Result of SIM4 for pF1KE5814

seq1 = pF1KE5814.tfa, 2739 bp
seq2 = pF1KE5814/gi568815589r_109279559.tfa (gi568815589r:109279559_109563434), 283876 bp

>pF1KE5814 2739
>gi568815589r:109279559_109563434 (Chr9)

(complement)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-246  (106036-106143)   100% ->
247-289  (106220-106262)   100% ->
290-368  (108861-108939)   100% ->
369-413  (114580-114624)   100% ->
414-466  (118143-118195)   100% ->
467-587  (125201-125321)   100% ->
588-675  (126465-126552)   100% ->
676-764  (130274-130362)   100% ->
765-828  (134751-134814)   100% ->
829-1001  (136313-136485)   100% ->
1002-1136  (140583-140717)   100% ->
1137-1313  (142835-143011)   100% ->
1314-1500  (153020-153206)   100% ->
1501-1578  (153359-153436)   100% ->
1579-1635  (155058-155114)   100% ->
1636-1792  (156817-156973)   100% ->
1793-1953  (158827-158987)   100% ->
1954-2044  (171874-171964)   100% ->
2045-2106  (172236-172297)   100% ->
2107-2253  (174056-174202)   100% ->
2254-2382  (179884-180012)   100% ->
2383-2528  (180988-181133)   100% ->
2529-2664  (181648-181783)   100% ->
2665-2739  (183802-183876)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCTCCCGGTTACGTGCGTTGGGTGGAAGAATTAATAATATACGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCTCCCGGTTACGTGCGTTGGGTGGAAGAATTAATAATATACGCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCGGAGTTACCCAAAGAGAAAACTCGATCAGAAGTCATTTGCAGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCGGAGTTACCCAAAGAGAAAACTCGATCAGAAGTCATTTGCAGCATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTTTTTAGATGGCGTGGTACAGACCTTTAAAGTTACT         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 ACTTTTTAGATGGCGTGGTACAGACCTTTAAAGTTACTGTA...TAGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAAGACACTGGCCAGGTTCTTCTGGATATGGTGCACAACCACCTGGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106039 CAAGACACTGGCCAGGTTCTTCTGGATATGGTGCACAACCACCTGGGTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACTGAAAAGGAATATTTTGGTTTACAGCATGATGACGACTCCGTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106089 GACTGAAAAGGAATATTTTGGTTTACAGCATGATGACGACTCCGTGGACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCCT         AGATGGCTGGAAGCAAGCAAAGCCATCAGGAAGCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106139 CTCCTGTA...CAGAGATGGCTGGAAGCAAGCAAAGCCATCAGGAAGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTAAAAG         GAGGTTTCCCCTGTACCCTGCATTTTCGAGTAAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106256 TTAAAAGGTT...TAGGAGGTTTCCCCTGTACCCTGCATTTTCGAGTAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATTTTTTATACCTGATCCCAACACACTGCAGCAAGAACAAACCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 108895 ATTTTTTATACCTGATCCCAACACACTGCAGCAAGAACAAACCAGGTA..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    369     GCACTTGTATTTCTTACAACTGAAGATGGATATTTGCGAAGGAAG 
        .>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108945 .TAGGCACTTGTATTTCTTACAACTGAAGATGGATATTTGCGAAGGAAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    414         GTTAACCTGCCCTCTTAACTCAGCAGTGGTTCTAGCGTCCTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114626 TA...CAGGTTAACCTGCCCTCTTAACTCAGCAGTGGTTCTAGCGTCCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGCCGTACAAT         CTCATTTTGGAGACTATAATTCTTCCATAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 118185 TGCCGTACAATGTA...TAGCTCATTTTGGAGACTATAATTCTTCCATAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ATCATCCAGGCTATCTTTCCGATAGTCACTTTATACCCGATCAAAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125231 ATCATCCAGGCTATCTTTCCGATAGTCACTTTATACCCGATCAAAATGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GACTTTTTAACAAAAGTCGAATCTCTGCATGAGCAGCACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 125281 GACTTTTTAACAAAAGTCGAATCTCTGCATGAGCAGCACAGGTG...TAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TGGGCTAAAACAATCAGAAGCAGAATCCTGCTATATCAACATAGCGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126465 TGGGCTAAAACAATCAGAAGCAGAATCCTGCTATATCAACATAGCGCGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CCCTCGACTTCTATGGAGTAGAACTGCACAGTGGTAGG         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 126515 CCCTCGACTTCTATGGAGTAGAACTGCACAGTGGTAGGGTA...CAGGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CTGCACAATTTAGACCTAATGATTGGAATTGCTTCCGCGGGTGTTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130277 CTGCACAATTTAGACCTAATGATTGGAATTGCTTCCGCGGGTGTTGCTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GTACCGAAAATACATTTGCACAAGTTTCTATCCTTG         GGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 130327 GTACCGAAAATACATTTGCACAAGTTTCTATCCTTGGTA...AAGGGTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 ACATTCTCAAAATTTCTTTCAAAAGGAAAAAGTTCTTCATACATCAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134756 ACATTCTCAAAATTTCTTTCAAAAGGAAAAAGTTCTTCATACATCAGCGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CAGAAACAG         GCTGAATCCAGGGAACATATTGTGGCCTTCAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 134806 CAGAAACAGGTG...CAGGCTGAATCCAGGGAACATATTGTGGCCTTCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CATGCTGAATTACCGATCTTGCAAAAACTTGTGGAAATCCTGTGTTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136345 CATGCTGAATTACCGATCTTGCAAAAACTTGTGGAAATCCTGTGTTGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 ACCATACGTTCTTTCAGGCAAAGAAGCTACTACCTCAGGAAAAGAATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136395 ACCATACGTTCTTTCAGGCAAAGAAGCTACTACCTCAGGAAAAGAATGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CTGTCTCAGTACTGGACTATGGGCTCTCGGAACACCAAAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 136445 CTGTCTCAGTACTGGACTATGGGCTCTCGGAACACCAAAAAGTG...CAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GTCGGTAAATAACCAATATTGCAAAAAGGTGATTGGCGGGATGGTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140583 GTCGGTAAATAACCAATATTGCAAAAAGGTGATTGGCGGGATGGTGTGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 ACCCAGCCATGCGGAGATCCTTATCAGTGGAGCACTTAGAAACCAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140633 ACCCAGCCATGCGGAGATCCTTATCAGTGGAGCACTTAGAAACCAAGAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CTGCCTTCTCGTTCCCCTCCCATTACTCCCAACTG         GCGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 140683 CTGCCTTCTCGTTCCCCTCCCATTACTCCCAACTGGTA...CAGGCGAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 TCCTCGGCTCCGGCACGAAATCCGAAAGCCACGCCACTCTTCTGCAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142841 TCCTCGGCTCCGGCACGAAATCCGAAAGCCACGCCACTCTTCTGCAGATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 ACCTTGCAAATGAAATGACCTACATCACGGAAACGGAAGATGTATTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142891 ACCTTGCAAATGAAATGACCTACATCACGGAAACGGAAGATGTATTTTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 ACGTACAAGGGCTCTCTGGCCCCTCAAGACAGCGATTCTGAAGTTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142941 ACGTACAAGGGCTCTCTGGCCCCTCAAGACAGCGATTCTGAAGTTTCTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GAACCGAAGCCCGCACCAAGA         GAGTTTATCCGAGAACAATC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 142991 GAACCGAAGCCCGCACCAAGAGTA...AAGGAGTTTATCCGAGAACAATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CGGCACAAAGCTACCTGACCCAGAAGTCATCCAGTTCTGTGTCTCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153040 CGGCACAAAGCTACCTGACCCAGAAGTCATCCAGTTCTGTGTCTCCATCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 TCAAATGCTCCAGGCTCCTGCTCACCTGACGGCGTTGATCAGCAGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153090 TCAAATGCTCCAGGCTCCTGCTCACCTGACGGCGTTGATCAGCAGCTCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 AGATGACTTCCACAGGGTGACCAAAGGGGGCTCCACCGAGGACGCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153140 AGATGACTTCCACAGGGTGACCAAAGGGGGCTCCACCGAGGACGCCAGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AGTACTACTGTGACAAG         AATGATAATGGTGACAGCTACTTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 153190 AGTACTACTGTGACAAGGTG...CAGAATGATAATGGTGACAGCTACTTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 GTCTTGATCCGTATCACACCAGATGAAGATGGAAAATTTGGATTTAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153383 GTCTTGATCCGTATCACACCAGATGAAGATGGAAAATTTGGATTTAATCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 TAAG         GGAGGAGTGGATCAAAAGATGCCTCTTGTGGTATCAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153433 TAAGGTA...CAGGGAGGAGTGGATCAAAAGATGCCTCTTGTGGTATCAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 GGATAAACCCAGAGTCACCT         GCGGACACCTGCATTCCTAAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 155095 GGATAAACCCAGAGTCACCTGTA...CAGGCGGACACCTGCATTCCTAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 CTGAACGAAGGGGATCAAATCGTGTTAATCAATGGCCGGGACATCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156838 CTGAACGAAGGGGATCAAATCGTGTTAATCAATGGCCGGGACATCTCAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 ACACACGCATGACCAAGTGGTGATGTTCATCAAAGCCAGCCGGGAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156888 ACACACGCATGACCAAGTGGTGATGTTCATCAAAGCCAGCCGGGAGTCCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 ACTCACGGGAGCTGGCCCTGGTGATCAGGAGGAGAG         CTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 156938 ACTCACGGGAGCTGGCCCTGGTGATCAGGAGGAGAGGTA...CAGCTGTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 CGCTCATTTGCTGACTTCAAGTCTGAAGATGAACTGAACCAGCTTTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158832 CGCTCATTTGCTGACTTCAAGTCTGAAGATGAACTGAACCAGCTTTTCCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 CGAAGCCATTTTCCCCATGTGTCCGGAGGGTGGGGACACTTTGGAGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158882 CGAAGCCATTTTCCCCATGTGTCCGGAGGGTGGGGACACTTTGGAGGGAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 CCATGGCACAGCTAAAGAAGGGCCTCGAAAGCGGGACGGTGCTGATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158932 CCATGGCACAGCTAAAGAAGGGCCTCGAAAGCGGGACGGTGCTGATCCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 TTTGAG         CAACTCTACAGAAAAAAGCCAGGTTTGGCCATCAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158982 TTTGAGGTA...TAGCAACTCTACAGAAAAAAGCCAGGTTTGGCCATCAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 GTTTGCAAAGCTGCCTCAAAATTTGGACAAAAACCGATATAAAGATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171909 GTTTGCAAAGCTGCCTCAAAATTTGGACAAAAACCGATATAAAGATGTGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 TGCCTT         ATGACACCACCCGGGTATTATTGCAGGGAAATGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171959 TGCCTTGTG...CAGATGACACCACCCGGGTATTATTGCAGGGAAATGAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2080 GATTATATTAATGCAAGTTACGTGAAC         ATGGAAATTCCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 172271 GATTATATTAATGCAAGTTACGTGAACGTA...CAGATGGAAATTCCTGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2121 TGCTAACCTTGTGAACAAGTACATCGCCACTCAGGGGCCCCTGCCGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174070 TGCTAACCTTGTGAACAAGTACATCGCCACTCAGGGGCCCCTGCCGCATA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2171 CCTGTGCACAGTTTTGGCAGGTTGTCTGGGATCAGAAGTTGTCACTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174120 CCTGTGCACAGTTTTGGCAGGTTGTCTGGGATCAGAAGTTGTCACTCATT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2221 GTCATGTTGACGACTCTCACAGAACGAGGGCGG         ACCAAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 174170 GTCATGTTGACGACTCTCACAGAACGAGGGCGGGTA...CAGACCAAATG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2262 TCACCAGTACTGGCCAGATCCCCCCGACGTCATGAACCACGGCGGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179892 TCACCAGTACTGGCCAGATCCCCCCGACGTCATGAACCACGGCGGCTTTC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2312 ACATCCAGTGTCAGTCAGAGGACTGCACCATCGCCTATGTGTCCCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179942 ACATCCAGTGTCAGTCAGAGGACTGCACCATCGCCTATGTGTCCCGAGAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2362 ATGCTGGTCACAAACACCCAG         ACCGGGGAAGAACACACAGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 179992 ATGCTGGTCACAAACACCCAGGTG...CAGACCGGGGAAGAACACACAGT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2403 GACACATCTCCAGTACGTCGCATGGCCTGACCACGGTGTGCCCGATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181008 GACACATCTCCAGTACGTCGCATGGCCTGACCACGGTGTGCCCGATGACT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2453 CCTCCGACTTTCTGGAATTTGTAAACTATGTGAGGTCTCTGAGAGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181058 CCTCCGACTTTCTGGAATTTGTAAACTATGTGAGGTCTCTGAGAGTGGAC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2503 AGCGAGCCCGTCCTAGTTCACTGCAG         TGCTGGAATAGGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 181108 AGCGAGCCCGTCCTAGTTCACTGCAGGTA...CAGTGCTGGAATAGGTCG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2544 AACCGGTGTGTTGGTCACTATGGAAACAGCCATGTGCCTAACTGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181663 AACCGGTGTGTTGGTCACTATGGAAACAGCCATGTGCCTAACTGAGAGGA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2594 ACCTGCCCATTTACCCACTGGATATTGTCCGAAAAATGCGAGACCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181713 ACCTGCCCATTTACCCACTGGATATTGTCCGAAAAATGCGAGACCAGCGC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2644 GCCATGATGGTGCAGACATCA         AGCCAGTACAAGTTTGTGTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 181763 GCCATGATGGTGCAGACATCAGTG...CAGAGCCAGTACAAGTTTGTGTG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2685 TGAAGCGATTCTTCGTGTGTATGAAGAAGGTTTAGTCCAAATGCTGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183822 TGAAGCGATTCTTCGTGTGTATGAAGAAGGTTTAGTCCAAATGCTGGATC

   2950     .
   2735 CTAGT
        |||||
 183872 CTAGT

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