seq1 = pF1KE5937.tfa, 933 bp
seq2 = pF1KE5937/gi568815587f_123929623.tfa (gi568815587f:123929623_124130555), 200933 bp

>pF1KE5937 933
>gi568815587f:123929623_124130555 (Chr11)

1-933  (100001-100933)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCAACGCCAGCCTACTGACAGCGTTCATCCTCATGGGCCTTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCAACGCCAGCCTACTGACAGCGTTCATCCTCATGGGCCTTCCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCCCAGCGCTGGACGCCCCCCTCTTTGGAGTCTTCCTGGTGGTTTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCCCAGCGCTGGACGCCCCCCTCTTTGGAGTCTTCCTGGTGGTTTACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTCACTGTGCTGGGGAACCTCCTCATCCTGCTGGTGATCAGGGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTCACTGTGCTGGGGAACCTCCTCATCCTGCTGGTGATCAGGGTGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCTCACCTCCACACCACCATGTACTACTTCCTCACCAACCTGTCGTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCTCACCTCCACACCACCATGTACTACTTCCTCACCAACCTGTCGTTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGACATGTGGTTCTCCACTGTCACGGTGCCCAAATTGCTGATGACTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGACATGTGGTTCTCCACTGTCACGGTGCCCAAATTGCTGATGACTTTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTTCCCAAGTGGCAGGGCTATCTCCTTCCACAGCTGCATGGCTCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGTTCCCAAGTGGCAGGGCTATCTCCTTCCACAGCTGCATGGCTCAGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TATTTCTTTCACTTCCTAGGGGGCACCGAGTGTTTCCTCTACAGGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TATTTCTTTCACTTCCTAGGGGGCACCGAGTGTTTCCTCTACAGGGTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTCCTGTGATCGCTACCTGGCCATCAGTTACCCGCTCAGGTACACCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTCCTGTGATCGCTACCTGGCCATCAGTTACCCGCTCAGGTACACCAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGATGACTGGGCGCTCGTGTACTCTTCTGGCCACCAGCACTTGGCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGATGACTGGGCGCTCGTGTACTCTTCTGGCCACCAGCACTTGGCTCAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCTCTCTGCACTCTGCTGTCCAGGCCATATTGACTTTCCATTTGCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGCTCTCTGCACTCTGCTGTCCAGGCCATATTGACTTTCCATTTGCCCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTGTGGACCCAACTGGATCCAGCACTATTTGTGTGATGCACCGCCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTGTGGACCCAACTGGATCCAGCACTATTTGTGTGATGCACCGCCCATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGAAACTGGCCTGTGCAGACACCTCAGCCATAGAGACTGTCATTTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGAAACTGGCCTGTGCAGACACCTCAGCCATAGAGACTGTCATTTTTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACTGTTGGAATAGTGGCCTCGGGCTGCTTTGTCCTGATAGTGCTGTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACTGTTGGAATAGTGGCCTCGGGCTGCTTTGTCCTGATAGTGCTGTCCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGTGTCCATCGTCTGTTCCATCCTGCGGATCCGCACCTCAGAGGGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGTGTCCATCGTCTGTTCCATCCTGCGGATCCGCACCTCAGAGGGGAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACAGAGCCTTTCAGACCTGTGCCTCCCACTGTATCGTGGTCCTTTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACAGAGCCTTTCAGACCTGTGCCTCCCACTGTATCGTGGTCCTTTGCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTGGCCCTGGTCTTTTCATTTACCTGAGGCCAGGCTCCAGGAAAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTTGGCCCTGGTCTTTTCATTTACCTGAGGCCAGGCTCCAGGAAAGCTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGATGGAGTTGTGGCCGTTTTCTACACTGTGCTGACGCCCCTTCTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGATGGAGTTGTGGCCGTTTTCTACACTGTGCTGACGCCCCTTCTCAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTGTTGTGTACACCCTGAGGAACAAGGAGGTGAAGAAAGCTCTGTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTGTTGTGTACACCCTGAGGAACAAGGAGGTGAAGAAAGCTCTGTTGAAG

    900     .    :    .    :    .    :
    901 CTGAAAGACAAAGTAGCACATTCTCAGAGCAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGAAAGACAAAGTAGCACATTCTCAGAGCAAA