seq1 = pF1KE5980.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE5980/gi568815583f_21538007.tfa (gi568815583f:21538007_21738945), 200939 bp

>pF1KE5980 939
>gi568815583f:21538007_21738945 (Chr15)

1-939  (100001-100939)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAACTGCAAATTACACCAAGGTGACAGAATTTGTTCTCACTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAACTGCAAATTACACCAAGGTGACAGAATTTGTTCTCACTGGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCCCAGACTCGGGAGGTCCAACTAGTCCTATTTGTTATATTTCTATCCT
        |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCCCAGACTCCAGAGGTCCAACTAGTCCTATTTGTTATATTTCTATCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTATTTGTTCATCCTACCAGGAAATATCCTTATCATTTGCACCATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100101 TCTATTTGTTCATCCTACCAGGAAATATCCTTATCATTTGCACCATCAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTAGACCCTCATCTGACTTCTCCTATGTATTTCCTGTTGGCTAATCTGGC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTAGACCCTCATCTGACCTCTCCTATGTATTTCCTGTTGGCTAATCTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCCTTGATATTTGGTACTCTTCCATTACAGCCCCTAAAATGCTCATAG
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100201 CTTCCTTGATATTTGGTACTCTTCCATTACAGCCCCTGAAATGCTCATAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTTCTTTGTGGAGAGGAAGATAATTTCCTTTGGTGGATGCATTGCACAG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||
 100251 ACTTCTTTGTGGAGAGGAAGATAATTTCTTTTGATGAATGCATTGCACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCTTCTTCTTACACTTTGTTGGGGCTTCGGAGATGTTCTTGCTCACAGT
        ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
 100301 CTCTTCTTCTTACACTTTGCTGGGGCTTCAGAGATGTTCTTGCTCACAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGGCCTATGACCGCTATGCTGCTATCTGCCGACCCCTCCACTATGCTA
        |||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGGCCTTTGACCTCTACACTGCTATCTGCCGACCCCTCCACTATGCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATCATGAATCGACGTCTCTGCTGTATCCTGGTGGCTCTCTCCTGGATG
        |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100401 CCATCATGAATCAACGTCTCTGCTGTATCCTGGTGGCTCTCTCCTGGAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGGGGCTTCATTCATTCTATAATACAGGTGGCTCTCATTGTTCGACTTCC
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGGGGCTTCATTCATTCTATCATACAGGTGGCTCTCATTGTTCGACTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTTCTGTGGGCCCAATGAGTTAGACAGTTACTTCTGTGACATCACACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTTCTGTGGGCCCAATGAGTTAGACAGTTACTTCTGTGACATCACACAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTGTCCGGATTGCCTGTGCCAACACCTTCCCAGAGGAGTTAGTGATGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTGTCCGGATTGCCTGTGCCAACACCTTCCCAGAGGAGTTAGTGATGATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TGTAGTAGTGGTCTGATCTCTGTGGTGTGTTTCATTGCTCTGTTAATGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100601 TGTAGTAGTGGTCTGATCTCTGTGGTGTGTTTGATTGCTCTGTTAATGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTATGCCTTCCTTCTGGCCTTGCTCAAGAAACATTCAGGCTCAGGTGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100651 CTATGCCTTCCTTCTGGCCTTGCTCAAGAAACTTTCAGGCTCAGGTGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATACCAACAGGGCCATGTCCACCTGCTATTCCCACATTACCATTGTGGTG
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATACCAACAGGGCCGTGTCCACCTGCTATTCCCACATTACCATTGTGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTAATGTTTGGGCCATCCATCTACATTTATGCTCGCCCATTTGACTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100751 CTAATGTTTGGGCCATCCATCTACATTTATGCTCGCCCATTTGACTCGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTCCCTAGATAAAGTGGTGTCTGTGTTTCATACTGTAATATTCCCTTTAC
        |||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||
 100801 TTCCCTAGATAAAGTGGTGTCTGTGTTCAATACTTTAATATTCCCTTTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTAATCCCATTATTTACACATTGAGAAACAAGGAAGTAAAGGCAGCCATG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATAATCCCATTATTTACACATTGAGAAACAAGGAAGTAAAGGCAGCCATG

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 AGGAAGGTGGTCACCAAATATATTTTGTGTGAAGAGAAG
        |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100901 AGGAAGTTGGTCACCAAATATATTTTGTGTAAAGAGAAG