seq1 = pF1KE5982.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE5982/gi568815583f_21538007.tfa (gi568815583f:21538007_21738945), 200939 bp

>pF1KE5982 939
>gi568815583f:21538007_21738945 (Chr15)

1-939  (100001-100939)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAACTGCAAATTACACCAAGGTGACAGAATTTGTTCTCACTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAACTGCAAATTACACCAAGGTGACAGAATTTGTTCTCACTGGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCCCAGACTCCAGAGGTCCAACTAGTCCTATTTGTTATATTTCTATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCCCAGACTCCAGAGGTCCAACTAGTCCTATTTGTTATATTTCTATCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTATTTGTTCATCCTACCAGGAAATATCCTTATCATTTGCACCATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTATTTGTTCATCCTACCAGGAAATATCCTTATCATTTGCACCATCAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTAGACCCTCATCTGACCTCTCCTATGTATTTCCTGTTGGCTAATCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTAGACCCTCATCTGACCTCTCCTATGTATTTCCTGTTGGCTAATCTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCCTTGATATTTGGTACTCTTCCATTACAGCCCCTGAAATGCTCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTCCTTGATATTTGGTACTCTTCCATTACAGCCCCTGAAATGCTCATAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTTCTTTGTGGAGAGGAAGATAATTTCTTTTGATGGATGCATTGCACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100251 ACTTCTTTGTGGAGAGGAAGATAATTTCTTTTGATGAATGCATTGCACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCTTCTTCTTACACTTTGCTGGGGCTTCGGAGATGTTCTTGCTCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100301 CTCTTCTTCTTACACTTTGCTGGGGCTTCAGAGATGTTCTTGCTCACAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGGCCTTTGACCTCTACACTGCTATCTGCCGACCCCTCCACTATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGGCCTTTGACCTCTACACTGCTATCTGCCGACCCCTCCACTATGCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATCATGAATCAACGTCTCTGCTGTATCCTGGTGGCTCTCTCCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCATCATGAATCAACGTCTCTGCTGTATCCTGGTGGCTCTCTCCTGGAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGGGGCTTCATTCATTCTATCATACAGGTGGCTCTCATTGTTCGACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGGGGCTTCATTCATTCTATCATACAGGTGGCTCTCATTGTTCGACTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTTCTGTGGGCCCAATGAGTTAGACAGTTACTTCTGTGACATCACACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTTCTGTGGGCCCAATGAGTTAGACAGTTACTTCTGTGACATCACACAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTGTCCGGATTGCCTGTGCCAACACCTTCCCAGAGGAGTTAGTGATGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTGTCCGGATTGCCTGTGCCAACACCTTCCCAGAGGAGTTAGTGATGATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TGTAGTAGTGGTCTGATCTCTGTGGTGTGTTTGATTGCTCTGTTAATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TGTAGTAGTGGTCTGATCTCTGTGGTGTGTTTGATTGCTCTGTTAATGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTATGCCTTCCTTCTGGCCTTGTTCAAGAAACTTTCAGGCTCAGGTGAGA
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTATGCCTTCCTTCTGGCCTTGCTCAAGAAACTTTCAGGCTCAGGTGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATACCAACAGGGCCATGTCCACCTGCTATTCCCACATTACCATTGTGGTG
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATACCAACAGGGCCGTGTCCACCTGCTATTCCCACATTACCATTGTGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTAATGTTTGGGCCATCCATCTACATTTATGCTCGCCCATTTGACTCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTAATGTTTGGGCCATCCATCTACATTTATGCTCGCCCATTTGACTCGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTCCCTAGATAAAGTGGTGTCTGTGTTCAATACTTTAATATTCCCTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TTCCCTAGATAAAGTGGTGTCTGTGTTCAATACTTTAATATTCCCTTTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GTAATCCCATTATTTACACATTGAGAAACAAGGAAGTAAAGGCAGCCATG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATAATCCCATTATTTACACATTGAGAAACAAGGAAGTAAAGGCAGCCATG

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 AGGAAGTTGGTCACCAAATATATTTTGTGTAAAGAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AGGAAGTTGGTCACCAAATATATTTTGTGTAAAGAGAAG