seq1 = pF1KE5775.tfa, 1872 bp
seq2 = pF1KE5775/gi568815587r_111774925.tfa (gi568815587r:111774925_111979132), 204208 bp

>pF1KE5775 1872
>gi568815587r:111774925_111979132 (Chr11)

(complement)

1-172  (100001-100172)   100% ->
173-329  (100421-100577)   99% ->
330-533  (102122-102325)   100% ->
534-692  (102494-102652)   100% ->
693-1872  (103029-104208)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCCTCGGCGCCTCCTGTTGGTTGGGGAGGGGAATTTCTCCTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCCTCGGCGCCTCCTGTTGGTTGGGGAGGGGAATTTCTCCTTCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCGCTCTGAGCGAAACCCTGGATCAGAGCACTCAACTTACCGCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCGCTCTGAGCGAAACCCTGGATCAGAGCACTCAACTTACCGCCACCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCTCCAGCGCCCGGCCGAGTTGGCTCGGGATCCACTGGCCTGGGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCTCCAGCGCCCGGCCGAGTTGGCTCGGGATCCACTGGCCTGGGAGAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCAGTGCCTGCGCGAGCGAG         GTATCGATGTACGTTTCGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100151 CTGCAGTGCCTGCGCGAGCGAGGTA...CAGGTATCGATGTACGTTTCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTGGACTGCACCCAGCTGGCAGATGTCTTTGAACTGCACGAGAGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100440 TGTGGACTGCACCCAGCTGGCAGATGTCTTTGAACTGCACGAGAGAGAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGATCAAATTTATTTCAACTTCCCGCATTGTGGACGCAAAGCTGGCGTA
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100490 TTGATCAAATTTATTTCATCTTCCCGCATTGTGGACGCAAAGCTGGCGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTAAGAACAGGGAACTGCTTGCCAAATTTTTCCAAAG         CTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100540 GCTAAGAACAGGGAACTGCTTGCCAAATTTTTCCAAAGGTG...TAGCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCAGACGTTCTTGCAGAGGAAGGAGAAGTCCACGTGGCATTATGTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102125 TGCAGACGTTCTTGCAGAGGAAGGAGAAGTCCACGTGGCATTATGTAGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GACAAGGTGGAACTCCTGCGGATAAGCCCCAGAGAGAATGGCACAACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102175 GACAAGGTGGAACTCCTGCGGATAAGCCCCAGAGAGAATGGCACAACAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGGCAAGTGGTTGCCATGGCAGCCCTGGGGGGGCTCATTTTAAGCGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102225 TGGCAAGTGGTTGCCATGGCAGCCCTGGGGGGGCTCATTTTAAGCGACGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTATCCATTCAGCTGTAAGGCTGTGGCAGGGTACAAGTGCACTGGATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102275 GTATCCATTCAGCTGTAAGGCTGTGGCAGGGTACAAGTGCACTGGATATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 G         GAGTCAAGATAAGTCCTTTCATGTAGAAGGTGCTTTGAAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102325 GGTA...CAGGAGTCAAGATAAGTCCTTTCATGTAGAAGGTGCTTTGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CATATCTTCACCAGGAGCTTACCTTTTGAAGGTTCTCAACCCAGAATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102534 CATATCTTCACCAGGAGCTTACCTTTTGAAGGTTCTCAACCCAGAATCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAGGATCAAACTGGGTAACCAGTGGTTTTCCTTTCCAGAACCAGAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102584 CAGGATCAAACTGGGTAACCAGTGGTTTTCCTTTCCAGAACCAGAAGCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTGTAGGAAAGTTGAACAG         GGGTTTCCTGGAAGCACCTTCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102634 TTGTAGGAAAGTTGAACAGGTA...CAGGGGTTTCCTGGAAGCACCTTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGTCATCCTATCAAAACCATAAATGAGAAACTCATTGCTGAATTAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103051 TGTCATCCTATCAAAACCATAAATGAGAAACTCATTGCTGAATTAGGCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AGTTTTCCCGCTAAAAAGGCTGAAGTGTTCCTACCCTTTGCTGCCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103101 AGTTTTCCCGCTAAAAAGGCTGAAGTGTTCCTACCCTTTGCTGCCACAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AAGGTACCAGTGTTCTTCCTTTCTGGAATTGTGACTTTCTGTCAGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103151 AAGGTACCAGTGTTCTTCCTTTCTGGAATTGTGACTTTCTGTCAGCTGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTTTGGATTAGTCTCCATGAAGATAACTCAAATTCTGAGTCCCTGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103201 TTTTGGATTAGTCTCCATGAAGATAACTCAAATTCTGAGTCCCTGACTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGGGACATCACAAGATGTGGAAGACTTTCTAGTGTCATTTTCAGAACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103251 TGGGACATCACAAGATGTGGAAGACTTTCTAGTGTCATTTTCAGAACTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GCCTTCTCAAGAATCCTGGAAGAGATGGTAAAGAAGAAGCTTGTGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103301 GCCTTCTCAAGAATCCTGGAAGAGATGGTAAAGAAGAAGCTTGTGAAGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ACCTGTGGCCAGGCCAAGATCTGCCTTAGACCTTCTCTCCTAGTGCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103351 ACCTGTGGCCAGGCCAAGATCTGCCTTAGACCTTCTCTCCTAGTGCATGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TCAGGATGTCATCGAAGTACCAGACTTCCTCTCAGGTTCTCTGCACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103401 TCAGGATGTCATCGAAGTACCAGACTTCCTCTCAGGTTCTCTGCACATCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TCAGTGGACCTGTCTTTCAGAAGTGCCACATTTTGCCTTTCACAATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103451 TCAGTGGACCTGTCTTTCAGAAGTGCCACATTTTGCCTTTCACAATGCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GCATTTCATGAAACTTTATTTATCCTTGGGGTTAATCAAAATCTGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103501 GCATTTCATGAAACTTTATTTATCCTTGGGGTTAATCAAAATCTGAAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TGGCTGTCTTCAATCACTGCTGGATCATCTGAAGGGCATTCTAGATAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103551 TGGCTGTCTTCAATCACTGCTGGATCATCTGAAGGGCATTCTAGATAGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TGCTGACCCAGACATTGCCGGAGAGCTCTAAGCTGAGCAGTTTAGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103601 TGCTGACCCAGACATTGCCGGAGAGCTCTAAGCTGAGCAGTTTAGTCAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 TTTGTCCTTCAGTCAAATGGAAAGGATTATATGATTCGTGTGAAGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103651 TTTGTCCTTCAGTCAAATGGAAAGGATTATATGATTCGTGTGAAGACTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 TAATTTTAGCCCAGATTGTACTGAGGATCTAATTATTGGGTCTGTTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103701 TAATTTTAGCCCAGATTGTACTGAGGATCTAATTATTGGGTCTGTTATCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 CATCTGCCACTAGTGTTATACATAAAGACCAGTGTTTTGTGTTTGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103751 CATCTGCCACTAGTGTTATACATAAAGACCAGTGTTTTGTGTTTGTGTCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 ATGAACTTGGACTTATTAGCCATGCTTGTCTGGTGTATCTCTGACTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103801 ATGAACTTGGACTTATTAGCCATGCTTGTCTGGTGTATCTCTGACTGGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 AATGTTGTGGACGTTTGATAACCGTTTCCTGAAAAATTTTGTCCCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103851 AATGTTGTGGACGTTTGATAACCGTTTCCTGAAAAATTTTGTCCCTGGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 AAATAGAACCCTTTAAAAGTCATTCTCTGTATCCTCCATGTTATGTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103901 AAATAGAACCCTTTAAAAGTCATTCTCTGTATCCTCCATGTTATGTGCAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 GATGTTAGTTTTTGGATAGATCAGAAGAAAGGATTTGATGAACTAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103951 GATGTTAGTTTTTGGATAGATCAGAAGAAAGGATTTGATGAACTAGAGTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 TCACACTGTGGCCCGAGCAGTGTCTCAGGACACTATTATATCCATACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104001 TCACACTGTGGCCCGAGCAGTGTCTCAGGACACTATTATATCCATACAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 TTCTTAGCCGTTTCCAGCATCCAAAGACTCAACAGGTCAGTCTCTGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104051 TTCTTAGCCGTTTCCAGCATCCAAAGACTCAACAGGTCAGTCTCTGCTAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 AGATTGACCTACCAGACCTGTGACAAGGCCCTCACCCAGCAGCAAGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104101 AGATTGACCTACCAGACCTGTGACAAGGCCCTCACCCAGCAGCAAGTAGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 ATCAATGCAGTCCCAGTTTAGGAAGGAGATTCAACAACACCTATATGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104151 ATCAATGCAGTCCCAGTTTAGGAAGGAGATTCAACAACACCTATATGTTA

   1900     .
   1865 TACCTCGG
        ||||||||
 104201 TACCTCGG