seq1 = pF1KE5953.tfa, 936 bp
seq2 = pF1KE5953/gi568815597r_247983698.tfa (gi568815597r:247983698_248184566), 200869 bp

>pF1KE5953 936
>gi568815597r:247983698_248184566 (Chr1)

(complement)

27-911  (99998-100882)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     27 TTTCATTCTCCTAGGACTCTTTAACCACACCAGAGCCCACCAAGTCCTCT
        |||-|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 TTT ATTCTCCTGGGACTCTTTAACCACACCAGAGCCCACCAAGTCCTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     77 TCATGATGGTTCTGAGTATCGTTTTGACCTCCCTGTTTAGCAATTCCCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100047 TCATGATGGTTCTGAGTATCGTTTTGACCTCCCTGTTTGGCAATTCCCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    127 ATGATTCTCCTGATTCACCGGGACC ACCGGCTCCACACGCCCATGTACT
        |||||||||||||||||||||||||- |||||||||||||||||||||||
 100097 ATGATTCTCCTGATTCACCGGGACCGGCCGGCTCCACACGCCCATGTACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    176 TCCTCCTGAGCCAACTTTCCCTCATGGACGTGATGCTGGTTTCCACCACT
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100147 TCCTCCTGAGCCAACTCTCCCTCATGGACGTGATGCTGGTTTCCACCACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    226 GTGCCCAAAATGGCGGCTGACTACTTGACCGGAAGTAAGGCCATCTCCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 100197 GTGCCCAAAATGGCGGCTGACTACTTGACCGGAAATAAGGCCATCTCCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    276 CGCTGGCTGTGGTGTGCAGATCTTCTTCCTGCTCACCCTGGGTGGTGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||
 100247 CGCTGGCTGTGGTGTGCAGATCTTCTTCCTCCCCACACTGGGTGGTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326 AGTGCTTCCTCTTAGCAGCCATGGCCTATGACCGCTATGCGGCTGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100297 AGTGCTTCCTCTTAGCAGCCATGGCCTATGACCGCTATGCGGCTGTCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    376 CACCCACTCCGATATCCCACTCTCATGAGCTGGCAGCTGTGCCTGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100347 CACCCACTCCGATATCCCACTCTCATGAGCTGGCAGCTGTGCCTGAGGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    426 GACCATGTCGTGTTGGCTCCTGGGTGCAGCTGACGGGCTCCTGCAGGCTG
        |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100397 GACCATGTCGTCCTGGCTCCTGGGTGCAGCTGACGGGCTCCTGCAGGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    476 TTGCTACCCTGAGCTTCCCATATTGCGGTGCACACGAGATCGATCACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100447 TTGCTACCCTGAGCTTCCCATATTGCGGTGCACACGAGATCGATCACTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    526 TTCTGCGAGGCCCCCGTGCTGGTGCGTTTGGCTTGTGCTGACACTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100497 TTCTGCGAGGCCCCCGTGCTGGTGCGTTTGGCTTGTGCTGACACTTCAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    576 CTTCGAAAACGCCAGGTACATCTGCTGTGTGTTAATGCTCCTGGTCCCCT
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100547 CTTCGAAAACGCCATGTACATCTGCTGTGTGTTAATGCTCCTGGTCCCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    626 TTTCCCTCATCCTGTCCTCCTATGGTCTCATCCTCTCTGCTGTTCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100597 TTTCCCTCATCCTGTCCTCCTATGGTCTCATCCTCGCTGCTGTTCTGCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    676 ATGCGCTCTACAGAAGCCCGCAAGAAGGCCTTTGCCACCTGCTCTTCACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100647 ATGCGCTCTACAGAAGCCCGCAAGAAGGCCTTCGCCACCTGCTCTTCACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    726 TGTGGCTGTGGTGGGACTCTTTTATGGAGCTGCCATTTTTACCTATATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100697 TGTGGCTGTGGTGGGACTCTTTTATGGAGCTGCCATTTTTACCTATATGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    776 GACCCAAATCCCATAGGTCCACTAACCACGACAAGGTTGTGTCAGCCTTC
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100747 GACCCAAATCCCACAGGTCCACTAACCACGACAAGGTTGTGTCAGCCTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    826 TATACTATGTTCACCCCTTTACTAAACCCCCTCATCTACAGTGTGAAGAA
        |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100797 TATAGTATGTTCACCCCTTTACTAAACCCCCTCATCTACAGTGTGAGGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .
    876 CAGTGAGGTGAAGGGAGCCCTGACAAGGTGTATGGG
        ||||||||| |||| |||||||| | ||||  ||||
 100847 CAGTGAGGTCAAGGAAGCCCTGAAACGGTGGCTGGG