seq1 = pF1KE5978.tfa, 936 bp
seq2 = pF1KE5978/gi568815586f_55392378.tfa (gi568815586f:55392378_55593313), 200936 bp

>pF1KE5978 936
>gi568815586f:55392378_55593313 (Chr12)

1-936  (100001-100936)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAAAACACACAGCAATAACAACATTCATCCTTCTGGGACTGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAAAACACACAGCAATAACAACATTCATCCTTCTGGGACTGACAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGATCCTCAGCTGCAGGTTCTGCTTTTCATGTTTCTATTTATCACCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGATCCTCAGCTGCAGGTTCTGCTTTTCATGTTTCTATTTATCACCTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTTGAGTGTAACAGGGAAACTGACCATTATCGCCCTCACCATGTTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTTGAGTGTAACAGGGAAACTGACCATTATCGCCCTCACCATGTTGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCCACCTGAAAACACCCATGTATTTTTTTCTCCAAAATTTATCTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCCACCTGAAAACACCCATGTATTTTTTTCTCCAAAATTTATCTTTCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGAAATCTCATTTACAGCTACCTGTGTTCCAAGATTCTTATACAGTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGAAATCTCATTTACAGCTACCTGTGTTCCAAGATTCTTATACAGTATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAACTGGGAACAAAATAATAACGTATAATGCATGTGTCATTCAGCTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAACTGGGAACAAAATAATAACGTATAATGCATGTGTCATTCAGCTATTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTGCAGACCTCTTTGGGGTAACTGAATTTTTTCTTTTGGCTACCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTGCAGACCTCTTTGGGGTAACTGAATTTTTTCTTTTGGCTACCATGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ATATGATCGCTATGTGGCCATCTGCAAACCCTTGCATTATATGGCAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ATATGATCGCTATGTGGCCATCTGCAAACCCTTGCATTATATGGCAATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGAGCAACAAAGTGTGCAAAACAATGGTTATTTGTTGTTGGATGGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGAGCAACAAAGTGTGCAAAACAATGGTTATTTGTTGTTGGATGGCAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTTATGATTATCCTCCCACCACTTAGCTTAGGTTTTCATCTAGAATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTTATGATTATCCTCCCACCACTTAGCTTAGGTTTTCATCTAGAATTCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGACTCTAATGTCATCAATCATTTTGGCTGTGATGCATTGCCTATTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGACTCTAATGTCATCAATCATTTTGGCTGTGATGCATTGCCTATTCTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AAATACCATGCTCAGACACATCATTAATTGAGCAGATGGTTGTAGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AAATACCATGCTCAGACACATCATTAATTGAGCAGATGGTTGTAGCCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCTGTATTAACCTTTATTATCACTCTTGTATGTGTAGTTCTGTCCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCTGTATTAACCTTTATTATCACTCTTGTATGTGTAGTTCTGTCCTACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATATATCATAAGAACAATTCTAAAATTCCCTTCTGTTCAACAAAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATATATCATAAGAACAATTCTAAAATTCCCTTCTGTTCAACAAAAGAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AAGCCTTTTCTACCTGTTCTTCACATATTACTGTGGTTTCCATCACTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAGCCTTTTCTACCTGTTCTTCACATATTACTGTGGTTTCCATCACTTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGCAGCTGCATCTTCATCTATATCAAGCCATCTGCAAAAGAAGAGGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GGCAGCTGCATCTTCATCTATATCAAGCCATCTGCAAAAGAAGAGGTAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CATTAATAAAGGTGTGTCAGTGCTTATTTCATCCATATCACCTATGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CATTAATAAAGGTGTGTCAGTGCTTATTTCATCCATATCACCTATGTTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATTCTTTCATATATACTCTTAGGAATGAGCAAGTTAAACAAGCCTTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATTCTTTCATATATACTCTTAGGAATGAGCAAGTTAAACAAGCCTTTCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 GACTCACTCAAAAAAATTGCATTTCGTTTAAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GACTCACTCAAAAAAATTGCATTTCGTTTAAAAAAG