seq1 = pF1KE5983.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE5983/gi568815587f_55719630.tfa (gi568815587f:55719630_55920568), 200939 bp

>pF1KE5983 939
>gi568815587f:55719630_55920568 (Chr11)

1-939  (100001-100939)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCTGACTGATAGAAATACAAGTGGGACCACGTTCACCCTCTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCTGACTGATAGAAATACAAGTGGGACCACGTTCACCCTCTTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCTCAGATTACCCAGAACTGCAAGTCCCACTCTTCCTGGTTTTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCTCAGATTACCCAGAACTGCAAGTCCCACTCTTCCTGGTTTTTCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCATCTACAATGTCACTGTGCTAGGGAATATTGGGTTGATTGTGATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCATCTACAATGTCACTGTGCTAGGGAATATTGGGTTGATTGTGATCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAAATCAACCCCAAACTGCATACCCCCATGTACTTTTTCCTCAGCCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAAATCAACCCCAAACTGCATACCCCCATGTACTTTTTCCTCAGCCAACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCCTTTGTGGATTTCTGCTATTCCTCCATCATTGCTCCCAAGATGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTCCTTTGTGGATTTCTGCTATTCCTCCATCATTGCTCCCAAGATGTTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGAACCTTGTTGTCAAAGACAGAACCATTTCATTTTTAGGATGCGTAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGAACCTTGTTGTCAAAGACAGAACCATTTCATTTTTAGGATGCGTAGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAATTCTTTTTCTTCTGTACCTTTGTGGTCACTGAATCCTTTTTATTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAATTCTTTTTCTTCTGTACCTTTGTGGTCACTGAATCCTTTTTATTAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGTGATGGCCTATGACCGCTTCGTGGCCATTTGCAACCCTCTGCTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGTGATGGCCTATGACCGCTTCGTGGCCATTTGCAACCCTCTGCTCTACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGTTGACATGTCCCAGAAACTCTGCGTGCTGCTGGTTGTGGGATCCTAT
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAGTTAACATGTCCCAGAAACTCTGCGTGCTGCTGGTTGTGGGATCCTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCTGGGGAGTCTCATGTTCCTTGGAACTGACGTGCTCTGCTTTAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCCTGGGGAGTCTCATGTTCCTTGGAACTGACGTGCTCTGCTTTAAAGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ATGTTTTCATGGTTTCAACACAATCAATCACTTCTTCTGTGAGTTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ATGTTTTCATGGTTTCAACACAATCAATCACTTCTTCTGTGAGTTCTCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CACTACTCTCCCTTTCTTGCTCTGATACTTACATCAACCAGTGGCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CACTACTCTCCCTTTCTTGCTCTGATACTTACATCAACCAGTGGCTGCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTCTTTCTTGCCACCTTTAATGAAATCAGCACACTACTCATCGTTCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTCTTTCTTGCCACCTTTAATGAAATCAGCACACTACTCATCGTTCTCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATCTTATGCGTTCATTGTTGTAACCATCCTCAAGATGCGTTCAGTCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATCTTATGCGTTCATTGTTGTAACCATCCTCAAGATGCGTTCAGTCAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGCGCCGCAAAGCCTTCTCCACCTGTGCCTCCCACCTGACTGCCATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGCGCCGCAAAGCCTTCTCCACCTGTGCCTCCCACCTGACTGCCATCACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATCTTCCATGGCACCATCCTCTTCCTTTACTGTGTGCCCAACTCCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATCTTCCATGGCACCATCCTCTTCCTTTACTGTGTGCCCAACTCCAAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTCCAGGCGCACAGTCAAAGTGGCCTCTGTGTTTTACACCGTGGTGATCC
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTCCAGGCACACAGTCAAAGTGGCCTCTGTGTTTTACACCGTGGTGATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCATGTTGAATCCCCTGATCTACAGTCTGAGAAATAAAGATGTCAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CCATGTTGAATCCCCTGATCTACAGTCTGAGAAATAAAGATGTCAAGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 ACAGTCACCGAGATACTGGACACCAAAGTCTTCTCTTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ACAGTCACCGAGATACTGGACACCAAAGTCTTCTCTTAC