATC
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGGAGCTTAAGGCTCTCAATACTTGTGTTTCACACATCTGTGCAGTGATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATCTTCTACCTGCCCATCATCAACCTGGCCGTTGTCCACCGCTTTGCCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100751 ATCTTCTACCTGCCCATCATCAACCTGGCCGTTGTCCACCGCTTTGCCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GCATGTCTCTCCCCTCATTAATGTTCTCATGGCAAATGTTCTCCTACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GCATGTCTCTCCCCTCATTAATGTTCTCATGGCAAATGTTCTCCTACTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TACCTCCACTGATGAACCCAATTGTTTATTGTGTAAAAACTAAACAGATT
        ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TACCTCCGCTGATGAAACCAATTGTTTATTGTGTAAAAACTAAACAGATT

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 AGAGTGAGAGTTGTAGCAAAATTGTGTCAACGGAAGATT
        |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100901 AGAGTGAGAGTTGTAGCAAAATTGTGTCAATGGAAGATT