seq1 = pF1KE5984.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE5984/gi568815587r_124383344.tfa (gi568815587r:124383344_124497351), 114008 bp

>pF1KE5984 939
>gi568815587r:124383344_124497351 (Chr11)

(complement)

1-939  (100001-100939)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGCTAGAAACAACTCCTTAGTGACTGAATTTATTCTTGCTGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGCTAGAAACAACTCCTTAGTGACTGAATTTATTCTTGCTGGATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACAGATCGTCCAGAGTTCCGGCAACCCCTCTTTTTCCTGTTTCTAGTGA
        |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| 
 100051 AACAGATCATCCAGAGTTCCAGCAACCCCTCTTTTTCCTGTTTCTAGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTACATTGTCACCATGGTAGGCAACCTTGGCTTGATCATTCTTTTCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTACATTGTCACCATGGTAGGCAACCTTGGCTTGATCATTCTTTTCGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTAAATTCTCACCTCCACACACCAATGTACTATTTCCTCTTCAATCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTAAATTCTCACCTCCACACACCAATGTACTATTTCCTCTTCAATCTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCATTGATCTCTGTTACTCCTCTGTTTTCACTCCCAAAATGCTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTCATTGATCTCTGTTACTCCTCTGTTTTCACTCCCAAAATGCTAATGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTTTGTATCAAAAAAGAATATTATCTCCTATGTTGGGTGCATGACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACTTTGTATCAAAAAAGAATATTATCTCCTATGTTGGGTGCATGACTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGTTTTTCTTTCTCTTTTTTGTCATCTCTGAATGCTACATATTGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
 100301 CTGTTTTTCTTTCTCTTTTTTGTCATCTCTGAATGTTACATGTTGACCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AATGGCATATGATCGCTATGTGGCCATCTGTAATCCATTGCTGTATAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AATGGCATATGATCGCTATGTGGCCATCTGTAATCCATTGCTGTATAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCACCATGTCCCATCAGGTCTGTTCTATGCTCACTTTTGCTGCTTACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCACCATGTCCCATCAGGTCTGTTCTATGCTCACTTTTGCTGCTTACATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATGGGATTGGCTGGAGCCACGGCCCACACCGGGTGCATGCTTAGACTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATGGGATTGGCTGGAGCCACGGCCCACACCGGGTGCATGCTTAGACTCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTCTGCAGTGCTAATATCATCAACCATTACTTGTGTGACATACTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTCTGCAGTGCTAATATCATCAACCATTACTTGTGTGACATACTCCCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCCTCCAGCTTTCCTGCACCAGCACCTATGTCAACGAGGTGGTTGTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCCTCCAGCTTTCCTGCACCAGCACCTATGTCAACGAGGTGGTTGTTCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATTGTTGTGGGTATTAATATCATGGTACCCAGTTGTACCATCCTCATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATTGTTGTGGGTATTAATATCATGGTACCCAGTTGTACCATCCTCATTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTATGTTTTCATTGTCACTAGCATTCTTCATATCAAATCCACTCAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTATGTTTTCATTGTCACTAGCATTCTTCATATCAAATCCACTCAAGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GATCAAAAGCCTTCAGTACTTGTAGCTCTCATGTCATTGCTCTGTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GATCAAAAGCCTTCAGTACTTGTAGCTCTCATGTCATTGCTCTGTCTCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTTTTGGGTCAGCGGCATTCATGTATATTAAATATTCTTCTGGATCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTTTTTGGGTCAGCGGCATTCATGTATATTAAATATTCTTCTGGATCTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGAGCAGGGAAAAGTTTCTTCTGTTTTCTACACTAATGTGGTGCCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGAGCAGGGAAAAGTTTCTTCTGTTTTCTACACTAATGTGGTGCCCATGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCAATCCTCTCATCTACAGTTTGAGGAACAAGGATGTCAAAGTTGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCAATCCTCTCATCTACAGTTTGAGGAACAAGGATGTCAAAGTTGCACTG

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 AGGAAAGCTCTGATTAAAATTCAGAGAAGAAATATATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AGGAAAGCTCTGATTAAAATTCAGAGAAGAAATATATTC