seq1 = pF1KE5980.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE5980/gi568815584f_19680323.tfa (gi568815584f:19680323_19881261), 200939 bp

>pF1KE5980 939
>gi568815584f:19680323_19881261 (Chr14)

1-939  (100001-100939)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAACTGCAAATTACACCAAGGTGACAGAATTTGTTCTCACTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAACTGCAAATTACACCAAGGTGACAGAATTTGTTCTCACTGGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCCCAGACTCGGGAGGTCCAACTAGTCCTATTTGTTATATTTCTATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCCCAGACTCGGGAGGTCCAACTAGTCCTATTTGTTATATTTCTATCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTATTTGTTCATCCTACCAGGAAATATCCTTATCATTTGCACCATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTATTTGTTCATCCTACCAGGAAATATCCTTATCATTTGCACCATCAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTAGACCCTCATCTGACTTCTCCTATGTATTTCCTGTTGGCTAATCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTAGACCCTCATCTGACTTCTCCTATGTATTTCCTGTTGGCTAATCTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCCTTGATATTTGGTACTCTTCCATTACAGCCCCTAAAATGCTCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTCCTTGATATTTGGTACTCTTCCATTACAGCCCCTAAAATGCTCATAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTTCTTTGTGGAGAGGAAGATAATTTCCTTTGGTGGATGCATTGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACTTCTTTGTGGAGAGGAAGATAATTTCCTTTGGTGGATGCATTGCACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCTTCTTCTTACACTTTGTTGGGGCTTCGGAGATGTTCTTGCTCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTCTTCTTCTTACACTTTGTTGGGGCTTCGGAGATGTTCTTGCTCACAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGGCCTATGACCGCTATGCTGCTATCTGCCGACCCCTCCACTATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGGCCTATGACCGCTATGCTGCTATCTGCCGACCCCTCCACTATGCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATCATGAATCGACGTCTCTGCTGTATCCTGGTGGCTCTCTCCTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCATCATGAATCGACGTCTCTGCTGTATCCTGGTGGCTCTCTCCTGGATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGGGGCTTCATTCATTCTATAATACAGGTGGCTCTCATTGTTCGACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGGGGCTTCATTCATTCTATAATACAGGTGGCTCTCATTGTTCGACTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTTCTGTGGGCCCAATGAGTTAGACAGTTACTTCTGTGACATCACACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTTCTGTGGGCCCAATGAGTTAGACAGTTACTTCTGTGACATCACACAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTGTCCGGATTGCCTGTGCCAACACCTTCCCAGAGGAGTTAGTGATGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTGTCCGGATTGCCTGTGCCAACACCTTCCCAGAGGAGTTAGTGATGATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TGTAGTAGTGGTCTGATCTCTGTGGTGTGTTTCATTGCTCTGTTAATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TGTAGTAGTGGTCTGATCTCTGTGGTGTGTTTCATTGCTCTGTTAATGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTATGCCTTCCTTCTGGCCTTGCTCAAGAAACATTCAGGCTCAGGTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTATGCCTTCCTTCTGGCCTTGCTCAAGAAACATTCAGGCTCAGGTGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATACCAACAGGGCCATGTCCACCTGCTATTCCCACATTACCATTGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATACCAACAGGGCCATGTCCACCTGCTATTCCCACATTACCATTGTGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTAATGTTTGGGCCATCCATCTACATTTATGCTCGCCCATTTGACTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTAATGTTTGGGCCATCCATCTACATTTATGCTCGCCCATTTGACTCATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTCCCTAGATAAAGTGGTGTCTGTGTTTCATACTGTAATATTCCCTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TTCCCTAGATAAAGTGGTGTCTGTGTTTCATACTGTAATATTCCCTTTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTAATCCCATTATTTACACATTGAGAAACAAGGAAGTAAAGGCAGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTAATCCCATTATTTACACATTGAGAAACAAGGAAGTAAAGGCAGCCATG

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 AGGAAGGTGGTCACCAAATATATTTTGTGTGAAGAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AGGAAGGTGGTCACCAAATATATTTTGTGTGAAGAGAAG